stringtranslate.com

Метаноген

Метаногены — это анаэробные археи, которые производят метан в качестве побочного продукта своего энергетического метаболизма, т. е. катаболизма . Производство метана, или метаногенез , является единственным биохимическим путем генерации АТФ у метаногенов. Все известные метаногены принадлежат исключительно к домену Archaea , хотя известно, что некоторые бактерии, растения и животные клетки также производят метан. [1] Однако биохимический путь продукции метана у этих организмов отличается от такового у метаногенов и не способствует образованию АТФ. Метаногены принадлежат к различным филумам в пределах домена Archaea. Предыдущие исследования помещали всех известных метаногенов в надфилюм Euryarchaeota. [2] [3] Однако недавние филогеномные данные привели к их переклассификации в несколько различных филумов. [4] Метаногены распространены в различных бескислородных средах, таких как морские и пресноводные отложения, водно-болотные угодья, пищеварительные тракты животных, очистные сооружения, почва рисовых полей и свалки. [5] Хотя некоторые метаногены являются экстремофилами, например, Methanopyrus kandleri , который растет при температуре от 84 до 110 °C, [6] или Methanonatronarchaeum thermophilum , который растет при диапазоне pH от 8,2 до 10,2 и концентрации Na + от 3 до 4,8 M, [7] большинство изолятов являются мезофильными и растут при нейтральном pH. [8]

Физическое описание

Метаногены обычно имеют форму кокков (сферическую) или палочек (цилиндрическую), но также встречаются длинные нити ( Methanobrevibacter filliformis , Methanospirillum hungatei ) и изогнутые формы ( Methanobrevibacter curvatus , Methanobrevibacter cuticularis ). Существует более 150 описанных видов метаногенов, [9] которые не образуют монофилетическую группу в типе Euryarchaeota (см. Таксономию). Они являются исключительно анаэробными организмами, которые не могут функционировать в аэробных условиях из-за чрезвычайной чувствительности к кислороду ферментов метаногенеза и кластеров FeS, участвующих в производстве АТФ. Однако степень чувствительности к кислороду варьируется, поскольку метаногенез часто обнаруживался во временно оксигенированных средах, таких как почва рисовых полей, [10] [11] [12] и были предложены различные молекулярные механизмы, потенциально участвующие в детоксикации кислорода и активных форм кислорода (ROS). [13] Например, недавно идентифицированный вид Candidatus Methanothrix paradoxum, распространенный в водно-болотных угодьях и почве, может функционировать в бескислородных микросайтах в аэробной среде [14], но он чувствителен к присутствию кислорода даже на уровне следов и обычно не может выдерживать кислородный стресс в течение длительного времени. Однако Methanosarcina barkeri из родственного семейства Methanosarcinaceae является исключительным в обладании ферментом супероксиддисмутаза (SOD) и может выживать дольше других в присутствии O 2 . [3]

Как и в случае с другими археями, метаногены лишены пептидогликана , полимера, который находится в клеточных стенках бактерий . [15] Вместо этого некоторые метаногены имеют клеточную стенку, образованную псевдопептидогликаном ( также известным как псевдомуреин ). Другие метаногены имеют паракристаллический белковый массив (S-слой), который складывается вместе как пазл . [5] В некоторых линиях есть менее распространенные типы клеточной оболочки, такие как белковая оболочка Methanospirillum или метанохондроитин агрегированных клеток Methanosarcina . [16]

Экология

В анаэробных средах метаногены играют жизненно важную экологическую роль, удаляя избыток водорода и продукты брожения, которые были произведены другими формами анаэробного дыхания . [17] Метаногены обычно процветают в средах, в которых все акцепторы электронов, кроме CO2 ( такие как кислород , нитрат , трехвалентное железо (Fe(III)) и сульфат ), истощены. Такие среды включают водно-болотные угодья и почву рисовых полей, пищеварительные тракты различных животных (жвачных, членистоногих, людей), [18] [19] [20] очистные сооружения и свалки, глубоководные океанические отложения и гидротермальные источники. [21] Большинство этих сред не относятся к категории экстремальных, и, следовательно, населяющие их метаногены также не считаются экстремофилами. Однако многие хорошо изученные метаногены являются термофилами, например Methanopyrus kandleri , Methanothermobacter marburgensis , Methanocaldococcus jannaschii . С другой стороны, кишечные метаногены, например Methanobrevibacter smithii, распространенные у людей, или Methanobrevibacter ruminantium, повсеместно присутствующие у жвачных животных, являются мезофилами .

