Род азотфиксирующих бактерий.
Ризобиумы — род грамотрицательных почвенных бактерий , фиксирующих азот . Виды Rhizobium образуют эндосимбиотическую азотфиксирующую ассоциацию с корнями (в первую очередь) бобовых и других цветковых растений.
Бактерии колонизируют растительные клетки, образуя корневые клубеньки , где они преобразуют атмосферный азот в аммиак с помощью фермента нитрогеназы . Аммиак передается растению-хозяину в виде органических азотистых соединений, таких как глютамин или уреиды . [3] Растение, в свою очередь, снабжает бактерии органическими соединениями, образующимися в результате фотосинтеза . Эти взаимовыгодные отношения справедливы для всех ризобий , типичным примером которых является род Rhizobium . [4] Ризобий также способен растворять фосфат. [5]
История
Мартинус Бейеринк был первым, кто изолировал и культивировал микроорганизм из клубеньков бобовых в 1888 году. [6] Он назвал его Bacillus radicicola , который теперь помещен в «Руководстве по детерминативной бактериологии» Берджи под родом Rhizobium .
Исследовать
Ризобий вступает в симбиотические отношения с некоторыми растениями, такими как бобовые, фиксируя азот из воздуха в аммиак , который действует как естественное удобрение для растений. Служба сельскохозяйственных исследований проводит исследования, включающие генетическое картирование различных видов ризобий с соответствующими видами симбиотических растений, такими как люцерна или соя. Целью исследования является повышение продуктивности растений без использования удобрений. [7]
В молекулярной биологии Rhizobium был идентифицирован как загрязнитель реагентов наборов для экстракции ДНК и систем сверхчистой воды, что может привести к его ошибочному появлению в наборах микробиоты или метагеномных данных. [8] Присутствие азотфиксирующих бактерий в качестве загрязняющих веществ может быть связано с использованием газообразного азота при производстве сверхчистой воды для подавления роста микробов в резервуарах для хранения. [9]
Разновидность
Род Rhizobium включает следующие виды: [10]
- Rhizobium acidisoli Román-Ponce et al . 2016 год
- Rhizobium aegyptiacum Shamseldin et al . 2016 год
- Rhizobium aethiopicum Aserse et al . 2017 год
- Rhizobium alamii Berge et al . 2009 год
- « Альбом ризобия » Ханг и др . 2019 год
- « Rizobium albus » Li et al . 2017 год
- Rhizobium altiplani Baraúna et al . 2016 год
- Rhizobium alvei Sheu et al . 2015 год
- Rhizobium anhuiense Zhang et al . 2015 год
- Rhizobium aquaticum Máthé и др . 2019 год
- « Rizobium arachis » Wang et al. 2001 г.
- Rhizobium areae Zhang et al . 2017 г. [Примечание 1]
- Rhizobium arsenicireducens Mohapatra et al . 2020 год
- Rhizobium azooxydifex Behrendt et al . 2016 год
- Rhizobium Bangladeshense Rashid et al . 2015 год
- Rhizobium binae Рашид и др . 2015 год
- Rhizobium calliandrae Rincón-Rosales et al . 2013
- Rhizobium capsici Lin et al . 2015 год
- Rhizobium cauense Liu et al . 2015 год
- Rhizobium cellulosilyticum García-Fraile et al . 2007 г. [Примечание 2]
- Rhizobium changzhiense Zhang et al . 2021 год
- Rhizobium chutanense Huo et al . 2019 год
- « Rizobium cremeum » Yang et al. 2022 год
- « Rhizobium croatiense » Rajnovic et al. 2022 год
- « Ризобиум пустынный » Лю и др . 2020 г. [Примечание 2]
- Rhizobium dioscoreae Ouyabe et al . 2020 год
- Rhizobium ecuadorense Ribeiro et al . 2015 год
- Rhizobium endphyticum Лопес-Лопес и др . 2010 год
- Rhizobium esperanzae Cordeiro et al . 2017 год
- Rhizobium etli Segovia et al . 1993 год
- Rhizobium favelukesii Torres Tejerizo et al . 2016 год
- « Rhizobium flavescens » Su et al . 2021 год
- Rhizobium freirei Dall'Agnol et al . 2013
- Rhizobium Gallicum Amarger et al . 1997 год
- Rhizobium gei Shi et al . 2016 год
- « Rizobium glicinendophyticum » Wang et al . 2020 г. [Примечание 3]
- Rhizobium grahamii López-López et al . 2011 год
- Rhizobium hainanense Chen et al . 1997 год
- Rhizobium halophytocola Bibi et al . 2012 год
- « Rhizobium halotolerans » Дианж и Ли, 2013 г. [11]
- « Rizobium hedysari » Casella et al. 1986 г.
- « Rizobium hedysari » Сюй и др . 2017 год
- « Rizobium hedysarum » Casella et al. 1984 г.
