Neuroscience Information Framework — это хранилище глобальных веб-ресурсов по нейробиологии , включая экспериментальные , клинические и трансляционные базы данных нейробиологии , базы знаний, атласы и генетические / геномные ресурсы, а также обеспечивающее множество авторитетных ссылок на портале нейробиологии в Википедии.
Информационная структура нейронауки (NIF) — это инициатива Национального института здравоохранения (NIH Blueprint for Neuroscience Research), который был создан в 2004 году Национальными институтами здравоохранения . [1]
Разработка NIF началась в 2008 году, когда Медицинская школа Калифорнийского университета в Сан-Диего получила контракт NIH на создание и поддержание «динамического реестра сетевых данных, ресурсов и инструментов нейробиологии, к которым ученые и студенты могут получить доступ через любой компьютер, подключенный к Интернету». [2] [3] Проект возглавляет Мэриэнн Мартоне, содиректор Национального центра исследований в области микроскопии и визуализации (NCMIR), входящего в состав многопрофильного центра исследований биологических систем (CRBS) со штаб-квартирой в Калифорнийском университете в Сан-Франциско. Диего. Вместе с соруководителями исследования Джеффри С. Грете и Амарнатом Гуптой Мартоне возглавляет национальное сотрудничество, в которое входят исследователи из Йельского университета , Калифорнийского технологического института , Университета Джорджа Мейсона , Гарварда и Вашингтонского университета .
В отличие от обычных поисковых систем , NIF обеспечивает гораздо более глубокий доступ к узкому набору ресурсов, имеющих отношение к нейробиологии, стратегиям поиска, адаптированным к нейробиологии, а также доступ к контенту, который традиционно «скрыт» от поисковых систем в Интернете . NIF представляет собой динамический перечень баз данных нейробиологии, аннотированных и интегрированных с единой системой биомедицинской терминологии (например, NeuroLex ). NIF поддерживает концептуальные запросы в различных масштабах биологической структуры и нескольких уровнях биологических функций, что упрощает поиск и понимание результатов. NIF также предоставит реестр, посредством которого поставщики ресурсов смогут раскрывать наличие ресурсов, имеющих отношение к исследованиям в области нейробиологии. NIF не предназначен для использования в качестве хранилища или репозитория, а является средством раскрытия и поиска ресурсов в других местах, доступных через Интернет .
Стандартная онтология NIFSTD, или NIF, содержит множество терминов, синонимов и сокращений, полезных для нейробиологии, а также динамические категории, такие как определенные классы клеток, основанные на различных свойствах, таких как нейрон по нейротрансмиттеру или по роли цепи или наркотики, вызывающие злоупотребление в соответствии с Национальным Институты по борьбе со злоупотреблением наркотиками. Любой термин (со связанными синонимами) или динамическая категория (все термины с их синонимами) могут использоваться для одновременного запроса всех данных, которые в настоящее время индексируются NIF. Несколько примеров приведены ниже:
Содержимое NIF можно рассматривать как каталог (реестр NIF) и глубокий поиск в базе данных (федерация данных NIF).
Список текущих ресурсов можно найти на сайте www.neuinfo.org/registry.
Идея NIF заключается в том, что, хотя научные базы данных имеют множество интерфейсов, некоторые из которых довольно сложны, должен быть единый способ их просмотра и поиска. Эта идея единообразного поиска была распространена на сервисы, чтобы разработчики могли воспользоваться преимуществами работы, проделанной в NIF, для улучшения своих собственных приложений, получив доступ ко всем данным, доступным через интерфейс NIF.
Когда данные публикуются через NIF, они также немедленно становятся доступными через веб-сервисы. Эти веб-службы RESTful можно рассматривать как функции программирования, которые можно встроить в другие приложения. В настоящее время данные можно запрашивать и извлекать в виде XML-канала, а несколько других сайтов теперь получают данные NIF через сервисы, включая DOMEO и Eagle i. Разработчики могут узнать, как получить доступ к данным, просмотрев файл WADL, доступный по адресу http://neuinfo.org/developers.
Ниже приведены некоторые общедоступные службы RESTful, к которым студенты могут получить доступ или использовать их при создании приложений:
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/annotate?content=The%20cerebellum%20is%20a%20wonderful%20thing&longestOnly=true
URL-адрес содержит текст, который вы хотите аннотировать, входные данные: «Мозжечок — замечательная вещь». Чтобы изменить это, вы можете попробовать использовать любой другой текст. Выходные данные службы вернут предложение с тегом SPAN, обозначающим, что он распознал термин мозжечок и является типом anatomical_structure. Нераспознанные термины возвращаются без тегов диапазона. Обратите внимание: параметр longestOnly=true является необязательным. Это означает, что будет распознаваться только самый длинный набор терминов. В этом примере это не имеет значения, но в таких терминах, как нейрон гиппокампа, он вернет только один ответ.
Разработчики могут использовать теги span для получения информации об распознанном термине, поскольку идентификатор уникален и связан с определениями, синонимами, другими областями мозга и в некоторых случаях изображениями: версию, удобную для чтения человеком, см.
* http://neurolex.org/wiki/Neuroscience_Information_Framework/Birnlex_1489
Машиночитаемую версию см.
* http://nif-services.neuinfo.org/ontoquest/concepts/Birnlex_1489?get_super=true
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/vocabulary?prefix=hippocampu
В приведенном выше примере показано завершение термина для «гиппокампа», но вы можете попробовать ввести в URL-адрес любой другой набор букв. Возврат службы представляет собой набор терминов, соответствующий этой строке, включая: гиппокамп и множество клеток гиппокампа.
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/federation/data/nlx_144509-1?q=miame
Реестр NIF является источником данных, и эта служба вернет все элементы реестра, соответствующие определенному критерию поиска. В данном случае используется термин «миаме», как и в стандарте «миаме». Чтобы использовать эту функцию получения данных, вы можете ввести условия запроса в конце этого URL-адреса в дополнение к слову miame или вместо него. Это будет работать так же, как если бы вы вводили свои термины в поле поиска здесь:
* https://neuinfo.org/mynif/search.php?q=hippocampus&t=registry
Обратите внимание: обязательно ознакомьтесь с условиями для любого источника данных. Условия доступны в качестве любезности в NIF, но вы также можете свериться с отдельными источниками, которые вы хотите включить в свои приложения, со всем вышеописанным. данные принадлежат NIF и регулируются лицензией Creative Commons Attribution, поэтому их можно свободно распространять и распространять.