Метаногены в экстремальных условиях

В глубоких базальтовых породах вблизи срединно-океанических хребтов метаногены могут получать водород из реакции серпентинизации оливина , как это наблюдается в гидротермальном поле Затерянного города . Термическое разложение воды и радиолиз воды являются другими возможными источниками водорода. Метаногены являются ключевыми агентами реминерализации органического углерода в отложениях континентальной окраины и других водных отложениях с высокими скоростями седиментации и высоким содержанием органического вещества в осадках. При правильных условиях давления и температуры биогенный метан может накапливаться в массивных отложениях клатратов метана [22] , которые составляют значительную долю органического углерода в отложениях континентальной окраины и представляют собой ключевой резервуар мощного парникового газа. [23]

Метаногены были обнаружены в нескольких экстремальных условиях на Земле — погребенные под километрами льда в Гренландии и живущие в горячей, сухой пустынной почве. Известно, что они являются наиболее распространенными археями в глубоких подземных местообитаниях. Живые микробы, производящие метан, были обнаружены в образце ледникового керна, извлеченном примерно из трех километров под Гренландией исследователями из Калифорнийского университета в Беркли . Они также обнаружили постоянный метаболизм, способный восстанавливать макромолекулярные повреждения при температурах от 145 до –40 °C. [6]

Другое исследование [7] также обнаружило метаногены в суровых условиях на Земле. Исследователи изучили десятки образцов почвы и паров из пяти различных пустынных сред в Юте , Айдахо и Калифорнии в Соединенных Штатах , а также в Канаде и Чили . Из них пять образцов почвы и три образца паров из окрестностей исследовательской станции Mars Desert в Юте имели признаки жизнеспособных метаногенов. [8]

Некоторые ученые предположили, что присутствие метана в атмосфере Марса может быть признаком наличия на этой планете местных метаногенов. [24] В июне 2019 года марсоход Curiosity обнаружил метан, который обычно вырабатывается подземными микробами, такими как метаногены, что свидетельствует о возможности существования жизни на Марсе . [25]

С метаногенами тесно связаны анаэробные окислители метана, которые используют метан в качестве субстрата в сочетании с восстановлением сульфата и нитрата. [26] Большинство метаногенов являются автотрофными производителями, но те, которые окисляют CH3COO− , классифицируются как хемотрофы .

Метаногены в пищеварительном тракте животных

Пищеварительный тракт животных характеризуется богатой питательными веществами и преимущественно анаэробной средой, что делает его идеальной средой обитания для многих микробов, включая метаногенов. Несмотря на это, метаногены и археи в целом до недавнего времени в значительной степени игнорировались как часть кишечной микробиоты. Однако они играют решающую роль в поддержании баланса кишечника, используя конечные продукты бактериальной ферментации, такие как H 2 , ацетат, метанол и метиламины.

Недавние обширные исследования присутствия архей в кишечнике животных, основанные на анализе 16S рРНК, предоставили всестороннее представление о разнообразии и распространенности архей. [27] [28] [29] Эти исследования показали, что присутствует только несколько линий архей, большинство из которых являются метаногенами, в то время как неметаногенные археи редки и не многочисленны. Таксономическая классификация разнообразия архей выявила, что в пищеварительном тракте животных присутствуют представители только трех типов: Methanobacteriota (порядок Methanobacteriales), Thermoplasmatota (порядок Methanomassiliicoccales) и Halobacteriota (порядки Methanomicrobiales и Methanosarcinales). Однако не все семейства и роды внутри этих отрядов были обнаружены в кишечнике животных, а только несколько родов, что предполагает их специфическую адаптацию к среде кишечника.

