Международный комитет по таксономии вирусов

Международная организация, регулирующая классификацию и номенклатуру вирусов.

Международный комитет по таксономии вирусов ( ICTV ) утверждает и организует таксономическую классификацию и номенклатуру вирусов . ^{[1] [2] [3]} ICTV разрабатывает универсальную таксономическую схему вирусов и, таким образом, имеет средства для надлежащего описания, названия и классификации каждого вирусного таксона. Члены Международного комитета по таксономии вирусов считаются экспертами -вирусологами . ^[4] ICTV был создан и управляется Отделением вирусологии Международного союза микробиологических обществ . ^[5] Детальная работа, такая как выявление новых таксонов и определение границ видов, родов, семейств и т. д., обычно выполняется исследовательскими группами экспертов по семействам. ^[2]

История

Международный комитет по номенклатуре вирусов (ICNV) был создан в 1966 году на Международном конгрессе микробиологов в Москве для стандартизации наименования таксонов вирусов. ^[6] ICVN опубликовала свой первый отчет в 1971 году. ^[6] Что касается вирусов, заражающих позвоночных , первый отчет включал 19 родов, 2 семейства и еще 24 неклассифицированных группы. ^{[ нужна цитата ]}

В 1974 году ICNV был переименован в Международный комитет по таксономии вирусов. ^[6]

Организационная структура

Организация разделена на исполнительный комитет, в который входят члены и руководители с избираемыми на определенный срок функциями, а также непосредственно назначаемые главы семи подкомитетов. Каждый глава подкомитета, в свою очередь, назначает многочисленные «исследовательские группы», каждая из которых состоит из одного председателя и переменного числа членов, занимающихся таксономией определенного таксона, такого как отряд или семейство. Эту структуру можно представить следующим образом: ^[7]

Исполнительный комитет

• Президент
• Вице-президент
• Секретари
  • Бизнес-секретарь
  • Секретарь предложений
  • Секретарь данных
• Председатели – должностей: 7 (по одному на каждый подкомитет)
• Избранные члены – должностей: 11

Подкомитеты

• Подкомитет по ДНК-вирусам и ретровирусам животных – исследовательские группы: 18
• Подкомитет по дцРНК и оцРНК животных – исследовательские группы: 24
• Подкомитет по вирусам оцРНК+ животных – исследовательские группы: 16
• Подкомитет по бактериальным вирусам – исследовательские группы: 20
• Подкомитет по архейным вирусам – исследовательские группы: 11
• Подкомитет по грибковым и протистическим вирусам – исследовательские группы: 12
• Подкомитет по вирусам растений – исследовательские группы: 22

Цели

Целями Международного комитета по таксономии вирусов являются: ^{[8] : §3}

1. Разработать согласованную на международном уровне таксономию вирусов.
2. Установить согласованные на международном уровне названия таксонов вирусов.
3. Доводить до сведения вирусологов принятые решения по классификации и номенклатуре вирусов путем проведения совещаний и публикации отчетов.
4. Вести официальный указатель согласованных названий вирусных таксонов.
5. Изучить влияние вирусов на современное общество и их поведение.

Принципы номенклатуры

Основные принципы номенклатуры вирусов ICTV: ^{[9] : §2.1.}

• Стабильность
• Чтобы избежать или отклонить использование имен, которые могут вызвать ошибки или путаницу.
• Чтобы избежать ненужного создания имен

Универсальная система классификации вирусов ICTV использует слегка модифицированную версию стандартной системы биологической классификации . Он распознает только порядок таксонов , семейство, подсемейство, род и вид. Когда неясно, как отнести вид к роду, но его классификация в семействе ясна, он будет классифицирован как неотнесенный вид этого семейства. Многие таксоны остаются без рейтинга. По состоянию на 2005 год последовательности GenBank были отнесены к 3142 «видам», которые не учтены в отчете ICTV (однако из-за особенностей работы GenBank фактическое количество правильных видов, вероятно, значительно меньше). ^[2] Ожидается, что количество неопознанных последовательностей вируса будет только увеличиваться по мере резкого увеличения скорости секвенирования вируса. ^{[2][обновлять]}

