stringtranslate.com

Список программного обеспечения для масс-спектрометрии

Программное обеспечение для масс-спектрометрии используется для сбора, анализа и представления данных в масс-спектрометрии .

Программное обеспечение для протеомики

В масс-спектрометрии белков для идентификации белков / пептидов используются эксперименты с тандемной масс-спектрометрией (также известные как MS/MS или MS 2 ). Алгоритмы идентификации пептидов делятся на два больших класса: поиск в базе данных и поиск de novo . Первый поиск выполняется по базе данных, содержащей все аминокислотные последовательности, предположительно присутствующие в анализируемом образце. Напротив, последний выводит пептидные последовательности без знания геномных данных.

Алгоритмы поиска в базе данных

Алгоритмы секвенирования de novo

Алгоритмы секвенирования пептидов de novo, в целом, основаны на подходе, предложенном Бартельсом и др. (1990). [27]

Алгоритмы поиска гомологии

Количественное определение пептидов методом МС/МС

Другое программное обеспечение

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab Cox, Jürgen; Neuhauser, Nadin; Michalski, Annette; Scheltema, Richard A.; Olsen, Jesper V.; Mann, Matthias (2011). «Andromeda: поисковая система пептидов, интегрированная в среду MaxQuant». Journal of Proteome Research . 10 (4): 1794–1805. doi : 10.1021/pr101065j . ISSN  1535-3893. PMID  21254760.
  2. ^ Берн, Маршалл; Кай, Юхан; Голдберг, Дэвид (2007). «Lookup Peaks: гибрид de Novo секвенирования и поиска в базе данных для идентификации белков с помощью тандемной масс-спектрометрии». Аналитическая химия . 79 (4): 1393–1400. doi :10.1021/ac0617013. PMID  17243770. S2CID  27769662.
  3. ^ Берн, Маршалл; Голдберг, Дэвид (2008). «Улучшенные функции ранжирования для идентификации белков и сайтов модификации». Журнал вычислительной биологии . 15 (7): 705–719. doi :10.1089/cmb.2007.0119. PMID  18651800.
  4. ^ Eng, Jimmy K.; Jahan, Tahmina A.; Hoopmann, Michael R. (2013). "Comet: инструмент поиска в базе данных последовательностей MS/MS с открытым исходным кодом". Proteomics . 13 (1): 22–24. doi :10.1002/pmic.201200439. ISSN  1615-9853. PMID  23148064. S2CID  13533125.
  5. ^ «Осмотр и MS-выравнивание».
  6. ^ Перкинс, Дэвид Н.; Паппин, Дэррил Дж. К.; Кризи, Дэвид М.; Коттрелл, Джон С. (1999). «Идентификация белков на основе вероятности путем поиска в базах данных последовательностей с использованием данных масс-спектрометрии». Электрофорез . 20 (18): 3551–67. doi :10.1002/(SICI)1522-2683(19991201)20:18<3551::AID-ELPS3551>3.0.CO;2-2. PMID  10612281. S2CID  42423655.
  7. ^ Солнцев, Стефан К.; Шортрид, Майкл Р.; Фрей, Брайан Л.; Смит, Ллойд М. (2018). «Расширенное обнаружение глобальной посттрансляционной модификации с помощью MetaMorpheus». Журнал исследований протеома . 17 (5): 1844–1851. doi :10.1021/acs.jproteome.7b00873. PMID  29578715.
  8. ^ Конг, Энди Т.; Лепревост, Фелипе В.; Автономов, Дмитрий М.; Меллахеруву, Даттатрея; Несвижский, Алексей И. (2017). "MSFragger: сверхбыстрая и комплексная идентификация пептидов в протеомике на основе масс-спектрометрии". Nature Methods . 14 (5): 513–520. doi :10.1038/nmeth.4256. PMC 5409104 . PMID  28394336. 
  9. ^ Sabareesh, Varatharajan; Singh, Gurpreet (2013). «Анализатор липидов и молекулярная платформа на основе масс-спектрометрии: новое программное обеспечение для интерпретации и анализа данных масс-спектрометрии липидов с электрораспылением и/или лазерной десорбцией/ионизацией с помощью матрицы: исследование случая Mycobacterium tuberculosis». Журнал масс-спектрометрии . 48 (4): 465–477. Bibcode : 2013JMSp...48..465S. doi : 10.1002/jms.3163. ISSN  1096-9888. PMID  23584940.
  10. ^ Табб, Дэвид Л.; Фернандо, Кристофер Г.; Чемберс, Мэтью К. (2007). «MyriMatch: высокоточная тандемная масс-спектральная идентификация пептидов с помощью многомерного гипергеометрического анализа». Журнал исследований протеома . 6 (2): 654–61. doi :10.1021/pr0604054. PMC 2525619. PMID  17269722 . 