Сравнительная геномика и молекулярные сигнатуры

Сравнительный протеомный анализ привел к идентификации 31 сигнатурного белка, специфичного для метаногенов (также известных как Methanoarchaeota). Большинство этих белков связаны с метаногенезом, и они могут служить потенциальными молекулярными маркерами метаногенов. Кроме того, 10 белков, обнаруженных во всех метаногенах, которые являются общими для Archaeoglobus , предполагают, что эти две группы связаны. В филогенетических деревьях метаногены не являются монофилетическими и обычно делятся на три клады. Следовательно, уникальное общее присутствие большого количества белков всеми метаногенами может быть связано с латеральными переносами генов. [30] Кроме того, более поздние новые белки, связанные с транспортировкой сульфида, были связаны с метаногенными археями. [31] Необходим более глубокий протеомный анализ для дальнейшей дифференциации конкретных родов в классе метаногенов и выявления новых путей метаногенного метаболизма.

Современные подходы секвенирования ДНК или РНК выявили несколько геномных маркеров, специфичных для нескольких групп метаногенов. Одно из таких открытий изолировало девять метаногенов из рода Methanoculleus и обнаружило, что было по крайней мере 2 гена трегалозосинтазы, которые были обнаружены во всех девяти геномах. [32] До сих пор ген был обнаружен только в этом роде, поэтому его можно использовать в качестве маркера для идентификации археи Methanoculleus. По мере развития методов секвенирования и заполнения баз данных обилием геномных данных можно идентифицировать большее количество штаммов и признаков, но многие роды остаются недостаточно изученными. Например, галофильные метаногены являются потенциально важными микробами для круговорота углерода в прибрежных водно-болотных экосистемах, но, по-видимому, сильно недостаточно изучены. В одной недавней публикации был выделен новый штамм из рода Methanohalophilus , который обитает в богатой сульфидами морской воде. Интересно, что они выделили несколько частей генома этого штамма, которые отличаются от других изолированных штаммов этого рода ( Methanohalophilus mahii , Methanohalophilus halophilus , Methanohalophilus portucalensis , Methanohalophilus euhalbius ). Некоторые отличия включают высококонсервативный геном, метаболизм серы и гликогена и вирусную устойчивость. [33] Геномные маркеры, соответствующие микробной среде, наблюдались во многих других случаях. Одно из таких исследований показало, что метанпроизводящие археи, обнаруженные в зонах гидроразрыва пласта, имели геномы, которые менялись в зависимости от вертикальной глубины. Подземные и поверхностные геномы менялись вместе с ограничениями, обнаруженными в отдельных глубинных зонах, хотя в этом исследовании также было обнаружено мелкомасштабное разнообразие. [34] Геномные маркеры, указывающие на экологически значимые факторы, часто не являются исключительными. Исследование Methanogenic Thermoplasmata обнаружило эти организмы в кишечном тракте человека и животных. Этот новый вид также был обнаружен в других метаногенных средах, таких как водно-болотные угодья, хотя группа, изолированная в водно-болотных угодьях, имела тенденцию иметь большее количество генов, кодирующих антиоксидантные ферменты, которые не присутствовали в той же группе, изолированной в кишечном тракте человека и животных. [35]Распространенной проблемой при идентификации и открытии новых видов метаногенов является то, что иногда геномные различия могут быть довольно небольшими, однако исследовательская группа решает, что они достаточно различны, чтобы выделить их в отдельные виды. В одном исследовании была взята группа Methanocellales и проведено сравнительное геномное исследование. Первоначально три штамма считались идентичными, но детальный подход к геномной изоляции показал различия между их ранее считавшимися идентичными геномами. Различия были замечены в количестве копий генов, а также было метаболическое разнообразие, связанное с геномной информацией. [36]

