Институт генома Макдоннелла ( Институт генома Элизабет Х. и Джеймса С. Макдоннелла III ) при Вашингтонском университете в Сент-Луисе , штат Миссури , является одним из трех финансируемых Национальными институтами здравоохранения крупномасштабных центров секвенирования в Соединенных Штатах . [1] Институт генома Макдоннелла, связанный с Медицинской школой Вашингтонского университета и Онкологическим центром Элвина Дж. Сайтмана , создает, тестирует и внедряет новые подходы к изучению геномики с целью понимания здоровья и болезней человека, а также эволюции и биологии других организмов.
Основанный в 1993 году, Институт генома Макдоннелла, ранее Центр секвенирования генома и Институт генома, начал свою деятельность в качестве ключевого игрока в проекте «Геном человека» , в конечном итоге внеся более 25 процентов готовой последовательности. [2] После завершения рабочего проекта генома человека в 2000 году и готовой последовательности генома человека в 2003 году Институт генома Макдоннелла направил свои навыки секвенирования и анализа на определение геномов многих других организмов, чтобы предоставить первые референтные последовательности для этих видов. [3] В 2014 году общественные деятели и давние филантропы Элизабет Х. и Джеймс С. Макдоннелл III пообещали 25 миллионов долларов Институту генома, который был переименован в Институт генома Элизабет Х. и Джеймса С. Макдоннелл III при Вашингтонском университете. [4]
В McDonnell Genome Institute работают более 300 штатных преподавателей и сотрудников из различных дисциплин. Основной персонал включает:
Джеффри Милбрандт, доктор медицины, доктор философии: Доктор Милбрандт является исполнительным директором Института генома Макдоннелла.
Полное повторное секвенирование генома: Группа по полному повторному секвенированию генома занимается разработкой и оптимизацией процессов забора образцов, производственного секвенирования и анализа последовательностей для исследований генома заболеваний человека, уделяя особое внимание раку.
De Novo Assembly: Группа De Novo Assembly отвечает за сборку секвенированных фрагментов геномов различных видов и их максимально точную и последовательную сборку.
Микробная геномика: Группа микробной геномики занимается различными видами деятельности: от секвенирования отдельных бактерий до исследований популяционной геномики видов микроорганизмов и анализа сложных метагеномных образцов.
Целевое повторное секвенирование: Группа целевого повторного секвенирования секвенирует определенные области геномов, используя несколько различных методов, включая ПЦР, а также методы гибридной селекции.
Транскриптомы: Группа транскриптомов работает над различными аспектами секвенирования и анализа транскриптомов, основываясь на секвенировании РНК следующего поколения.
McDonnell Genome Institute предоставляет все данные о последовательностях исследовательскому сообществу в ожидании соответствующего анализа качества. Некоторые из этих данных являются предварительными и могут содержать пропуски и ошибки. Данные также изменяются в зависимости от доступности новых данных и версий сборки.
В соответствии с политикой раскрытия данных NHGRI все пользователи должны признавать McDonnell Genome Institute источником данных. [5]
Отдел по связям с общественностью Института генома Макдоннелла был создан в 2003 году в ответ на План действий по делам меньшинств Национального института исследований генома человека . [6] С момента своего создания Отдел по связям с общественностью проводил мероприятия, направленные на просвещение учащихся K-12 и общества в целом относительно геномики и роли Института генома Макдоннелла в этой области. Отдел по связям с общественностью принял тысячи посетителей посредством туров, презентаций, научных ярмарок и различных выездных визитов. Отдел создал программу Opportunities in Genomics Research, целью которой является увеличение числа недостаточно представленных меньшинств, получающих докторские степени в области геномики/генетики. В рамках OGR были реализованы две программы, которые предоставляют возможности для проведения исследований студентам бакалавриата (Undergraduate Scholars) и недавним выпускникам колледжей (Extensive Study).
Институт генома Макдоннелла расположен на территории кампуса Медицинской школы Вашингтонского университета в Сент-Луисе, штат Миссури, по адресу: 4444 Forest Park Avenue. До него можно добраться на Metrolink (станция Central West End).
Институт генома Макдоннелла имеет отдельный центр обработки данных, расположенный через дорогу по адресу 222 Newstead Avenue. Центр обработки данных стоимостью 20 миллионов долларов и площадью 16 000 квадратных футов был построен с полностью избыточными системами питания и охлаждения, способными вместить более 100 стоек высокоплотных вычислительных и систем хранения данных.
Центр обработки данных Института генома Макдоннелла является первым «зеленым» зданием на территории кампуса Медицинской школы и получил золотой статус Leadership in Energy and Environmental Design (LEED) от Совета по экологическому строительству США . [7] В центре обработки данных также находится устаревшая серверная комната площадью 110 м2 (1200 квадратных футов ) , оборудованная фальшполами, резервным питанием и охлаждением.
38 ° 38'13,7 дюйма с.ш. 90 ° 15'24,8 дюйма з.д. / 38,637139 ° с.ш. 90,256889 ° з.д. / 38,637139; -90,256889