Дендрограмма

Диаграмма с древовидной структурой

Дендрограмма иерархической кластеризации (UPGMA) с высотой узлов (адаптирована на основе данных о последовательности бактериальной 5S рРНК ^[1] ).

Вывод дендрограммы для иерархической кластеризации морских провинций по наличию/отсутствию видов губок. ^[2]

Дендрограмма Древа Жизни . Это филогенетическое дерево адаптировано из Woese et al. анализ рРНК. ^[3] Вертикальная линия внизу представляет последнего универсального общего предка (LUCA).

Тепловая карта данных RNA-Seq , показывающая две дендрограммы на левом и верхнем полях.

Дендрограмма – это диаграмма , представляющая дерево . Это схематическое изображение часто используется в разных контекстах:

• в иерархической кластеризации он иллюстрирует расположение кластеров, полученных в результате соответствующего анализа. ^[4]
• в вычислительной биологии он показывает кластеризацию генов или образцов, иногда на полях тепловых карт . ^[5]
• в филогенетике отображает эволюционные связи между различными биологическими таксонами . В этом случае дендрограмму еще называют филогенетическим деревом . ^[6]

Название «дендрограмма» происходит от двух древнегреческих слов δένδρον ( дендрон ), что означает «дерево», и γράμμα ( грамма ), что означает «рисунок, математическая фигура». ^{[7] [8]}

Пример кластеризации

В качестве примера кластеризации предположим, что пять таксонов ( to ) были кластеризованы UPGMA на основе матрицы генетических расстояний . Дендрограмма иерархической кластеризации будет отображать столбец из пяти узлов, представляющих исходные данные (здесь отдельные таксоны), а оставшиеся узлы представляют кластеры, к которым принадлежат данные, со стрелками, обозначающими расстояние (несходство). Расстояние между объединенными кластерами монотонно и увеличивается с уровнем слияния: высота каждого узла на графике пропорциональна значению межгруппового различия между двумя его дочерними группами (узлы справа представляют отдельные наблюдения, все они нанесены на графике с нулевым значением). высота). ${\displaystyle a}$ ${\displaystyle e}$

Смотрите также

• Кладограмма
• Матрицы расстояний в филогении
• Иерархическая кластеризация
• MEGA — бесплатная программа для рисования дендрограмм.
• yEd — бесплатная программа для рисования и автоматического упорядочивания дендрограмм.
• Таксономия

Рекомендации

Цитаты

1. Суоффорд Д.Л., Олсен Г.Дж., Уодделл П.Дж., Хиллис Д.М. (1996). «Филогенетический вывод». В Hillis DM, Moritz C, Mable BK (ред.). Молекулярная систематика, 2-е издание . Сандерленд, Массачусетс: Синауэр. стр. 407–514. ISBN 9780878932825.
2. Ван Соест Р., Бури-Эсно Н., Васелет Дж., Дорманн М., Эрпенбек Д., Де Вогд Н., Сантодоминго Н., Ванхорн Б., Келли М., Хупер Дж. (2012). «Глобальное разнообразие губок (Porifera)». ПЛОС ОДИН . 7 (4): е35105. Бибкод : 2012PLoSO...735105V. дои : 10.1371/journal.pone.0035105 . ПМЦ 3338747 . ПМИД  22558119. 
3. Вёзе, Карл Р .; Кандлер, О ; Уилис, М. (1990). «На пути к естественной системе организмов: предложение по доменам архей, бактерий и эукариев» (PDF) . Proc Natl Acad Sci США . 87 (12): 4576–4579. Бибкод : 1990PNAS...87.4576W. дои : 10.1073/pnas.87.12.4576 . ПМК 54159 . ПМИД  2112744. 
4. Эверитт, Брайан (1998). Статистический словарь . Кембридж, Великобритания: Издательство Кембриджского университета. п. 96. ИСБН 0-521-59346-8.
5. Уилкинсон, Лиланд; Дружелюбный, Майкл (май 2009 г.). «История тепловой карты кластера». Американский статистик . 63 (2): 179–184. CiteSeerX 10.1.1.165.7924 . дои : 10.1198/tas.2009.0033. S2CID  122792460. 
6. «Филогенетическое древо (биология)» . Британская энциклопедия . Проверено 22 октября 2018 г.
7. Байи, Анатоль (1 января 1981). Краткое изложение греческого французского словаря . Париж: Хашетт. ISBN 2010035283. ОСЛК  461974285.
8. Байи, Анатоль. «Греко-французский словарь онлайн». www.tabularium.be . Проверено 20 октября 2018 г.

Источники

• Галили, Т. (2015). «dendextend: пакет R для визуализации, настройки и сравнения деревьев иерархической кластеризации». Биоинформатика . 31 (22): 3718–3720. doi : 10.1093/биоинформатика/btv428. ПМК  4817050 . ПМИД  26209431.

Внешние ссылки

• Дендрограмма ириса — пример использования дендрограммы для визуализации трех кластеров из иерархической кластеризации с использованием «полного» метода в сравнении с реальной категорией видов (с использованием R ).