Геномные сигнатуры не только позволяют отмечать уникальные метаногены и гены, соответствующие условиям окружающей среды; это также привело к лучшему пониманию эволюции этих архей. Некоторые метаногены должны активно смягчать воздействие оксичных сред. У метаногенов были обнаружены функциональные гены, связанные с выработкой антиоксидантов, и некоторые конкретные группы, как правило, имеют обогащение этой геномной особенности. Метаногены, содержащие геном с обогащенными антиоксидантными свойствами, могут предоставить доказательства того, что это геномное дополнение могло произойти во время Великого события оксигенации. [37] В другом исследовании три штамма из линии Thermoplasmatales, выделенные из желудочно-кишечного тракта животных, показали эволюционные различия. Ген гистона, подобный эукариотическому, который присутствует в большинстве геномов метаногенов, отсутствовал, что намекает на доказательства того, что предковая ветвь была утрачена в Thermoplasmatales и родственных линиях. [38] Кроме того, группа Methanomassiliicoccus имеет геном, который, по-видимому, утратил много общих генов, кодирующих первые несколько шагов метаногенеза. Эти гены, по-видимому, были заменены генами, кодирующими новый метилированный метогенный путь. Этот путь был зарегистрирован в нескольких типах сред, указывая на неспецифическую для среды эволюцию, и может указывать на предковое отклонение. [39]

Метаболизм

Добыча метана

Известно, что метаногены производят метан из таких субстратов, как H 2 /CO 2 , ацетат, формиат , метанол и метиламины в процессе, называемом метаногенезом . [40] Различные метаногенные реакции катализируются уникальными наборами ферментов и коферментов . Хотя механизм реакции и энергетика различаются между реакциями, все эти реакции способствуют производству чистой положительной энергии, создавая градиенты концентрации ионов , которые используются для управления синтезом АТФ. [41] Общая реакция для метаногенеза H 2 /CO 2 выглядит следующим образом:

(∆G˚' = -134 кДж/моль CH 4 )

Хорошо изученные организмы, которые производят метан посредством метаногенеза H 2 /CO 2 , включают Methanosarcina barkeri , Methanobacterium thermoautotrophicum и Methanobacterium wolfei . [42] [43] [44] Эти организмы обычно встречаются в анаэробных средах. [40]

На самой ранней стадии метаногенеза H 2 /CO 2 CO 2 связывается с метанофураном (MF) и восстанавливается до формил-MF. Этот эндергонический восстановительный процесс (∆G˚'= +16 кДж/моль) зависит от доступности H 2 и катализируется ферментом формил-MF дегидрогеназой. [40]

Формильный компонент формил-МФ затем переносится в кофермент тетрагидрометаноптерин (H4MPT) и катализируется растворимым ферментом, известным как формилтрансфераза . Это приводит к образованию формил-H4MPT. [40]

Формил-H4MPT впоследствии восстанавливается до метенил-H4MPT. Затем метенил-H4MPT подвергается одностадийному гидролизу с последующим двухстадийным восстановлением до метил-H4MPT. Двухстадийное обратимое восстановление осуществляется с помощью кофермента F 420, акцептор гидрида которого спонтанно окисляется. [40] После окисления запас электронов F 420 пополняется за счет принятия электронов от H 2 . Этот шаг катализируется метилен-H4MPT-дегидрогеназой. [45]

(восстановление формил-H4MPT)
(гидролиз метилен-H4MPT)
(снижение H4MPT)

Затем метильная группа метил-M4MPT переносится на кофермент M посредством реакции, катализируемой метилтрансферазой. [46] [47]

Последний этап метанообразования H 2 /CO 2 включает метил-кофермент M редуктазу и два кофермента: N-7 меркаптогептаноилтреонинфосфат (HS-HTP) и кофермент F 430. HS-HTP отдает электроны метил-коферменту M, что позволяет образовывать метан и смешанный дисульфид HS-CoM. [48] F 430 , с другой стороны, служит простетической группой для редуктазы. H 2 отдает электроны смешанному дисульфиду HS-CoM и регенерирует кофермент M. [49]

(Образование метана)
(Регенерация кофермента М)

Биотехнологическое применение

Очистка сточных вод

Метаногены широко используются в анаэробных дигесторах для очистки сточных вод, а также водных органических загрязнителей. Промышленные предприятия выбрали метаногены за их способность осуществлять биометанизацию во время разложения сточных вод, тем самым делая процесс устойчивым и экономически эффективным. [50]