ICTV добился поразительных успехов в достижении стабильности с момента своего создания в 1962 году. Каждый род и семейство, признанные в 1980-х годах, продолжали использоваться, например, с 2005 года. ^[2]

Именование и изменение таксонов

Предложения о новых названиях, изменении названий, установлении и таксономическом размещении таксонов рассматриваются исполкомом ICTV в форме предложений. Перед принятием решения проводятся консультации со всеми соответствующими подкомитетами и исследовательскими группами ICTV. ^{[9] : §3.8,3.19}

Название таксона не имеет официального статуса до тех пор, пока оно не будет одобрено ICTV, и названия будут приняты только в том случае, если они связаны с утвержденными иерархическими таксонами. ^{[9] : §2.4,3.7} Если для таксона не предложено подходящее название, таксон может быть одобрен, а название оставлено нерешенным до принятия приемлемого международного названия, когда оно будет предложено и принято ICTV. ^{[ нужна цитация ]} Имена не должны передавать значение таксона, которое, казалось бы, либо исключает вирусы, которые по праву являются членами этого таксона, либо исключает членов, которые однажды могут принадлежать к этому таксону, либо включает вирусы, которые являются членами разных таксонов. ^{[9] : §3.17}

В вирусологии не существует принципа приоритета , поэтому имя, используемое в настоящее время, не может быть признано недействительным путем требования приоритета. ^{[9] : §3.10}

Правила для таксонов

Разновидность

С 2020 года ^[10] Вирусный кодекс требует использования биномиальных названий для новых видов: рода, за которым следует конкретный эпитет. ^{[9] : §3.21} Название вида должно обеспечивать соответствующую однозначную идентификацию вида. ^{[9] : §3.22}

До этого действовала более либеральная система именования: название вида должно состоять из как можно меньшего количества слов, но не должно состоять только из имени хозяина и слова « вирус» . В качестве видовых эпитетов могут использоваться цифры, буквы или их комбинации, если такие цифры и буквы уже широко используются. Однако вновь обозначенные серийные номера, буквы или их комбинации неприемлемы сами по себе в качестве видовых эпитетов. Если существует серия цифр или букв, ее можно продолжить. ^{[ нужна цитата ]}

Роды

Род вируса — это группа родственных видов, которые имеют некоторые общие свойства и часто различаются только диапазоном хозяев и вирулентностью. Название рода должно состоять из одного слова, заканчивающегося суффиксом- вирус . Утверждение нового рода должно сопровождаться утверждением типового вида . ^{[9] : §3.24}

Подсемейства

Подсемейство – это группа родов, имеющих определенные общие признаки. Таксон следует использовать только тогда, когда он необходим для решения сложной иерархической задачи. Имя подсемейства должно состоять из одного слова, заканчивающегося суффиксом -virinae . ^{[9] : §3.24}

Семьи

Семья — это группа родов, независимо от того, организованы ли они в подсемейства или нет, имеющие друг с другом определенные общие признаки. Фамилия должна состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс - viridae . ^{[9] : §3.24}

Заказы

Орден — это группа семей, имеющих определенные общие черты. Название заказа должно состоять из одного слова, заканчивающегося суффиксом -virales . ^{[9] : §3.24}

Правила для субвирусных агентов

Правила классификации вирусов распространяются и на классификацию вироидов . Формальными окончаниями таксонов вироидов являются слово viroid для видов, суффикс -viroid для родов, суффикс -viroinae для подсемейств, если этот таксон необходим, и -viroidae для семейств. ^{[9] : §3.26} Аналогичная система используется для спутников и вириформ, заменяя -vir- в нормальных таксонах окончаниями на -сателлит- и -вириформ- . ^{[9] : §3.26  [ когда? ]}

Ретротранспозоны по классификации и номенклатуре считаются вирусами. Прионы не классифицируются как вирусы, им присваивается произвольная классификация, которая кажется полезной для специалистов в конкретных областях. ^{[ нужна цитата ]}

Правила орфографии

1. В формальном таксономическом использовании принятые названия отрядов, семейств, подсемейств и родов вирусов печатаются курсивом, а первые буквы названий пишутся с заглавной буквы. ^[11]
2. Названия видов печатаются курсивом, а первая буква первого слова пишется с заглавной буквы. Другие слова не пишутся с заглавной буквы, если они не являются именами собственными или частями имен собственных.
3. В формальном использовании название таксона должно предшествовать термину таксономической единицы.

