Мельбурнская биоинформатика (ранее Викторианская инициатива по вычислениям в области наук о жизни, VLSCI) является центром знаний в области вычислительных наук о жизни. Он обеспечивает поддержку биоинформатики для всех исследователей и студентов в широком спектре проектов и услуг местного и национального значения. Исследователи могут взаимодействовать с Мельбурнской биоинформатикой посредством обучения и консультаций с экспертами, что может привести к сотрудничеству в проектах с научными сотрудниками Мельбурнского университета.
VLSCI был создан в рамках планов правительства штата Виктория по поддержке биотехнологий и был указан в качестве ключевого инфраструктурного проекта в Плане действий по биотехнологии штата Виктория на 2011 год. [1] Это была инициатива правительства штата Виктория стоимостью 100 миллионов долларов США в партнерстве с Университетом штата Виктория. Мельбурн и Исследовательская лаборатория IBM в области биологических наук, Мельбурн. [2] Среди других основных заинтересованных сторон были ключевые викторианские медицинские и исследовательские институты, крупные университеты и государственные исследовательские организации. [1]
В 2015 году VLSCI перешла на новую модель управления после получения еще 6,65 млн долларов от правительства штата Виктория. Первая исследовательская лаборатория IBM в области наук о жизни располагалась в VLSCI в течение 5 лет. После переезда в близлежащие офисы IBM Research Australia сотрудники Collaboratory продолжили работу над рядом проектов в рамках более широкого партнерства Мельбурнского университета и IBM под новым названием Melbourne Bioinformatics. [3] [4]
Высокопроизводительный петамасштабный вычислительный центр Melbourne Bioinformatics был доступен исследователям из Виктории , работающим в различных университетах и исследовательских институтах Мельбурна. В 2017 году эти кластеры входили в число 500 лучших в мире. [5] В штате были технические эксперты, призванные максимально повысить удобство работы пользователей, восполнить пробелы в навыках в исследовательских группах, создать необходимое междисциплинарное исследовательское сотрудничество и предоставить навыки для масштабирования проектов до эффективно использовать предоставляемую вычислительную мощность. Проводилось постоянное развитие навыков и обучение в области вычислительной биологии , молекулярного моделирования и биоинформатики.
На пике своего развития пиковая вычислительная мощность VLSCI работала на мощности 855 терафлопс. В число систем входили Barcoo, IBM iDataPlex x86, Merri, IBM iDataPlex x86 и Avoca, включающие 4 стойки IBM Blue Gene/Q .
Центр пиковых вычислений VLSCI (PCF) предоставил высокопроизводительную вычислительную инфраструктуру и экспертные знания в области вычислений исследователям в области медико-биологических наук по всей Виктории. PCF имел тесно связанные кластеры с очень быстрыми дисковыми подсистемами, пиковая производительность которых в настоящее время составляла 855 терафлопс. Чтобы помочь исследователям максимально эффективно использовать вычислительное время и максимально эффективно использовать выделенные ресурсы, PCF собрал команду системных администраторов, программистов и специалистов по приложениям, к которым можно было обратиться через систему запросов на помощь.
Вычислительный центр медико-биологических наук VLSCI (LSCC) физически располагался в Мельбурнском университете и Университете Ла-Троба , и многие сотрудники работали в различных исследовательских институтах, включая Институт инфекций и иммунитета Питера Доэрти (Институт Доэрти), в течение некоторой части своей недели. . LSCC представлял собой распределенный пул знаний и инфраструктуры для компьютерных исследований в области биологических наук, обслуживающий исследовательские учреждения в области биологических наук по всей Виктории. Целью проекта было содействие исследовательскому сотрудничеству и поддержке относительно небольшого числа конкретных внешних проектов; выступать в качестве источника общих ресурсов, программных платформ и опыта для поддержки исследователей в области медико-биологических наук; предлагать исследовательскую подготовку, образование и карьерный рост биоинформатикам и компьютерным биологам, чтобы поддержать развитие викторианского исследовательского сообщества в области вычислительных наук о жизни; и поддержите развитие биологических вычислений в Виктории в целом.
Мельбурнская биоинформатика совместно с QFAB Bioinformatics , QCIF и Исследовательским вычислительным центром Университета Квинсленда совместно построили и эксплуатируют Galaxy Australia, которая является основной особенностью виртуальной лаборатории геномики.