Биоразложение в анаэробном реакторе включает четырехэтапное кооперативное действие, выполняемое различными микроорганизмами. [51] Первый этап - гидролиз нерастворимого полимеризованного органического вещества анаэробами, такими как Streptococcus и Enterobacterium. [52] На втором этапе ацидогены расщепляют растворенные органические загрязнители в сточных водах до жирных кислот . На третьем этапе ацетогены преобразуют жирные кислоты в ацетаты . На заключительном этапе метаногены метаболизируют ацетаты в газообразный метан . Побочный продукт метан покидает водный слой и служит источником энергии для обработки сточных вод в реакторе, тем самым создавая самоподдерживающийся механизм. [53]

Метаногены также эффективно снижают концентрацию органических веществ в сточных водах. [54] Например, сельскохозяйственные сточные воды , очень богатые органическим материалом, стали основной причиной деградации водных экосистем. Химический дисбаланс может привести к серьезным последствиям, таким как эвтрофикация . Благодаря анаэробному сбраживанию очистка сточных вод может предотвратить неожиданное цветение в водных системах, а также задержать метаногенез в метантенках. Это выделяет биометан для производства энергии и предотвращает выброс в атмосферу мощного парникового газа, метана.

Органические компоненты сточных вод сильно различаются. Химические структуры органического вещества выбирают определенные метаногены для выполнения анаэробного сбраживания. Примером являются представители рода Methanosaeta, которые доминируют в сбраживании отходов заводов по производству пальмового масла (POME) и отходов пивоваренных заводов. [54] Модернизация систем очистки сточных вод для включения большего разнообразия микроорганизмов для снижения содержания органических веществ в очистке является предметом активных исследований в области микробиологической и химической инженерии. [55] Текущие новые поколения многофазных анаэробных реакторов и реакторов с восходящим потоком ила разработаны с учетом инновационных функций для противодействия высокому уровню загрузки сточных вод, экстремальным температурным условиям и возможным ингибирующим соединениям. [56]

Таксономия

Первоначально метаногены считались бактериями, поскольку до внедрения молекулярных методов, таких как секвенирование ДНК и ПЦР, было невозможно отличить археи от бактерий. С момента введения домена Archaea Карлом Вёзе в 1977 году [57] метаногены в течение длительного периода считались монофилетической группой, позже названной Euryarchaeota (супер)филум. Однако интенсивные исследования различных сред доказали, что среди метаногенных появляется все больше неметаногенных линий.

Развитие секвенирования генома непосредственно из образцов окружающей среды (метагеномика) позволило обнаружить первых метаногенов за пределами суперфилума Euryarchaeota. Первой такой предполагаемой метаногенной линией была Bathyarchaeia, [58] класс внутри типа Thermoproteota. Позже было показано, что эта линия не является метаногенной, а окисляет алканы, используя сильно дивергентный фермент Acr, похожий на отличительный ген метаногенеза, метил-CoM редуктазу (McrABG). [59] Первый изолят Bathyarchaeum tardum из осадка прибрежного озера в России показал, что он метаболизирует ароматические соединения и белки [60] , как и было ранее предсказано на основе метагеномных исследований. [61] [62] [63] Однако на основе присутствия McrABG были обнаружены новые предполагаемые метаногены за пределами Euryarchaeota.

Например, метаногены были обнаружены в типах Thermoproteota (порядки Methanomethyliales, Korarchaeales, Methanohydrogenales, Nezhaarchaeales) и Methanobacteriota_B (порядок Methanofastidiosales). Кроме того, некоторые новые линии метаногенов были выделены в чистую культуру, что позволило открыть новый тип метаногенеза: H2 - зависимый метилвосстанавливающий метаногенез, который не зависит от пути Вуда-Льюнгдаля. Например, в 2012 году порядок Methanoplasmatales из типа Thermoplasmatota был описан как седьмой порядок метаногенов. [64] Позже порядок был переименован в Methanomassiliicoccales на основе выделенного из кишечника человека Methanomassiliicoccus luminyensis . [65] [66]

Еще одна новая линия в типе Halobacteriota, отряд Methanonatronarchaeales, была обнаружена в щелочных соленых озерах в Сибири в 2017 году. [67] [68] Она также использует H 2 -зависимый метилредуцирующий метаногенез, но интригующе содержит почти полный путь Вуда-Льюнгдаля. Однако она отключена от McrABG, поскольку комплекс MtrA-H не был обнаружен. [69] [70]