  11. ^ Характеристики NIST23. Получено 6 февраля 2024 г.
  12. ^ "OMSSA ms/ms search engine". Pubchem.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 27.09.2011 .
  13. ^ Geer, Lewis Y.; Markey, Sanford P.; Kowalak, Jeffrey A.; Wagner, Lukas; Xu, Ming; Maynard, Dawn M.; Yang, Xiaoyu; Shi, Wenyao; Bryant, Stephen H. (2004). "Открытый алгоритм поиска масс-спектрометрии". Journal of Proteome Research . 3 (5): 958–64. arXiv : q-bio/0406002 . Bibcode :2004q.bio.....6002G. doi :10.1021/pr0499491. PMID  15473683. S2CID  12218715.
  14. ^ Лян, К.; Смит, Дж. К.; Хендри, Кристофер (2003). Сравнительное исследование программных средств секвенирования пептидов для МС/МС . Американское общество масс-спектрометрии.
  15. ^ Колинж, Жак; Массело, Александр; Жирон, Марк; Дессинжи, Тьерри; Маньен, Жером (2003). «OLAV: На пути к высокопроизводительной тандемной масс-спектрометрической идентификации данных». Протеомика . 3 (8): 1454–63. doi :10.1002/pmic.200300485. PMID  12923771. S2CID  36666495.
  16. ^ Чжан, Чжо; Сунь, Шивэй; Чжу, Сяопэн; Чанг, Сухуа; Лю, Сяофэй; Ю, Чунгонг; Бу, Дунбо; Чен, Жуньшэн (2006). «Новая схема оценки для идентификации пептидов путем поиска в базах данных последовательностей белков с использованием данных тандемной масс-спектрометрии». БМК Биоинформатика . 7 (1): 222. дои : 10.1186/1471-2105-7-222 . ISSN  1471-2105. ПМК 1463009 . ПМИД  16638152. 
  17. ^ Xu, T.; Park, SK; Venable, JD; Wohlschlegel, JA; Diedrich, JK; Cociorva, D.; Lu, B.; Liao, L.; Hewel, J.; Han, X.; Wong, CCL; Fonslow, B.; Delahunty, C.; Gao, Y.; Shah, H.; Yates, JR (2015). "ProLuCID: улучшенный алгоритм типа SEQUEST с повышенной чувствительностью и специфичностью". Journal of Proteomics . 129 : 16–24. doi :10.1016/j.jprot.2015.07.001. ISSN  1874-3919. PMC 4630125 . PMID  26171723. 
  18. ^ Шилов, Игнат В.; Сеймур, Шон Л.; Патель, Алпеш А.; Лобода, Алекс; Танг, Вильфред Х.; Китинг, Шон П.; Хантер, Кристи Л.; Нувайсир, Лидия М.; Шеффер, Дэниел А. (2007). «Алгоритм Paragon — поисковая система нового поколения, использующая значения температуры последовательности и вероятности признаков для идентификации пептидов из тандемных масс-спектров». Молекулярная и клеточная протеомика . 6 (9): 1638–1655. doi : 10.1074/mcp.T600050-MCP200 . ISSN  1535-9476. PMID  17533153. S2CID  7097773.
  19. ^ "Поисковая система RAID MS/MS". QMBP NCBI NLM NIH . Получено 01.01.2008 .
  20. ^ Alves, Gelio; Ogurtsov, Aleksey Y.; Yu, Yi-Kuo (2007). "RAId_DbS: идентификация пептидов с использованием поиска в базе данных с реалистичной статистикой". Biol Direct . 2 : 25. doi : 10.1186/1745-6150-2-25 . PMC 2211744. PMID  17961253 . 
  21. ^ Джимми К. Энг; Эшли Л. МакКормак; Джон Р. Йейтс, III (1994). «Подход к корреляции тандемных масс-спектральных данных пептидов с аминокислотными последовательностями в базе данных белков». J Am Soc Mass Spectrom . 5 (11): 976–989. Bibcode : 1994JASMS...5..976E. doi : 10.1016/1044-0305(94)80016-2. PMID  24226387. S2CID  18413192.
  22. ^ Хриковини, Милош; Тварошка, Игорь; Хирш, Ян; Дубен, Энтони Дж. (1991). «Ядерные эффекты Оверхаузера и гибкость сахаридов: метил-β-ксилобиозид». Исследование углеводов . 210 : 13–20. дои : 10.1016/0008-6215(91)80109-Z. ISSN  0008-6215. ПМИД  1878875.
  23. ^ Новак, Иржи; Заксенберг, Тимо; Хокша, Дэвид; Скопал, Томас; Кольбахер, Оливер (2013). «О сравнении SimTandem с современными инструментами идентификации пептидов, эффективности фильтра масс-прекурсоров и работе с переменными модификациями». Журнал интегративной биоинформатики . 10 (3): 1–15. doi : 10.1515/jib-2013-228 . PMID  24231142. S2CID  22469656.
