Компиляция программного обеспечения, используемого для создания филогенетических деревьев
Этот список программного обеспечения для филогенетики представляет собой компиляцию программного обеспечения для вычислительной филогенетики, используемого для создания филогенетических деревьев . Такие инструменты обычно используются в сравнительной геномике , кладистике и биоинформатике . Методы оценки филогений включают в себя метод соседнего соединения , максимальную экономию (также называемую просто экономией), метод невзвешенных парных групп со средним арифметическим ( UPGMA ), байесовский филогенетический вывод , метод максимального правдоподобия и методы матрицы расстояний .
Список
Смотрите также
Ссылки
- ^ Patterson N, Moorjani P, Luo Y, Mallick S, Rohland N, Zhan Y, Genschoreck T, Webster T, Reich D (ноябрь 2012 г.). «Древняя примесь в истории человечества». Genetics . 192 (3): 1065–93. doi :10.1534/genetics.112.145037. PMC 3522152 . PMID 22960212.
- ^ El-Kebir M, Oesper L, Acheson-Field H, Raphael BJ (июнь 2015 г.). «Реконструкция клональных деревьев и состава опухоли на основе данных секвенирования нескольких образцов». Биоинформатика . 31 (12): i62-70. doi :10.1093/bioinformatics/btv261. PMC 4542783. PMID 26072510 .
- ^ Kück P, Meid SA, Groß C, Wägele JW, Misof B (август 2014 г.). "AliGROOVE — визуализация гетерогенной дивергенции последовательностей в рамках множественных выравниваний последовательностей и обнаружение поддержки раздутых ветвей". BMC Bioinformatics . 15 (1): 294. doi : 10.1186/1471-2105-15-294 . PMC 4167143 . PMID 25176556.
- ^ Paradis E, Claude J, Strimmer K (январь 2004 г.). «APE: Анализ филогенетики и эволюции на языке R». Биоинформатика . 20 (2). Оксфорд, Англия: 289–90. doi : 10.1093/bioinformatics/btg412 . PMID 14734327.
- ^ Лорд Э., Леклерк М., Бок А., Диалло АБ., Макаренков В. (2012). «Armadillo 1.1: оригинальная платформа рабочего процесса для проектирования и проведения филогенетического анализа и моделирования». PLOS One . 7 (1): e29903. Bibcode : 2012PLoSO...729903L. doi : 10.1371/journal.pone.0029903 . PMC 3256230. PMID 22253821 .
- ^ Suchard MA, Redelings BD (август 2006 г.). «BAli-Phy: одновременный байесовский вывод выравнивания и филогении». Биоинформатика . 22 (16): 2047–8. doi : 10.1093/bioinformatics/btl175 . PMID 16679334.
- ^ Wilson IJ, Weale ME, Balding DJ (июнь 2003 г.). «Выводы из данных ДНК: истории популяций, эволюционные процессы и вероятности судебного соответствия». Журнал Королевского статистического общества, серия A (Статистика в обществе) . 166 (2): 155–88. doi : 10.1111/1467-985X.00264 .
- ^ Pagel M, Meade A (2007), BayesPhylogenies 1.0. Программное обеспечение, распространяемое авторами.
- ^ Пейджел М., Мид А. (2007). «BayesTraits. Компьютерная программа и документация». С. 1216–23.[ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Драммонд А., Сушард МА., Се Д., Рамбо А. (2012). «Байесовская филогенетика с BEAUti и BEAST 1.7». Молекулярная биология и эволюция . 29 (8): 1969–1973. doi :10.1093/molbev/mss075. PMC 3408070. PMID 22367748 .
- ^ Jiang Y, Qiu Y, Minn AJ, Zhang NR (сентябрь 2016 г.). «Оценка гетерогенности внутри опухоли и отслеживание продольной и пространственной клональной эволюционной истории с помощью секвенирования следующего поколения». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 113 (37): E5528-37. Bibcode : 2016PNAS..113E5528J. doi : 10.1073/pnas.1522203113 . PMC 5027458. PMID 27573852 .
- ^ Thind, Amarinder Singh; Sinha, Somdatta (2023). «Использование представления Chaos-Game-Representation для анализа линий SARS-CoV-2, новых штаммов и рекомбинантов». Current Genomics . 24 (3): 187–195. doi :10.2174/0113892029264990231013112156. PMC 10761335. PMID 38178984. S2CID 264500732 .
