Кубок Хорватии по футболу 2008–09 был восемнадцатым сезоном чемпионата Хорватии по футболу на выбывание . Динамо Загреб было действующим чемпионом, так как они выиграли кубок в прошлом году , победив Хайдук Сплит со счетом 3–0 по сумме двух матчей.
Предварительный тур состоялся 27 августа 2008 года.
Матчи состоялись 23 и 24 сентября 2008 года.
1 Из-за финансовых трудностей Камен Инград прекратил соревноваться на профессиональном уровне и поэтому снялся с соревнований.
Матчи состоялись 29 октября 2008 года.
Жеребьевка состоялась 30 октября. Первые матчи состоялись 12 ноября, ответные — 26 ноября 2008 года.
Динамо Загреб выиграло 6–1 по сумме двух матчей
Hajduk Split выиграл 4–1 по сумме двух матчей
3–3 по сумме двух матчей. «Динамо» Загреб выиграло со счетом 4–3 в серии пенальти .