- Rhizobium helianthi Wei et al . 2015 год
- Rhizobium hidalgonense Yan et al . 2020 год
- « Rizobium indicum » Rahi et al . 2020 год
- Rhizobium indigoferae Wei et al . 2002 г.
- Rhizobium jaguaris Rincón-Rosales et al . 2013
- « Rhizobium kunmingense » Shen et al . 2010 год
- Rhizobium laguerreae Saïdi et al . 2014 год
- Rhizobium leguminosarum (Фрэнк, 1879 г.) Франк, 1889 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
- Rhizobium lemnae Kittiwongwattana & Thawai 2014 г.
- Rhizobium lentis Рашид и др . 2015 год
- Rhizobium leucaenae Ribeiro et al . 2011 год
- Rhizobium lusitanum Valverde et al . 2006 г.
- « Candidatus Rhizobium Massiliense» Greub et al . 2004.
- Rhizobium mayense Rincón-Rosales et al . 2013
- Rhizobium mesoamericanum Лопес-Лопес и др . 2011 год
- Rhizobium mesosinicum Lin et al . 2009 год
- Rhizobium metallidurans Grison et al . 2015 год
- Rhizobium miluonense Gu et al . 2008 год
- Rhizobium mongolense van Berkum et al . 1998 год
- Rhizobium multihospitium Han et al . 2008 год
- Rhizobium oryzicola Zhang et al . 2015 год
- « Rizobium oryzihabitans » Чжао и др . 2020 год
- Rhizobium pakistanense corrig. Халид и др . 2015 г. [Примечание 2]
- « Rizobium panacihumi » Канг и др . 2019 год
- Rhizobium paranaense Dall'Agnol et al . 2014 год
- Rhizobiumphaseoli Dangeard 1926 (утвержденные списки 1980 г.)
- « Rizobium phenanthrenilyticum » Wen et al . 2011 год
- Rhizobium pisi Ramírez-Bahena et al . 2008 год
- « Rhizobium pongamiae » Кесари и др . 2013 [12]
- Rhizobium populi Rozahon et al . 2014 год
- « Rhizobium populisoli » Shen et al. 2021 год
- Rhizobium puerariae Boonsnongcheep et al . 2016 год
- « Rizobium qilianshanense » Сюй и др . 2013 [13]
- « Rizobium quercicola » Wang et al. 2022 год
- « Rizobium redzepovicii » Rajnovic et al. 2022 год
- Rhizobium rhizogenes (Riker et al ., 1930) Young et al . 2001 г.
- « Rhizobium rhizolycopersici » Thin et al . 2021 год
- Rhizobium rhizoryzae Zhang et al . 2014 год
- Rhizobium ruizarguesonis Jorrin et al . 2020 год
- Rhizobium smilacinae Zhang et al . 2014 г. [Примечание 2]
- Rhizobium soli Yoon et al . 2010 год
- Rhizobium sophorae Jiao et al . 2014 год
- Rhizobium sophoriradicis Jiao et al . 2014 год
- Rhizobium stratinoryzae Lin et al . 2014 год
- Rhizobium sullae Squartini et al . 2002 г.
- « Rizobium terrae » Руан и др . 2020 год
- Rhizobium tibeticum Hou et al . 2009 год
- Rhizobium tropici Martínez-Romero et al . 1991 год
- Rhizobium Tubenense Zhang et al . 2011 год
- Rhizobium туморогены Кузманович и др . 2019 год
- Rhizobium vallis Wang et al . 2011 [14]
- Rhizobium viscosum (Gasdorf et al ., 1965) Flores-Félix et al . 2017 год
- Rhizobium wenxiniae Gao et al . 2017 г. [Примечание 2]
- Rhizobium yanglingense Tan et al . 2001 [15]
- Rhizobium zeae Celador-Lera et al . 2017 год
Виды в «круглых скобках» описаны, но не утверждены в соответствии с Бактериологическим кодексом . [10]
Филогения
Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [10] Филогения основана на анализе всего генома. [16]
Примечания
- ^ Этот вид принадлежит к Pararhizobium , но официально еще не передан.
- ^ abcde Эти виды принадлежат к Neorhizobium , но официально еще не были переданы.
- ^ Этот вид относится к Петерёнгии , но официально еще не передан.
Рекомендации
- ^ Франк, Б. (1889). «Über die Pilzsymbiose der Leguminosen». Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft . 7 : 332–346.
- ^ Скерман, В.Б.; Макгоуэн, В.; Снит, PH (1980). «Утвержденные списки названий бактерий». Международный журнал систематической бактериологии . 30 : 225–420. дои : 10.1099/00207713-30-1-225 .
- ^ Тилакаратна, Малинда С.; Райзада, Маниш Н. (01 января 2018 г.). «Визуализация накопления глутамина в корневых системах, участвующих в симбиозе бобовых и ризобий, путем размещения на агаре с добавлением биосенсорных клеток-компаньонов». Журнал «Фитобиомы» . 2 (3): 117–128. doi : 10.1094/PBIOMES-07-18-0031-TA .