  24. ^ Diament, Benjamin J.; Noble, William Stafford (2011). «Быстрый поиск SEQUEST для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам». Journal of Proteome Research . 10 (9): 3871–3879. doi :10.1021/pr101196n. ISSN  1535-3893. PMC 3166376. PMID 21761931  . 
  25. ^ Коу, Цян; У, Си; Толич, Никола; Паша-Толич, Лилиана; Лю, Юньлун; Лю, Сяовэнь (2017). «Подход на основе массовых графов для идентификации модифицированных протеоформ с использованием тандемных масс-спектров сверху вниз». Биоинформатика . 33 (9): 1309–1316. doi :10.1093/bioinformatics/btw806. ISSN  1460-2059. PMC 5860502. PMID 28453668  . 
  26. ^ Коу, Цян; Сюнь, Ликунь; Лю, Сяовэнь (2016). «TopPIC: программный инструмент для нисходящей масс-спектрометрической идентификации и характеристики протеоформ». Биоинформатика . 32 (22): 3495–3497. doi :10.1093/bioinformatics/btw398. ISSN  1460-2059. PMC 5181555. PMID 27423895  . 
  27. ^ Бартельс, Кристиан (31 мая 1990 г.). «Быстрый алгоритм секвенирования пептидов с помощью масс-спектроскопии». Биологическая масс-спектрометрия . 19 (6): 363–368. doi :10.1002/bms.1200190607. PMID  24730078.
  28. ^ Новак, Иржи; Лемр, Карел; Шуг, Кевин А.; Хавличек, Владимир (2015). «CycloBranch: De Novo секвенирование нерибосомальных пептидов с использованием точных масс-спектров ионов-продуктов». J. Am. Soc. Mass Spectrom . 26 (10): 1780–1786. Bibcode : 2015JASMS..26.1780N. doi : 10.1007/s13361-015-1211-1. PMID  26195308. S2CID  207470364.
  29. ^ Савицкий, Михаил М.; Нильсен, Майкл Л.; Кьельдсен, Франк; Зубарев, Роман А. (2005). «Proteomics-Grade de Novo Sequencing Approach». Journal of Proteome Research . 4 (6): 2348–54. doi :10.1021/pr050288x. PMID  16335984.
  30. ^ Thermo Finnigan представляет Denovox – Результаты поиска [ мертвая ссылка ]
  31. ^ Ma, Bin; Zhang, Kaizhong; Hendrie, Christopher; Liang, Chengzhi; Li, Ming; Doherty-Kirby, Amanda; Lajoie, Gilles (2003). "PEAKS: мощное программное обеспечение для секвенирования пептидов de novo с помощью тандемной масс-спектрометрии". Rapid Communications in Mass Spectrometry . 17 (20): 2337–42. Bibcode : 2003RCMS...17.2337M. doi : 10.1002/rcm.1196. PMID  14558135.
  32. ^ Танну, Нилеш С.; Хемби, Скотт Э. (2007). "Анализ последовательности белка de novo Macaca mulatta". BMC Genomics . 8 : 270. doi : 10.1186 /1471-2164-8-270 . PMC 1965481. PMID  17686166. 
  33. ^ Сен, К. Илкер; Тан, Вильфред Х; Наяк, Шрути; Кил, Йонг Дж; Берн, Маршалл; Озоглу, Берк; Юберхайде, Беатрикс; Дэвис, Даррил; Беккер, Кристофер (2017-05-01). «Автоматизированное секвенирование антител De Novo и его применение в биофармацевтических исследованиях». Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 28 (5): 803–810. Bibcode : 2017JASMS..28..803S. doi : 10.1007/s13361-016-1580-0. ISSN  1044-0305. PMC 5392168. PMID 28105549  . 
  34. ^ Йилмаз, Мелих; Фондри, Уильям (2024-02-13). «Трансляция последовательности в последовательность из масс-спектров в пептиды с использованием модели трансформатора». bioRxiv . doi :10.1101/2023.01.03.522621 . Получено 2024-04-03 .
  35. ^ Элофф, Кевин; Калогеропулос, Константинос (2024-03-04). "Секвенирование пептидов de novo с помощью InstaNovo: точная идентификация пептидов без использования баз данных для крупномасштабных протеомных экспериментов". bioRxiv . doi :10.1101/2023.08.30.555055 . Получено 2024-04-03 .
  36. ^ Месснер, Кристоф Б.; Демичев, Вадим; Блумфилд, Ник; Ю, Джейсон СЛ; Уайт, Мэтью; Крейдл, Марко; Эггер, Анна-София; Фрайвальд, Аня; Ивосев, Гордана; Васим, Фрас; Железняк, Алексей (июль 2021 г.). «Сверхбыстрая протеомика со сканированием SWATH». Nature Biotechnology . 39 (7): 846–854. doi :10.1038/s41587-021-00860-4. ISSN  1546-1696. PMC 7611254 . PMID  33767396. 