Классификация вирусов, открытых метагеномикой

Признавая важность вирусной метагеномики, ICTV признает, что геномы, собранные на основе метагеномных данных, представляют собой реальные вирусы, и поощряет их официальную классификацию в соответствии с теми же процедурами, которые используются для вирусов, выделенных и охарактеризованных с использованием классических вирусологических подходов. ^{[12] [13]}

ICTV сообщает

ICTV публикует отчеты о таксономии вирусов примерно два раза в десятилетие, начиная с 1971 года (перечислены ниже — «Отчеты»). Девятый отчет ICTV был опубликован в декабре 2011 года; ^[14] контент теперь доступен бесплатно на веб-сайте ICTV. ^[15] Начиная с 2017 года, десятый отчет ICTV будет опубликован онлайн на веб-сайте ICTV ^{[16] [17]} и будет доступен бесплатно, а отдельные главы будут обновляться на постоянной основе. Таксономия 2018 года доступна в Интернете ^[18] , включая загружаемую электронную таблицу Excel со всеми признанными видами.

База данных ICTVdb

ICTVdb — это база данных видов и изолятов, которая призвана служить дополнением к базе данных таксономии ICTV. Развитие ICTVdB поддерживается ICTV с 1991 года и изначально предназначалось для помощи в таксономических исследованиях. База данных классифицирует вирусы на основе их химических характеристик, геномного типа, репликации нуклеиновых кислот , заболеваний, переносчиков и географического распространения, а также других характеристик. ^{[ нужна цитата ]}

База данных была разработана в Австралийском национальном университете при поддержке Национального научного фонда США и при финансовой поддержке Американской коллекции типовых культур . Он использует систему языка описания таксономии ( DELTA ), мировой стандарт обмена таксономическими данными, разработанный Австралийской организацией научных и промышленных исследований (CSIRO). DELTA способна хранить самые разнообразные данные и переводить их на язык, подходящий для традиционных отчетов и веб-публикаций. Например, ICTVdB сам по себе не содержит информации о геномной последовательности, но может конвертировать данные DELTA в формат NEXUS. ^[19] Он также может обрабатывать большие объемы данных и подходит для составления длинных списков свойств вирусов, текстовых комментариев и изображений.

Концепция и возможности ICTVdB выросли и стали основным справочным ресурсом и исследовательским инструментом; в 1999 году он получал более 30 000 онлайн-посещений в день со своего основного сайта в Австралийском национальном университете и двух зеркальных сайтов, расположенных в Великобритании и США. ^[20]

В 2011 году ICTV решило приостановить работу проекта и веб-сайта ICTVdb. Это решение было принято после того, как стало очевидно, что таксономия, представленная на сайте, устарела на много лет и что некоторая информация на сайте была неточной из-за проблем с тем, как запрашивалась и обрабатывалась база данных для поддержки естественного языка. результаты веб-сайта ICTVdb. ICTV начало обсуждение того, как лучше всего решить эти проблемы, но решило, что сроки обновлений и исправления ошибок достаточно длительны, поэтому лучше закрыть сайт, чем продолжать публиковать неточную информацию. ^{[ нужна цитата ]} По состоянию на август 2013 года база данных остается заблокированной. ^[3] Согласно некоторым мнениям, «ICTV следует также поощрять использование общедоступной базы данных вместо базы данных ICTV в качестве хранилища первичных метаданных отдельных вирусов и публиковать в этой базе данных рефераты отчетов ICTV, чтобы они являются «открытым доступом». ^[3] База данных была возрождена в 2017 году. ^[17]