- ^ Томпсон, Джули Д.; Гибсон, Тоби Дж.; Хиггинс, Дес Г. (август 2002 г.). «Множественное выравнивание последовательностей с использованием ClustalW и ClustalX». Текущие протоколы в биоинформатике . Глава 2: 2.3.1–2.3.22. doi :10.1002/0471250953.bi0203s00. ISSN 1934-340X. PMID 18792934. S2CID 34156490.
- ^ Huson DH, Scornavacca C (декабрь 2012 г.). «Dendroscope 3: интерактивный инструмент для укорененных филогенетических деревьев и сетей». Systematic Biology . 61 (6): 1061–7. doi : 10.1093/sysbio/sys062 . PMID 22780991.
- ^ Jia B, Ray S, Safavi S, Bento J (2018). «Эффективная проекция на идеальную модель филогении». В Bengio S, Wallach H, Larochelle H, Grauman K, Cesa-Bianchi N, Garnett R (ред.). Достижения в области нейронных систем обработки информации 31 (NeurIPS 2018) . стр. 4108–4118.
- ^ Рэй С., Джиа Б., Сафави С., Опийнен Т., Исберг Р., Рош Дж., Бенто Дж. Точный вывод в рамках идеальной модели филогении . arXiv : 1908.08623 .
- ^ Jeon YS, Lee K, Park SC, Kim BS, Cho YJ, Ha SM, Chun J (февраль 2014 г.). «EzEditor: универсальный редактор выравнивания последовательностей для генов, кодирующих как рРНК, так и белок». International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 64 (Pt 2): 689–91. doi :10.1099/ijs.0.059360-0. PMID 24425826.
- ^ Прайс МН, Дехал П.С., Аркин А.П. (март 2010 г.). "FastTree 2 — приблизительно максимально правдоподобные деревья для больших выравниваний". PLOS One . 5 (3): e9490. Bibcode : 2010PLoSO ...5.9490P. doi : 10.1371/journal.pone.0009490 . PMC 2835736. PMID 20224823.
- ^ Nguyen LT, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ (январь 2015 г.). «IQ-Tree: быстрый и эффективный стохастический алгоритм для оценки филогений с максимальным правдоподобием». Молекулярная биология и эволюция . 32 (1): 268–74. doi :10.1093/molbev/msu300. PMC 4271533. PMID 25371430.
- ^ Minh BQ, Nguyen MA, von Haeseler A (май 2013 г.). «Сверхбыстрое приближение для филогенетического бутстрапа». Молекулярная биология и эволюция . 30 (5): 1188–95. doi :10.1093/molbev/mst024. PMC 3670741. PMID 23418397.
- ^ Criscuolo A (июнь 2019 г.). «Быстрая биоинформатическая процедура без выравнивания для вывода точных филогенетических деревьев на основе расстояний из геномных сборок». Исследовательские идеи и результаты . 5 : e36178. doi : 10.3897/rio.5.e36178 . S2CID 196180156.
- ^ Criscuolo A (ноябрь 2020 г.). «О преобразовании неисправленных расстояний на основе MinHash в правильные эволюционные расстояния для филогенетического вывода». F1000Research . 9 : 1309. doi : 10.12688 /f1000research.26930.1 . PMC 7713896. PMID 33335719.
- ^ Кэмпбелл, Эллсворт М.; Бойлз, Энтони; Шанкар, Анупама; Ким, Джей; Князев, Сергей; Цинтрон, Роксана; Свитцер, Уильям М. (2021-09-07). "MicrobeTrace: переоснащение молекулярной эпидемиологии для быстрого реагирования общественного здравоохранения". PLOS Computational Biology . 17 (9): e1009300. Bibcode : 2021PLSCB..17E9300C. doi : 10.1371/journal.pcbi.1009300 . ISSN 1553-7358. PMC 8491948. PMID 34492010 .
- ^ Haschka, Thomas; Ponger, Loic; Escudé, Christophe; Mozziconacci, Julien (2021-06-08). "MNHN-Tree-Tools: набор инструментов для вывода деревьев с использованием многомасштабной кластеризации набора последовательностей". Bioinformatics . 37 (21): 3947–3949. doi :10.1093/bioinformatics/btab430. ISSN 1367-4803. PMID 34100911.
- ^ О'Лири, Морин А.; Кауфман, Сет (октябрь 2011 г.). «MorphoBank: филофеномика в «облаке»». Cladistics . 27 (5): 529–537. doi : 10.1111/j.1096-0031.2011.00355.x . PMID 34875801. S2CID 76652345.