  37. ^ Демичев, Вадим; Ю, Фэнчао; Тео, Го Ци; Ширвиль, Лукаш; Розенбергер, Джордж А.; Деккер, Йенс; Каспар-Шёнефельд, Стефани; Лилли, Кэтрин С.; Мюлледер, Михаэль; Несвижский, Алексей И.; Ральсер, Маркус (2021-03-09). "Высокочувствительная протеомика dia-PASEF с DIA-NN и FragPipe". bioRxiv : 2021.03.08.434385. doi :10.1101/2021.03.08.434385. S2CID  232223730.
  38. ^ Демичев, Вадим; Месснер, Кристоф Б.; Вернардис, Спирос И.; Лилли, Кэтрин С.; Ралсер, Маркус (январь 2020 г.). «DIA-NN: нейронные сети и коррекция помех обеспечивают глубокий охват протеома при высокой пропускной способности». Nature Methods . 17 (1): 41–44. doi :10.1038/s41592-019-0638-x. ISSN  1548-7105. PMC 6949130 . PMID  31768060. 
  39. ^ Милликин, Роберт Дж.; Солнцев, Стефан К.; Шортрид, Майкл Р.; Смит, Ллойд М. (2018). «Сверхбыстрая количественная оценка пептидов без метки с помощью FlashLFQ». Журнал исследований протеома . 17 (1): 386–391. doi :10.1021/acs.jproteome.7b00608. PMC 5814109. PMID  29083185. 
  40. ^ Кокс, Юрген; Манн, Маттиас (декабрь 2008 г.). «MaxQuant обеспечивает высокую скорость идентификации пептидов, индивидуальную точность масс в диапазоне ppb и количественную оценку белков по всему протеому». Nature Biotechnology . 26 (12): 1367–1372. doi :10.1038/nbt.1511. ISSN  1546-1696.
  41. ^ Röst HL, Sachsenberg T, Aiche S, Bielow C, Weisser H, Aicheler F, Andreotti S, Ehrlich HC, Gutenbrunner P, Kenar E, Liang X, Nahnsen S, Nilse L, Pfeuffer J, Rosenberger G, Rurik M, Schmitt U, Veit J, Walzer M, Wojnar D, Wolski WE, Schilling O, Choudhary JS, Malmström L, Aebersold R, Reinert K, Kohlbacher O (2016). "OpenMS: гибкая программная платформа с открытым исходным кодом для анализа данных масс-спектрометрии" (PDF) . Nat. Methods . 13 (9): 741–8. doi :10.1038/nmeth.3959. PMID  27575624. S2CID  873670.
  42. ^ Эгельхофер В., Хоэнвартер В., Лион Д., Векверт В., Венкооп С. (2013). «Использование ProtMAX для создания высокоточных выравниваний предшественников по массе из количественных данных масс-спектрометрии без меток, полученных в экспериментах по протеомике методом дробовика». Nat Protoc . 8 (3): 595–601. doi :10.1038/nprot.2013.013. PMID  23449253. S2CID  29653992.
  43. ^ Maclean, B (2010). «Skyline: редактор документов с открытым исходным кодом для создания и анализа целевых экспериментов по протеомике». Биоинформатика . 26 (7): 966–968. doi :10.1093/bioinformatics/btq054. PMC 2844992. PMID  20147306 . 
  44. ^ Рейтер, Л. и др. (2011). «mProphet: автоматизированная обработка данных и статистическая проверка для крупномасштабных экспериментов SRM». Nat Methods . 8 (5): 430–435. doi :10.1038/nmeth.1584. PMID  21423193. S2CID  205419625.
  45. ^ Лоу, КП; Лим ИП (2013). «Последние достижения в области масс-спектрометрии: независимый от данных анализ и мониторинг гиперреакций». Expert Rev Proteomics . 10 (6): 551–566. doi :10.1586/14789450.2013.858022. PMID  24206228. S2CID  29969570.
  46. ^ Аллен, Фелисити; Пон, Эллисон; Уилсон, Майкл; Грейнер, Расс; Уишарт, Дэвид (2014). «CFM-ID: веб-сервер для аннотации, прогнозирования спектра и идентификации метаболитов из тандемных масс-спектров». Nucleic Acids Research . 42 (выпуск веб-сервера): W94–W99. doi :10.1093/nar/gku436. PMC 4086103 . PMID  24895432. 
  47. ^ Аллен, Фелисити; Грейнер, Расс; Уишарт, Дэвид (2015). «Моделирование конкурентной фрагментации спектров ESI-MS/MS для идентификации предполагаемых метаболитов». Metabolomics . 11 : 98–110. arXiv : 1312.0264 . doi : 10.1007/s11306-014-0676-4. S2CID  256589.