Отчеты

• Вирусы, Международный комитет по номенклатуре; Уайлди, Питер (1971). Классификация и номенклатура вирусов. 1-й отчет. Из печати
• Вирусы, Международный комитет по таксономии; Феннер, Фрэнк (1976). Классификация и номенклатура вирусов. 2-й отчет. ISBN 978-3805524186.
• Вирусы, Международный комитет по таксономии; Мэтьюз, Ричард Эллис Форд; Секция вирусологии, Международная ассоциация микробиологических обществ (1979). Классификация и номенклатура вирусов. 3-й отчет. ISBN 978-3805505239.
• Эллис, Ричард; Мэтьюз, Форд, ред. (1982). Классификация и номенклатура вирусов. 4-й отчет. Каргер. п. 199. ИСБН 9783805535571.
• Вирусы, Международный комитет по таксономии; Франки, Р. Б. (1991). Классификация и номенклатура вирусов. 5-й отчет. ISBN 978-3211822869.
• Мерфи, Фредерик А. (1995). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов. 6-й отчет. ISBN 978-3211825945.
• Вирусы, Международный комитет по таксономии; Ван Регенмортель, MH V; Фоке, CM; Бишоп, Д.Х.Л. (2000). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов. 7-й отчет. ISBN 978-0123702005.
• Фоке, CM, изд. (2005). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов. 8-й отчет. Эльзевир/Академическая пресса. ISBN 978-0080575483.
• Кинг, Эндрю MQ; Лефковиц, Эллиот; Адамс, Майкл Дж.; и др., ред. (2011). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов. 9-й отчет. Эльзевир/Академическая пресса. п. 1338. ИСБН 9780123846846.Также доступно онлайн. ^[15]
• 10-й (онлайн) отчет ICTV ^[16]