- ^ Хюльзенбек, Дж. П.; Ронквист, Ф. (август 2001 г.). «MRBAYES: байесовский вывод филогенетических деревьев». Биоинформатика . 17 (8): 754–755. doi : 10.1093/bioinformatics/17.8.754 . ISSN 1367-4803. PMID 11524383.
- ^ Hellmuth M, Wieseke N, Lechner M, Lenhof HP, Middendorf M, Stadler PF (февраль 2015 г.). «Филогеномика с паралогами». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (7): 2058–63. arXiv : 1712.06442 . Bibcode : 2015PNAS..112.2058H. doi : 10.1073/pnas.1412770112 . PMC 4343152. PMID 25646426 .
- ^ Томас, Гэвин Х.; Хартманн, Клаас; Джетц, Уолтер; Джой, Джеффри Б.; Мимото, Аки; Мурс, Арне О. (2013). «PASTIS: пакет R для облегчения филогенетической сборки с мягкими таксономическими выводами». Методы в экологии и эволюции . 4 (11): 1011–1017. Bibcode :2013MEcEv...4.1011T. doi :10.1111/2041-210X.12117. ISSN 2041-210X. S2CID 86694418.
- ^ Schliep KP (февраль 2011 г.). "phangorn: филогенетический анализ в R". Биоинформатика . 27 (4): 592–3. doi :10.1093/bioinformatics/btq706. PMC 3035803. PMID 21169378 .
- ^ Лю Л., Ю Л. (апрель 2010 г.). «Phybase: пакет R для анализа видового дерева». Биоинформатика . 26 (7): 962–3. doi : 10.1093/bioinformatics/btq062 . PMID 20156990.
- ^ Guindon, Stéphane; Dufayard, Jean-François; Lefort, Vincent; Anisimova, Maria; Hordijk, Wim; Gascuel, Olivier (2010-03-29). "Новые алгоритмы и методы оценки филогений максимального правдоподобия: оценка производительности PhyML 3.0". Systematic Biology . 59 (3): 307–321. doi :10.1093/sysbio/syq010. hdl : 20.500.11850/25281 . ISSN 1076-836X. PMID 20525638.
- ^ Brown JW, Walker JF, Smith SA (июнь 2017 г.). «Phyx: филогенетические инструменты для unix». Биоинформатика . 33 (12): 1886–1888. doi :10.1093/bioinformatics/btx063. PMC 5870855. PMID 28174903 .
- ^ Аренас, Мигель; Бастолла, Уго (2020). «ProtASR2: Предковая реконструкция последовательностей белков, учитывающая стабильность складывания». Методы в экологии и эволюции . 11 (2): 248–257. Bibcode : 2020MEcEv..11..248A. doi : 10.1111/2041-210X.13341. ISSN 2041-210X.
- ^ Аренас, Мигель (2021-08-27). "ProteinEvolverABC: кооценка скоростей рекомбинации и замены в последовательностях белков с помощью приближенного байесовского вычисления". Биоинформатика . 38 (1): 58–64. doi :10.1093/bioinformatics/btab617. ISSN 1367-4803. PMC 8696103. PMID 34450622 .
- ^ Козлов AM, Дарриба D, Флури T, Морель B, Стаматакис A (май 2019). «RAxML-NG: быстрый, масштабируемый и удобный инструмент для филогенетического вывода с максимальным правдоподобием». Биоинформатика . 35 (21): 4453–4455. doi :10.1093/bioinformatics/btz305. PMC 6821337 . PMID 31070718.
- ^ Самсон, Стефан; Лорд, Этьен; Макаренков, Владимир (26 мая 2022 г.). «SimPlot++: приложение Python для представления сходства последовательностей и обнаружения рекомбинации». Биоинформатика . 38 (11): 3118–3120. arXiv : 2112.09755 . doi : 10.1093/bioinformatics/btac287. PMID 35451456.
- ^ Lole, Kavita S.; Bollinger, Robert C.; Paranjape, Ramesh S.; Gadkari, Deepak; Kulkarni, Smita S.; Novak, Nicole G.; Ingersoll, Roxann; Sheppard, Haynes W.; Ray, Stuart C. (январь 1999 г.). «Полноразмерные геномы вируса иммунодефицита человека типа 1 от сероконвертирующих лиц, инфицированных подтипом C, в Индии с доказательствами межподтиповой рекомбинации». Journal of Virology . 73 (1): 152–160. doi :10.1128/JVI.73.1.152-160.1999. PMC 103818 . PMID 9847317.