  48. ^ Аллен, Фелисити; Пон, Эллисон; Грейнер, Расс; Уишарт, Дэвид (2016). «Вычислительное прогнозирование масс-спектров электронной ионизации для помощи в идентификации соединений методом ГХ/МС». Аналитическая химия . 88 (15): 7689–7697. doi :10.1021/acs.analchem.6b01622. PMID  27381172.
  49. ^ Djoumbou-Feunang, Yannick; Pon, Allison; Karu, Naama; Zheng, Jiamin; Li, Carin; Arndt, David; Gautam, Maheswor; Allen, Felicity; Wishart, David S. (2019). "CFM-ID 3.0: Значительно улучшенное прогнозирование ESI-MS/MS и идентификация соединений". Metabolites . 9 (4): 72. doi : 10.3390/metabo9040072 . PMC 6523630 . PMID  31013937. S2CID  129941603. 
  50. ^ Озава, СИ; Болд, Т; Ониши, Т; Сюэ, Х; Мацумура, Т; Кубо, Р; Такахаши, Х; Хипплер, М; Такахаши, И (октябрь 2018 г.). «Конфигурация десяти субъединиц комплекса I хлорофилла a/b, собирающих свет, в фотосистеме I Chlamydomonas reinhardtii». Физиология растений . 178 (2): 583–595. doi :10.1104/pp.18.00749. PMC 6181050. PMID 30126869  . 
  51. ^ Muth, Thilo; Weilnböck, Lisa; Rapp, Erdmann; Huber, Christian G.; Martens, Lennart; Vaudel, Marc; Barsnes, Harald (2014). "DeNovoGUI: Графический пользовательский интерфейс с открытым исходным кодом для секвенирования de Novo тандемных масс-спектров". Journal of Proteome Research . 13 (2): 1143–1146. doi :10.1021/pr4008078. ISSN  1535-3893. PMC 3923451. PMID 24295440  . 
  52. ^ Сахиль; Шубхра Агравал; ДжорджСабу; Ришаб Гупта; Панкадж Кумар; Сайфул Б. Хан; Кайлаш Ядав; Наман Гупта; Рагхав Сегал (11 января 2019 г.), ElucidataInc/ElMaven: v0.6.1 , doi : 10.5281/zenodo.2537593
  53. ^ Winkler, Robert (2010). "ESIprot: универсальный инструмент для определения зарядового состояния и расчета молекулярной массы белков из данных масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением". Rapid Communications in Mass Spectrometry . 24 (3): 285–94. Bibcode :2010RCMS...24..285W. doi : 10.1002/rcm.4384 . PMID  20049890.
  54. ^ Малютов, Дмитрий; Чэнь, Тяньчи; Айролди, Эдоардо; Джаффе, Якоб; Будник, Богдан; Славов, Николай (2019-01-01). "Quantifying Homologous Proteins and Proteoforms". Molecular & Cellular Proteomics . 18 (1): 162–168. doi : 10.1074/mcp.TIR118.000947 . ISSN  1535-9476. PMC 6317479. PMID 30282776  . 
  55. ^ "LIFS LipidXplorer Wiki".
  56. ^ Лопес-Фернандес, Х.; Сантос, Х.М.; Капело, Х.Л.; Фдес-Риверола, Ф.; Глес-Пенья, Д.; Ребойро-Хато, М. (2015). «Mass-Up: универсальное открытое программное приложение для обнаружения знаний с помощью масс-спектрометрии MALDI-TOF». BMC Bioinformatics . 16 : 318. doi : 10.1186/s12859-015-0752-4 . PMC 4595311. PMID  26437641 . 
  57. ^ Rusconi, F. (2009). "massXpert 2: кроссплатформенная программная среда для моделирования химии полимеров и моделирования/анализа масс-спектрометрических данных". Биоинформатика . 25 (20): 2741–2. doi : 10.1093/bioinformatics/btp504 . PMID  19740912.
  58. ^ Хубер, Флориан; Верховен, Стефан; Мейер, Кристиан; Шпреу, Ханно; Вильянуэва, Эфраин; Гэн, Цуньлян; ван дер Хоофт, Джастин Джей Джей; Роджерс, Саймон; Беллум, Адам; Диблен, Фарук; Спаакс, Джурриан Х. (2020). «matchms - обработка и оценка сходства данных масс-спектрометрии». Журнал программного обеспечения с открытым исходным кодом . 5 (52): 2411. Бибкод : 2020JOSS....5.2411H. дои : 10.21105/joss.02411 . S2CID  225186415.
  59. ^ "Премия за инновации в области аналитического ученого 2023 года". Аналитический ученый . 2023-12-12 . Получено 2023-12-16 .
