В молекулярной биологии и генетике оба термина upstream и downstream относятся к относительным позициям генетического кода в ДНК или РНК . Каждая цепь ДНК или РНК имеет 5'-конец и 3'-конец , названные так по положению углерода на кольце дезоксирибозы (или рибозы ). По соглашению upstream и downstream относятся к направлению от 5' к 3', соответственно, в котором происходит транскрипция РНК. [1] Upstream находится по направлению к 5'-концу молекулы РНК, а downstream — по направлению к 3'-концу. При рассмотрении двухцепочечной ДНК upstream находится по направлению к 5'-концу кодирующей цепи для рассматриваемого гена, а downstream — по направлению к 3'-концу. Из-за антипараллельной природы ДНК это означает, что 3'-конец шаблонной цепи находится по направлению к гену, а 5'-конец — по направлению к гену.
Некоторые гены на одной и той же молекуле ДНК могут транскрибироваться в противоположных направлениях. Это означает, что области молекулы вверх и вниз по течению могут меняться в зависимости от того, какой ген используется в качестве референса.
Термины «выше по течению» и «ниже по течению» иногда также применяются к полипептидной последовательности, где «выше по течению» относится к N-концевой области , а «ниже по течению» — к остаткам на С-конце контрольной точки.