- ^ Савада, Хироюки; Куикендалл, Л. Дэвид; Янг, Джон М. (июнь 2003 г.). «Изменение представлений о систематике бактериальных азотфиксирующих симбионтов бобовых». Журнал общей и прикладной микробиологии . 49 (3): 155–79. дои : 10.2323/jgam.49.155 . ПМИД 12949698.
- ^ Шридеви, М; Маллайя, К.В. (март 2009 г.). «Солюбилизация фосфатов штаммами Rhizobium». Индийский журнал микробиологии . 49 (1): 98–102. дои : 10.1007/s12088-009-0005-1. ПМЦ 3450048 . ПМИД 23100757.
- ^ Бейеринк, Мартинус В. (1888). «Die Bacteriender Papilionaceenknöllchen». Бот.Ztg . 46 .
- ^ «Чудесные коллекции микробов ускоряют открытия для защиты людей, растений и многого другого!». Сельскохозяйственные исследования . Министерство сельского хозяйства США. Январь 2010 года . Проверено 10 августа 2018 г.
- ^ Солтер, Сюзанна Дж.; Кокс, Майкл Дж.; Турек Елена М.; Калус, Шимон Т.; Куксон, Уильям О.; Моффатт, Мириам Ф.; и другие. (ноябрь 2014 г.). «Загрязнение реагентов и лабораторий может критически повлиять на анализ микробиома на основе последовательностей». БМК Биология . 12:87 . bioRxiv 10.1101/007187 . дои : 10.1186/s12915-014-0087-z . ISSN 1741-7007. ПМЦ 4228153 . ПМИД 25387460.
- ^ Кулаков, Леонид А.; Макалистер, Морвен Б.; Огден, Кимберли Л.; Ларкин, Майкл Дж.; О'Хэнлон, Джон Ф. (апрель 2002 г.). «Анализ бактерий, загрязняющих сверхчистую воду в промышленных системах». Прикладная и экологическая микробиология . 68 (4): 1548–1555. дои :10.1128/АЕМ.68.4.1548-1555.2002. ПМК 123900 . ПМИД 11916667.
- ^ abc Эзеби, JP; Парте, AC. «Ризобиевые». Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 16 сентября 2022 г.
- ^ Дианге, Эбоа Адольф; Ли, Сан-Соб (июнь 2013 г.). « Rizobium halotolerans sp. nov., выделенный из почвы, загрязненной хлорэтиленом». Современная микробиология . 66 (6): 599–605. дои : 10.1007/s00284-013-0313-x. PMID 23377488. S2CID 17809044.
- ^ Кесари, Вигья; Рамеш, Аади Мулам; Ранган, Лата (2013). «Rhizobium pongamiae sp. nov. из корневых клубеньков Pongamia pinnata». БиоМед Исследования Интернэшнл . 2013 : 165198. дои : 10.1155/2013/165198 . ПМЦ 3783817 . ПМИД 24078904.
- ^ Сюй, Линь; Чжан, Юн; Дэн, Чжэн Шань; Чжао, Лян; Вэй, Сю Ли; Вэй, Гэ Хун (март 2013 г.). « Rhizobium qilianshanense sp. nov., новый вид, выделенный из корневых клубеньков Oxytropis ochrocephala Bunge в Китае». Антони ван Левенгук . 103 (3): 559–65. doi : 10.1007/s10482-012-9840-x. PMID 23142858. S2CID 18660422.
- ^ Ван, Фанг; Ван, Энь Тао; Ву, Ли Хуан; Суй, Синь Хуа; Ли, Ин Ли; Чен, Вэнь Синь (ноябрь 2011 г.). «Rhizobium vallis sp. nov., выделенный из клубеньков трех видов бобовых». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (11): 2582–2588. дои : 10.1099/ijs.0.026484-0 . ПМИД 21131504.
- ^ Сильва, Клаудия; Винуэса, Пабло; Эгиарте, Луис Э; Соуза, Валерия; Мартинес-Ромеро, Эсперанса (ноябрь 2005 г.). «Эволюционная генетика и биогеографическая структура Rhizobium Gallicum sensu lato , широко распространенного бактериального симбионта разнообразных бобовых». Молекулярная экология . 14 (13): 4033–50. дои : 10.1111/j.1365-294X.2005.02721.x. PMID 16262857. S2CID 16668742.
- ^ Хёрдт, Антон; Лопес, Марина Гарсия; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Шлейнинг, Марсель; Вайнхольд, Лиза-Мария; Тиндалл, Брайан Дж.; Гронов, Сабина; Кирпидес, Никос К.; Войке, Таня; Гёкер, Маркус (7 апреля 2020 г.). «Анализ более 1000 геномов типовых штаммов существенно улучшает таксономическую классификацию альфапротеобактерий». Границы микробиологии . 11 : 468. дои : 10.3389/fmicb.2020.00468 . ПМЦ 7179689 . ПМИД 32373076.
Внешние ссылки