Смотрите также

• Портал вирусов

• Глоссарий научных названий
• Классификация вирусов
• Биоинформатика

Рекомендации

1. Кинг, Эндрю MQ; Лефковиц, Э.; Адамс, MJ; Карстенс, Э.Б. (2012). Классификация и номенклатура вирусов по таксономии вирусов: девятый отчет Международного комитета по таксономии вирусов. Эльзевир. ISBN 978-0-12-384684-6. Архивировано из оригинала 10 декабря 2017 года . Проверено 13 апреля 2017 г.
2. Fauquet, CM; Фаргетт, Д. (2005). «Международный комитет по таксономии вирусов и 3142 неустановленных видов». Вирусологический журнал . 2:64 . дои : 10.1186/1743-422X-2-64 . ПМК 1208960 . ПМИД  16105179. 
3. Гиббс, AJ (2013). «Вирусная систематика нуждается в генеральной чистке; эра ее исследований закончилась». Вирусологический журнал . 10 :254. дои : 10.1186/1743-422X-10-254 . ПМЦ 3751428 . ПМИД  23938184. 
4. «Различные банковские данные - истоки ICTVdB» . 13 ноября 2005 г. Архивировано из оригинала 13 ноября 2005 г. Проверено 6 апреля 2018 г.
5. «Международный союз микробиологических обществ (IUMS)». Архивировано из оригинала 30 сентября 2007 года . Проверено 22 июня 2006 г.
6. Kuhn, Йенс Х. (2021). «Таксономия вирусов». Энциклопедия вирусологии . 1 : 28–37. дои : 10.1016/B978-0-12-809633-8.21231-4. ISBN 9780128145166. ПМК  7157452 .
7. «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)» . ictv.global . Проверено 13 сентября 2023 г.
8. «Устав Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV)» . ICTV . Март 2023.
9. «Международный кодекс классификации и номенклатуры вирусов (ICVCN)». ICTV . Март 2021.
10. Чаппелл, Билл (1 августа 2022 г.). «Критики говорят, что «оспа обезьян» — это расистское название. Но в ближайшее время оно не исчезнет». ЭНЕРГЕТИЧЕСКИЙ ЯДЕРНЫЙ РЕАКТОР . Проверено 18 декабря 2023 г. И хотя ICTV сообщает, что официальное название вируса оспы обезьян может быть изменено в ближайшие год или два, этот пересмотр не станет реакцией на нынешнюю вспышку. Вместо этого это часть широкого пересмотра соглашений об именах для всех видов вирусов, включая оспу обезьян, после того, как в 2020 году ICTV приняла изменения для стандартизации своего формата именования.
11. Али, Мухаммед (2016). «К последовательной номенклатуре вирусов растений». Вирусология Синика . 31 (3): 197–198. дои : 10.1007/s12250-016-3741-5. ПМЦ 8193424 . PMID  27052507. S2CID  10162214. 
12. Симмондс П., Адамс М.Дж., Бенко М., Брейтбарт М. , Бристер Дж.Р., Карстенс Э.Б., Дэвисон А.Дж., Делварт Э., Горбаленя А.Е., Харрах Б., Халл Р., Кинг AMQ, Кунин Е.В., Крупович М., Кун Дж.Х., Лефковиц Э.Дж., Ниберт МЛ, Ортон Р., Руссинк М.Дж., Сабанадзович С., Салливан М.Б., Саттл Калифорния, Теш Р.Б., ван дер Влугт Р.А., Варсани А., Зербини Ф.М. (2017). «Заявление о консенсусе: таксономия вирусов в эпоху метагеномики» (PDF) . Обзоры природы Микробиология . 15 (3): 161–168. дои : 10.1038/nrmicro.2016.177 . PMID  28134265. Архивировано (PDF) из оригинала 23 июля 2018 г. . Проверено 18 октября 2019 г.
13. Адамс М.Дж., Лефковиц Э.Дж., Кинг А.М., Харрах Б., Харрисон Р.Л., Ноулз Н.Дж., Кропински А.М., Крупович М., Кун Дж.Х., Мушегян А.Р., Ниберт М.Л., Сабанадзович С., Санфасон Х., Сидделл С.Г., Симмондс П., Варсани А., Зербини FM, Ортон Р.Дж., Смит Д.Б., Горбаленя А.Е., Дэвисон А.Дж. (2017). «50 лет Международному комитету по таксономии вирусов: прогресс и перспективы» (PDF) . Архив вирусологии . 162 (5): 1441–1446. дои : 10.1007/s00705-016-3215-y . PMID  28078475. Архивировано (PDF) из оригинала 23 июля 2018 года . Проверено 17 сентября 2019 г.
14. Кинг, Эндрю MQ; и др., ред. (2012). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов: девятый отчет Международного комитета по таксономии вирусов. Лондон: Академическая пресса. ISBN 978-0123846846. Архивировано из оригинала 11 сентября 2014 года . Проверено 9 декабря 2014 г.
15. «Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов; 9-й отчет ICTV (2011)». Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Архивировано из оригинала 2 апреля 2019 года . Проверено 18 октября 2019 г.– не включает содержание части III (содержит устав и Кодекс ICTV)
16. «Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов; 10-й отчет ICTV». Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Архивировано из оригинала 1 июля 2019 года . Проверено 18 октября 2019 г.
17. Лефковиц, EJ; Демпси, DM; Хендриксон, Колорадо; Ортон, Р.Дж.; Сидделл, СГ; Смит, Д.Б. (4 января 2018 г.). «Таксономия вирусов: база данных Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV)». Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д708–Д717. дои : 10.1093/nar/gkx932. ПМЦ 5753373 . ПМИД  29040670. 
18. «Текущий выпуск таксономии ICTV» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Архивировано из оригинала 4 марта 2018 года . Проверено 18 октября 2019 г.
19. Мэддисон Д.Р., Суоффорд Д.Л., Мэддисон В.П. (декабрь 1997 г.). «NEXUS: расширяемый формат файла для систематической информации». Сист. Биол . 46 (4): 590–621. дои : 10.1093/sysbio/46.4.590 . PMID  11975335. S2CID  30267491.
20. «Различные банковские данные - истоки ICTVdB» . 13 ноября 2005 г. Архивировано из оригинала 13 ноября 2005 г. Проверено 18 октября 2019 г.

Внешние ссылки

• Официальный веб-сайт
• «История ICTVdB» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 7 сентября 2006 года . Проверено 22 июня 2006 г.
• Ресурсный центр вирусной биоинформатики
• Гиббс, Адриан Дж. (9 августа 2013 г.). «Вирусная систематика нуждается в генеральной чистке; эра ее исследований закончилась». Вирусологический журнал . 10 :254. дои : 10.1186/1743-422X-10-254 . ПМЦ  3751428 . PMID  23938184. Аннотация: Международный комитет по таксономии вирусов недавно изменил утвержденное определение вирусного вида, а также прекратил работу над своей базой данных по описанию вирусов.