Таксономия метаногенов отражает эволюцию этих архей , при этом некоторые исследования предполагают, что последний общий предок архей был метаногенным. [71] Если это верно, это говорит о том, что многие архейные линии утратили способность производить метан и переключились на другие типы метаболизма. В настоящее время большинство изолированных метаногенов относятся к одному из трех архейных типов ( классификация GTDB, выпуск 220): Halobacteriota, Methanobacteriota и Thermoplasmatota. Согласно Международному кодексу номенклатуры прокариот, [72] все три типа принадлежат к одному и тому же царству, Methanobacteriati. [73] [74] Всего в культуре известно более 150 видов метаногенов, некоторые из которых представлены более чем одним штаммом . [75]

Тип Галобактериоты

Класс Метаноцеллия

Отряд Метанцеллалес
Семейство Метаноцелловые

Род Methanocella Сакаи и др. 2008

Methanocella paludicola Сакаи и др. 2008 (типовой вид)

Methanocella arvoryzae Sakai et al. 2010 год

Methanocella conradii Lü и Lu 2012 г.

Класс Метаномикробия

ЗаказМетаномикоробиалес
Семейство Methanocalculaceae Жилинаи др.2014
СемьяМетанокорпускулярныеЦелльнери др.1989

Methanocorpusculum Zellner et al. 1988 год

Methanocorpusculum parvum Zellner et al. 1988 г. (типовой вид)

Methanocorpusculum bavaricum Zellner et al. 1989 год

Метанокорпускулум лабреум

Methanocorpusculum sinense Zellner et al. 1989 год

СемьяМетаномикробныеБалч и Вулф 1981

Род Methanomicrobium Балх и Вольф 1981

Methanomicrobium mobile (Paynter и Hungate 1968) Balch и Wolfe 1981 (типовой вид)

Methanomirobium antiquum Mochimaru et al. 2016 год

Род Methanoculleus Maestrojuán et al. 1990 год

Methanoculleus bourgensis corrig. (Олливье и др., 1986) Маэстрохуан и др. 1990 (типовой вид)

Methanoculleus chikugoensis Dianou et al. 2001 г.

Methanoculleus horonobensis Шимизу и др. 2013

Methanoculleus hydrogenitrophicus Тянь и др. 2010

Methanoculleus marisnigri

Methanoculleus palmolei Zellner et al. 1998 год

Methanoculleus receptaculi Ченг и др. 2008

Methanoculleus sediminis Chen et al. 2015 год

Methanoculleus submarinus Микуцки и др. 2003

Methanoculleus taiwanensis Вэнг и др. 2015

Methanoculleus thermophilus corrig. (Ривард и Смит, 1982) Маэстрохуан и др., 1990

Род Methanogenium Romesser et al. 1981 год

Methanogenium cariaci Romesser et al. 1981 (типовой вид)

Methanogenium frigidum

Methanogenium marinum Chong et al. 2003 г.

Метаногениум органофилум

Род Methanofollis Zellner et al. 1999 год

Methanofollis tationis (Zabel et al. 1986) Zellner et al. 1999 (типовые штаммы)

Methanofollis aquaemaris Лай и Чен 2001

Methanofollis этаноликус Imachi et al. 2009 год

Methanofollis Fontis Chen et al. 2020 год

Methanofollis formosanus Ву и др. 2005

Methanofollis liminatans (Zellner et al. 1990) Zellner et al. 1999 год

Семейство Methanoregulaceae Sakaiи др.2012

Род Methanoregula Bräuer et al. 2011 г.

Methanoregula boonei Bräuer et al. 2011 г. (типовой вид)

Methanoregula formicica Yashiro et al. 2011 г.

СемьяМетаноспирилловыеБуни др.2002

Метаноспириллы Ферри и др. 1974 год

' Methanospirillum hungatei corrig. Ферри и др. 1974 г. (типовой вид)

Methanospirillum lacunae Iino et al. 2010 год

Methanospirillum psychrodurum Zhou et al. 2014 год

Methanospirillum stamsii Паршина и др. 2014 год

Класс Метанонатронархея

Отряд Methanonatronarchaeales
Семейство Methanonatronarchaeaceae Сорокини др.2018

Род Methanonatronarchaeum Сорокин и др. 2018

Methanonatronarchaeum thermophilum Сорокин и др. 2018 (типовой вид)

Класс Метаносарциния

ЗаказМетаносарциновые
СемьяМетаносарциновые

Род Methanosarcina Kluyver и van Niel, 1936 г.