  60. ^ Сюэ, Цзинчуань; Гихас, Карлос; Бентон, Х. Пол; Варт, Бенедикт; Сиуздак, Гари (октябрь 2020 г.). «База данных молекулярных стандартов METLIN MS2: широкий химический и биологический ресурс». Nature Methods . 17 (10): 953–954. doi :10.1038/s41592-020-0942-5. ISSN  1548-7105. PMC 8802982 . PMID  32839599. 
  61. ^ Бейкер, Эрин С.; Хоанг, Кори; Уритбунтхай, Винни; Хейман, Хейно М.; Пратт, Брайан; Маккосс, Майкл; Маклин, Брендан; Пламб, Роберт; Айспорна, Ариес; Сиуздак, Гари (декабрь 2023 г.). "METLIN-CCS: база данных сечений столкновений спектрометрии подвижности ионов". Nature Methods . 20 (12): 1836–1837. doi :10.1038/s41592-023-02078-5. ISSN  1548-7105. PMC 10843661 . PMID  37932399. 
  62. ^ Aisporna, Aries; Benton, H. Paul; Chen, Andy; Derks, Rico JE; Galano, Jean Marie; Giera, Martin; Siuzdak, Gary (2022-03-02). «Neutral Loss Mass Spectral Data Enhances Molecular Similarity Analysis in METLIN». Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 33 (3): 530–534. doi :10.1021/jasms.1c00343. ISSN  1044-0305. PMC 10131246. PMID  35174708 . 
  63. ^ "METLIN - База данных Commons". ngdc.cncb.ac.cn . Получено 28.11.2023 .
  64. ^ Доминго-Альменара, Ксавье; Гихас, Карлос; Биллингс, Элизабет; Монтенегро-Берк, Дж. Рафаэль; Уритбунтай, Винни; Айспорна, Ариес Э.; Чен, Эмили; Бентон, Х. Пол; Сиуздак, Гэри (2019-12-20). "Набор данных малых молекул METLIN для прогнозирования времени удерживания на основе машинного обучения". Nature Communications . 10 (1): 5811. Bibcode :2019NatCo..10.5811D. doi :10.1038/s41467-019-13680-7. ISSN  2041-1723. PMC 6925099 . PMID  31862874. 
  65. ^ Rusconi, F. (2019). "mineXpert: Визуализация и добыча данных биологической масс-спектрометрии с полной поддержкой JavaScript" (PDF) . J. Proteome Res . 18 (5): 2254–2259. doi :10.1021/acs.jproteome.9b00099. PMID  30950277. S2CID  96435891.
  66. ^ Rusconi, F. (2021). "mineXpert2: Полная визуализация и исследование данных масс-спектрометрии MSn". JASMS . 32 (4): 1138–1141. doi : 10.1021/jasms.0c00402. PMID  33683899.
  67. ^ Палаги, Патрисия М.; Вальтер, Дэниел; Квадрони, Манфредо; Катрин, Себастьен; Берджесс, Дженнифер; Циммерманн-Ивол, Екатерина Г.; Санчес, Жан-Шарль; Бинц, Пьер-Ален; Хохштрассер, Денис Ф.; Аппель, Рон Д. (2005). «MSight: программное обеспечение для анализа изображений для жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии». Протеомика . 5 (9): 2381–4. дои : 10.1002/pmic.200401244 . PMID  15880814. S2CID  33296427.
  68. ^ Робишо, Гийом; Гаррард, Кеннет П.; Барри, Джереми А.; Маддиман, Дэвид К. (март 2013 г.). «MSiReader: интерфейс с открытым исходным кодом для просмотра и анализа файлов изображений высокой разрешающей способности MS на платформе Matlab». Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 24 (5): 718–721. Bibcode : 2013JASMS..24..718R. doi : 10.1007/s13361-013-0607-z. PMC 3693088. PMID  23536269 . 
  69. ^ Принс, Дж. Т.; Маркотт, Э. М. (2008). «Mspire: Масс-спектрометрическая протеомика в Ruby». Биоинформатика . 24 (23): 2796–2797. doi :10.1093/bioinformatics/btn513. PMC 2639276. PMID  18930952 . 
  70. ^ Goeminne, LJE; Gevaert, K.; Clement, L. (2016). «Надежная гребневая регрессия на уровне пептидов улучшает оценку, чувствительность и специфичность в зависящей от данных количественной безмаркерной протеомике». Молекулярная и клеточная протеомика . 15 (2): 657–668. doi : 10.1074/mcp.M115.055897 . PMC 4739679. PMID  26566788 . 
  71. ^ Goeminne, LJE; Gevaert, K.; Clement, L. (2018). «Экспериментальный дизайн и анализ данных в количественной протеомике без меток с помощью ЖХ/МС: учебное пособие с MSqRob». Журнал протеомики . 171 : 23–26. doi :10.1016/j.jprot.2017.04.004. PMID  28391044.
