Ксиленцианол может быть использован в качестве электрофоретического цветного маркера или следящего красителя для контроля процесса электрофореза в агарозном геле и электрофореза в полиакриламидном геле . Для этой цели также можно использовать бромфеноловый синий и оранжевый G.
После смешивания с образцом концентрация ксиленцианола обычно составляет около 0,005–0,03%.
В 1% агарозных гелях ксиленцианол мигрирует примерно с той же скоростью, что и фрагмент ДНК размером от 4 до 5 килобаз [1] , хотя это зависит от используемого буфера. Ксиленцианол в 6% полиакриламидном геле мигрирует со скоростью фрагмента ДНК размером 140 килобаз. При электрофорезе в 20% денатурирующем (7 М мочевина) полиакриламидном геле (ПААГ) ксиленцианол мигрирует примерно со скоростью олигонуклеотида размером 25 нуклеотидов.