Системы химической классификации пытаются классифицировать элементы или соединения в соответствии с определенными химическими функциональными или структурными свойствами. В то время как структурные свойства в значительной степени являются внутренними , функциональные свойства и производные классификации в определенной степени зависят от типа партнеров по химическому взаимодействию , на которых осуществляется функция. Иногда для построения химической таксономии также используются другие критерии, например, чисто физические (например, молекулярная масса ) или, с другой стороны, функциональные свойства выше химического уровня .
В некоторых системах различные уровни смешиваются, что приводит к созданию иерархий, в которых домены слегка перепутаны, например, структурные и функциональные аспекты оказываются на одном уровне. В то время как химическая функция тесно зависит от химической структуры, ситуация становится более сложной, когда, например, фармакологическая функция интегрирована, поскольку QSAR обычно не может быть напрямую вычислен на основе структурных качеств.