- ^ Салминен, Мика О.; Карр, Джин К.; Берк, Дональд С.; Маккатчан, Франсин Э. (ноябрь 1995 г.). «Идентификация точек разрыва в межгенотипных рекомбинантах ВИЧ типа 1 методом сканирования». AIDS Research and Human Retroviruses . 11 (11): 1423–1425. doi :10.1089/aid.1995.11.1423. PMID 8573403.
- ^ Church SH, Ryan JF, Dunn CW (ноябрь 2015 г.). «Автоматизация и оценка теста SOWH с помощью SOWHAT». Systematic Biology . 64 (6): 1048–58. doi :10.1093/sysbio/syv055. PMC 4604836. PMID 26231182 .
- ^ Куррат, Матиас; Аренас, Мигель; Килодран, Клаудио С; Экскофье, Лоран; Рэй, Николас (2019-05-11). «SPLATCHE3: моделирование серийных генетических данных в рамках пространственно явных эволюционных сценариев, включая распространение на большие расстояния». Биоинформатика . 35 (21): 4480–4483. doi :10.1093/bioinformatics/btz311. ISSN 1367-4803. PMC 6821363. PMID 31077292 .
- ^ Huson DH, Bryant D (февраль 2006 г.). «Применение филогенетических сетей в эволюционных исследованиях». Молекулярная биология и эволюция . 23 (2): 254–67. doi : 10.1093/molbev/msj030 . PMID 16221896.
- ^ Jobb G, von Haeseler A, Strimmer K (июнь 2004 г.). «Treefinder: мощная графическая аналитическая среда для молекулярной филогенетики». BMC Evolutionary Biology . 4 : 18. doi : 10.1186/1471-2148-4-18 . PMC 459214. PMID 15222900 . (Отозвано, см. doi :10.1186/s12862-015-0513-z, PMID 26542699, Retraction Watch . Если это преднамеренная ссылка на отозванную статью, замените на . )
{{retracted|...}}
{{retracted|...|intentional=yes}}
- ^ Макаренков В. (июль 2001 г.). «T-REX: реконструкция и визуализация филогенетических деревьев и сетей ретикуляции». Биоинформатика . 17 (7): 664–8. doi : 10.1093/bioinformatics/17.7.664 . PMID 11448889.
- ^ Schmidt HA, Strimmer K, Vingron M, von Haeseler A (март 2002 г.). «Дерево-головоломка: филогенетический анализ максимального правдоподобия с использованием квартетов и параллельных вычислений». Биоинформатика . 18 (3): 502–4. doi : 10.1093/bioinformatics/18.3.502 . PMID 11934758.
- ^ Boc A, Diallo AB, Makarenkov V (июль 2012 г.). «T-REX: веб-сервер для вывода, проверки и визуализации филогенетических деревьев и сетей». Nucleic Acids Research . 40 (выпуск веб-сервера): W573–9. doi :10.1093/nar/gks485. PMC 3394261. PMID 22675075 .
- ^ Turakhia Y, Thornlow B, Hinrichs AS, De Maio N, Gozashti L, Lanfear R, Haussler D, Corbett-Detig R (июнь 2021 г.). «Сверхбыстрое размещение образцов на существующих деревьях (UShER) расширяет возможности филогенетики в реальном времени для пандемии SARS-CoV-2». Nature Genetics . 53 (6): 809–816. doi : 10.1038/s41588-021-00862-7 . PMC 9248294 . PMID 33972780.
- ^ Пиньейро, Сесар; Абуин, Хосе М; Пичель, Хуан С (01.11.2020). Понти, Янн (ред.). «Очень быстрое дерево: ускорение оценки филогений для больших выравниваний с помощью стратегий распараллеливания и векторизации». Биоинформатика . 36 (17): 4658–4659. doi : 10.1093/bioinformatics/btaa582 . ISSN 1367-4803. PMID 32573652.
Внешние ссылки
- Полный список веб-серверов филогении Института Пастера
- ExPASy Список программ по филогенетическим исследованиям
- Весьма полный список филогенетических инструментов (реконструкция, визуализация и т. д. )
- Еще один список программного обеспечения по эволюционной генетике
- Список филогенетического программного обеспечения, предоставленного Зоологическим исследовательским музеем им. А. Кёнига
- MicrobeTrace доступен по адресу https://github.com/CDCgov/MicrobeTrace/wiki