  72. ^ Goeminne, LJE; Sticker, A.; Martens, M.; Gevaert, K.; Clement, L. (2020). «MSqRob преодолевает недостающее препятствие: объединяя протеомику, основанную на интенсивности и количестве». Аналитическая химия . XXXX (XX): 6278–6287. doi : 10.1021/acs.analchem.9b04375. hdl : 1854/LU-8671265 . PMID  32227882. S2CID  214751205.
  73. ^ Мигас, Лукаш Г.; Франс, Айдан П.; Беллина, Бруно; Барран, Пердита Э. (апрель 2018 г.). «ORIGAMI: программный пакет для масс-спектрометрии с активированной ионной подвижностью (aIM-MS), применяемый к мультимерным белковым сборкам». Международный журнал масс-спектрометрии . 427 : 20–28. Bibcode : 2018IJMSp.427...20M. doi : 10.1016/j.ijms.2017.08.014. ISSN  1387-3806.
  74. ^ Карвальо, Пауло С.; Фишер, Джулиана С.Г.; Чен, Эмили И.; Йейтс, Джон Р.; Барбоза, Валмир С. (2008). «PatternLab для протеомики: инструмент для дифференциальной дробовика протеомики». BMC Bioinformatics . 9 : 316. doi : 10.1186/1471-2105-9-316 . PMC 2488363. PMID  18644148 . 
  75. ^ Акерман, Миранда; Хакобо, Эдуардо (2017). «Пиковый фильтр». дои : 10.17617/1.47. {{cite journal}}: Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  76. ^ Лаборатория, Национальное сильное магнитное поле. "ICR Software - MagLab". nationalmaglab.org . Получено 2024-01-12 .
  77. ^ Кузняр, А.; Канаар, Р. (2014). «PIQMIe: веб-сервер для управления и анализа полуколичественных протеомных данных». Nucleic Acids Res . 42 (W1): W100–W106. doi :10.1093/nar/gku478. PMC 4086067. PMID 24861615  . 
  78. ^ Weatherly, DB; Atwood Ja, 3rd; Minning, TA; Cavola, C; Tarleton, RL; Orlando, R (2005). «Эвристический метод назначения частоты ложных открытий для идентификации белков из результатов поиска в базе данных Mascot». Молекулярная и клеточная протеомика . 4 (6): 762–72. doi : 10.1074/mcp.M400215-MCP200 . PMID  15703444. S2CID  18408543.{{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
  79. ^ Келлер, Эндрю; Несвижский, Алексей И.; Колкер, Евгений; Эберсолд, Руди (2002). «Эмпирическая статистическая модель для оценки точности идентификации пептидов, выполненной с помощью МС/МС и поиска в базе данных». Аналитическая химия . 74 (20): 5383–92. doi :10.1021/ac025747h. PMID  12403597.
  80. ^ Несвижский, А.И.; Келлер, А.; Колкер, Э.; Эберсолд, Р. (2003). «Статистическая модель для идентификации белков методом тандемной масс-спектрометрии». Аналитическая химия . 75 (17): 4646–58. doi :10.1021/ac0341261. PMID  14632076.
  81. ^ Шпехт, Михаэль; Кульгерт, Себастьян; Фуфезан, Кристиан; Хипплер, Михаэль (2011). «Протеомика на ходу: Proteomatic позволяет создавать удобные для пользователя универсальные рабочие процессы оценки данных MS/MS». Биоинформатика . 27 (8): 1183–1184. doi : 10.1093/bioinformatics/btr081 . PMID  21325302.
  82. ^ Шэн, Цюаньху; Дай, Цзе; У, Ибо; Тан, Хайсю; Цзэн, Ронг (2012). «BuildSummary: использование группового подхода для повышения чувствительности идентификации пептидов/белков в дробовике протеомики». J Proteome Res . 11 (3): 1494–1502. doi :10.1021/pr200194p. PMID  22217156.
  83. ^ Галлант, Джеймс; Хеунис, Тиан; Сэмпсон, Саманта; Биттер, Уилберт (2020). «ProVision: веб-платформа для быстрого анализа протеомных данных, обработанных MaxQuant». Биоинформатика . 36 (19): 4965–4967. doi :10.1093/bioinformatics/btaa620. PMC 7723325. PMID  32638008 . 
  84. ^ Bald, Till; Barth, Johannes; Niehues, Anna; Specht, Michael; Hippler, Michael; Fufezan, Christian (2012). "pymzML – модуль Python для высокопроизводительной биоинформатики на основе данных масс-спектрометрии". Bioinformatics . 28 (7): 1052–3. doi :10.1093/bioinformatics/bts066. PMID  22302572.
