Применительно к транскрипции ДНК кодирующая цепь (или информационная цепь [1] [2] ) — это цепь ДНК , последовательность оснований которой идентична последовательности оснований полученного транскрипта РНК (хотя тимин заменен на урацил ). Именно эта цепь содержит кодоны , в то время как некодирующая цепь содержит антикодоны . Во время транскрипции РНК-полимераза II связывается с некодирующей шаблонной цепью , считывает антикодоны и транскрибирует их последовательность для синтеза транскрипта РНК с комплементарными основаниями.
По соглашению, кодирующая цепь — это цепь, используемая при отображении последовательности ДНК. Она представлена в направлении от 5' к 3' .
Везде, где в молекуле ДНК присутствует ген , одна из его цепей является кодирующей (или смысловой ), а другая — некодирующей (также называемой антисмысловой цепью, [3] антикодирующей цепью, матричной цепью или транскрибированной цепью ).
Во время транскрипции РНК-полимераза раскручивает короткий участок двойной спирали ДНК около начала гена (сайта начала транскрипции). Этот раскрученный участок известен как транскрипционный пузырь . РНК-полимераза, а вместе с ней и транскрипционный пузырь , перемещается вдоль некодирующей цепи в противоположном направлении, от 3' до 5', а также полимеризует вновь синтезированную цепь в направлении от 5' до 3' или вниз по течению . Двойная спираль ДНК перематывается РНК-полимеразой в задней части транскрипционного пузыря. [3] Подобно тому, как работают две соседние молнии, когда их стягивают вместе, они расстегиваются и снова застегиваются по мере продвижения в определенном направлении. Различные факторы могут вызывать разрыв двухцепочечной ДНК; таким образом, переупорядочивать гены или вызывать гибель клетки. [4]
Там, где спираль раскручена, кодирующая цепь состоит из неспаренных оснований, в то время как матрица цепи состоит из композита РНК:ДНК, за которым следует ряд неспаренных оснований сзади. Этот гибрид состоит из последних добавленных нуклеотидов транскрипта РНК, комплементарных спаренным основаниям матрицы цепи. Количество пар оснований в гибриде изучается, но было высказано предположение, что гибрид образован из последних 10 добавленных нуклеотидов. [5]