Выборы были проведены на места, зарезервированные для партийного списка в Палате представителей Филиппин 13 мая 2013 года. Не более 10% мест в Палате представителей Филиппин зарезервированы для представителей партийного списка. Выборы проводились по партийной системе с 2% «мягким» избирательным порогом по квоте Харе , за исключением того, что ни одна партия не может выиграть более 3 мест, и если выигранные места не достигают 20% мест всей Палаты представителей, партии, которые еще не выиграли места, получат по одному месту, пока 20%, зарезервированные для партийных списков, не будут заполнены.
Комиссия по выборам (Comelec) очистила партии, участвовавшие в выборах по партийным спискам, от почти 200 партий на выборах 2010 года до чуть более 100. Однако большинство дисквалифицированных партийных списков успешно получили запретительные постановления от Верховного суда, чтобы сохранить свои имена в избирательном бюллетене. 6 апреля 2013 года Верховный суд изменил свое предыдущее постановление о том, какие критерии установлены для присоединения к выборам по партийным спискам, на более либеральное толкование. Тем самым суд вернул дела дисквалифицированных партий в Comelec для рассмотрения в соответствии с новым толкованием.
Комелек также провел жеребьевку партий в порядке их появления в избирательном бюллетене. Это сделано для того, чтобы избежать партий, использующих цифры или букву «А» в качестве первой буквы своей партии, которую избиратель увидит первой.
Комиссия опубликовала список кандидатов от каждой партии, включенной в избирательный бюллетень.