  85. ^ Голобородько, Антон; Левицкий, Лев; Иванов, Марк; Горшков, Михаил (2013). «Pyteomics — фреймворк Python для разведочного анализа данных и быстрого создания прототипов программного обеспечения в протеомике». J Am Soc Mass Spectrom . 24 (2): 301–4. Bibcode :2013JASMS..24..301G. doi :10.1007/s13361-012-0516-6. PMID  23292976. S2CID  22009929.
  86. ^ ab Titeca, Kevin; Meysman, Pieter; Gevaert, Kris; Tavernier, Jan; Laukens, Kris; Martens, Lennart; Eyckerman, Sven (2016-01-04). "SFINX: Прямой индекс фильтрации для анализа данных аффинной очистки и масс-спектрометрии". Journal of Proteome Research . 15 (1): 332–338. doi :10.1021/acs.jproteome.5b00666. ISSN  1535-3907. PMID  26616242.
  87. ^ Титека, Кевин; Ван Квикельберг, Эмми; Самин, Нуртье; Де Саттер, Дельфина; Верхи, Анник; Геверт, Крис; Тавернье, Ян; Эйкерман, Свен (май 2017 г.). «Анализ захваченных белковых комплексов с помощью Virotrap и SFINX». Протоколы природы . 12 (5): 881–898. дои : 10.1038/nprot.2017.014. ISSN  1750-2799. PMID  28358392. S2CID  4391127.
  88. ^ Титека, Кевин; Мейсман, Питер; Лаукенс, Крис; Мартенс, Леннарт; Тавернье, Ян; Эйкерман, Свен (15.06.2017). "sfinx: пакет R для устранения ложных положительных результатов из наборов данных аффинной очистки и масс-спектрометрии". Биоинформатика . 33 (12): 1902–1904. doi : 10.1093/bioinformatics/btx076 . ISSN  1367-4811. PMID  28186257.
  89. ^ Лима, DB; Де Лима, TB; Балбуэна, TS; Невес-Феррейра, AG; Барбоза, VC; Гоццо, FC; Карвальо, PC (2015). «SIM-XL: мощный и удобный инструмент для анализа сшивки пептидов». Журнал протеомики . 129 : 51–5. doi : 10.1016/j.jprot.2015.01.013. hdl : 11449/158584 . PMID  25638023.
  90. ^ Цухт, Ханс-Дитер; Ламерц, Йенс; Хамения, Валери; Шиллер, Карстен; Аппель, Аннет; Таммен, Харальд; Крамери, Рето; Селле, Хартмут (2005). «Методология добычи данных для профилирования пептидов на основе ЖХ-МАЛДИ-МС». Комбинаторная химия и высокопроизводительный скрининг . 8 (8): 717–23. doi :10.2174/138620705774962481. PMID  16464158.
  91. ^ Götze, Michael; Pettelkau J; Schaks S; Bosse K; Ihling CH; Krauth F; Fritzsche R; Kühn U; Sinz A. (январь 2012 г.). "StavroX — программное обеспечение для анализа сшитых продуктов в исследованиях взаимодействия белков". J Am Soc Mass Spectrom . 23 (1): 76–87. Bibcode : 2012JASMS..23...76G. doi : 10.1007/s13361-011-0261-2 . PMID  22038510. S2CID  38037472.
  92. ^ Pedrioli, Patrick GA (2010). «Транс-протеомный конвейер: конвейер для протеомного анализа». Протеомная биоинформатика . Методы в молекулярной биологии. Т. 604. С. 213–238. doi :10.1007/978-1-60761-444-9_15. ISBN 978-1-60761-443-2. PMID  20013374.
  93. ^ Deutsch, Eric W.; Mendoza, Luis; Shteynberg, David; Farrah, Terry; Lam, Henry; Tasman, Natalie; Sun, Zhi; Nilsson, Erik; Pratt, Brian; Prazen, Bryan; Eng, Jimmy K.; Martin, Daniel B.; Nesvizhskii, Alexey I.; Aebersold, Ruedi (2010). "A guided tour of the Trans-Proteomic Pipeline". Proteomics . 10 (6): 1150–1159. doi :10.1002/pmic.200900375. ISSN  1615-9853. PMC 3017125 . PMID  20101611. 
  94. ^ Коди, Роберт Б.; Фуке, Тьерри (2019-07-01). «Определение элементного состава с использованием обильного изотопа». Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 30 (7): 1321–1324. Bibcode : 2019JASMS..30.1321C. doi : 10.1007/s13361-019-02203-9. ISSN  1044-0305. PMID  31062289.
  95. ^ Монро, ME; Толич, Н.; Джейтли, Н.; Шоу, Дж. Л.; Эдкинс, Дж. Н.; Смит, РД (2007). «VIPER: усовершенствованный программный пакет для поддержки высокопроизводительной идентификации пептидов методом ЖХ-МС». Биоинформатика . 23 (15): 2021–3. doi : 10.1093/bioinformatics/btm281 . PMID  17545182.

Внешние ссылки