Домен SRC Homology 3 (или домен SH3 ) представляет собой небольшой белковый домен , состоящий примерно из 60 аминокислотных остатков. Первоначально SH3 был описан как консервативная последовательность в вирусном адаптерном белке v-Crk. Этот домен также присутствует в молекулах фосфолипазы и нескольких цитоплазматических тирозинкиназах, таких как Abl и Src . [1] [2] Он также был идентифицирован в нескольких других семействах белков, таких как: PI3 Kinase , Ras GTPase-activating protein , CDC24 и cdc25 . [3] [4] [5] Домены SH3 обнаружены в белках сигнальных путей, регулирующих цитоскелет , белке Ras и киназе Src и многих других. Белки SH3 взаимодействуют с адаптерными белками и тирозинкиназами. Взаимодействуя с тирозинкиназами, белки SH3 обычно связываются далеко от активного сайта . Около 300 доменов SH3 обнаружены в белках, закодированных в геноме человека. В дополнение к этому, домен SH3 отвечал за контроль белок-белковых взаимодействий в путях передачи сигнала [6] и регулировку взаимодействий белков, участвующих в цитоплазматической сигнализации. [7]
Домен SH3 имеет характерную бета-бочкообразную складку, состоящую из пяти или шести β-тяжей, расположенных в виде двух плотно упакованных антипараллельных β-листов . Линкерные области могут содержать короткие спирали. Складка типа SH3 является древней складкой, обнаруженной как у эукариот, так и у прокариот. [8]
Классический домен SH3 обычно встречается в белках, которые взаимодействуют с другими белками и опосредуют сборку специфических белковых комплексов, как правило, посредством связывания с богатыми пролином пептидами в их соответствующем связывающем партнере. Классические домены SH3 ограничены у людей внутриклеточными белками, хотя небольшое человеческое семейство MIA внеклеточных белков также содержит домен с SH3-подобной складкой.
Многие SH3-связывающие эпитопы белков имеют консенсусную последовательность , которая может быть представлена в виде регулярного выражения или короткого линейного мотива :
-XPpXP- 1 2 3 4 5
где 1 и 4 являются алифатическими аминокислотами, 2 и 5 всегда, а 3 иногда является пролином. Последовательность связывается с гидрофобным карманом домена SH3. Совсем недавно были описаны домены SH3, которые связываются с основным консенсусным мотивом RxxK. Примерами являются С-концевые домены SH3 адаптерных белков, таких как Grb2 и Mona (они же Gads, Grap2, Grf40, GrpL и т. д.). Другие мотивы связывания SH3 возникли и все еще возникают в ходе различных молекулярных исследований, подчеркивая универсальность этого домена.
Сети белок-белковых взаимодействий, опосредованные доменом SH3, т. е . интерактомы SH3, показали, что интерактом червя SH3 напоминает аналогичную сеть дрожжей, поскольку он значительно обогащен белками, играющими роль в эндоцитозе. [9] [10] Тем не менее, ортологичные взаимодействия, опосредованные доменом SH3, сильно переплетены между червями и дрожжами. [9]