Methanosarcina barkeri Schnellen 1947 (типовой вид)

Methanosarcina acetivorans

Methanosarcina baltica von Klein et al. 2002 г.

Methanosarcina flavescens Kern et al. 2016 год

Methanosarcina horonobensis Шимизу и др. 2011

Methanosarcina lacustris Симанкова и др. 2002

Methanosarcina mazei (Баркер 1936) Мах и Кун 1984

Methanosarcina semesiae Lyimo et al. 2000 г.

Methanosarcina siciliae (Stetter и König 1989) Ni et al. 1994 год

Methanosarcina soligelidi Вагнер и др. 2013

Methanosarcina spelaei Ganzert et al. 2014 год

Methanosarcina subterranea Shimizu et al. 2015 год

Methanosarcina thermophila Зиндер и др. 1985

Methanosarcina vacuolata Жилина и Заварзин 1987 г.

Род Methanimicrococcus corrig. Шпренгер и др. 2000 г.

Methanimicrococcus blatticola corrig. Шпренгер и др. 2000 г.

Род Methanococcoides Sowers and Ferry 1985

Methanococcoides methylutens Sowers and Ferry 1985 (типовой вид)

Methanococcoides alaskense Сингх и др. 2005

Methanococcoides burtonii Францман и др. 1993

Methanococcoides orientis Liang et al. 2022 год

Methanococcoides vulcani Л'Харидон и др. 2014

Род Methanohalobium Жилина и Заварзин 1988 г.

Methanohalobium evestigatum corrig. Жилина и Заварзин 1988 (типовой вид)

Род Methanohalophilus Paterek and Smith 1988.

Methanohalophilus mahii Paterek и Smith 1988 (типовой вид)

Methanohalophilus halophilus (Жилина, 1984) Wilharm et al. 1991 год

Methanohalophilus levihalophilus Katayama et al. 2014 год

Methanohalophilus portucalensis Boone et al. 1993 год

Methanohalophilus profundi L'Haridon et al. 2021 год

Род Mэтанолобус Кениг и Стеттер, 1983 г.

Methanolobus tindarius König and Stetter 1983 (типовой вид)

Methanolobus bombayensis Кадам и др. 1994

Methanolobus chelungpuianus Ву и Лай 2015

Methanolobus halotolerans Шен и др. 2020

Mэтанолобус мангровый Zhou et al. 2023 год

Mэтанолобус орегоненсис (Лю и др., 1990) Бун, 2002 г.

Mэтанолобус profundi Mochimaru et al. 2009 год

Methanolobus psychrotolerans Чен и др. 2018

Mэтанолобус седиминис Чжоу и др. 2023 год

Methanolobus taylorii Оремланд и Бун 1994

Mэтанолобус vulcani Stetter et al. 1989 год

Mэтанолобус zinderi Doerfert et al. 2009 год

Род Methanomethylovorans Lomans et al. 2004 г.

Methanomethylovorans hollandica Lomans et al. 2004 (типовой вид)

Methanomethylovorans thermophila Цзян и др. 2005

Methanomethylovorans onensis Cha et al. 2014 год

Род Methanosalsum Бун и Бейкер 2002

Methanosalsum zhilinae (Mathrani et al. 1988) Boone and Baker 2002 (типовой вид)

Methanosalsum natronophilum Сорокин и др. 2015 год

Семейство Methanotrichaceae

Род Methanothrix Huser et al. 1983 год

Methanothrix soehngenii Huser et al. 1983 (типовой вид)

Methanothrix harundinacea (Ma et al. 2006) Akinyemi et al. 2021 год

Methanothrix thermoacetophila corrig. Ножевникова и Чудина 1988

" Candidatus Methanothrix paradoxa" исправлено. Энгл и др. 2017 год

Семейство Methermicoccaceae

Род Methermicoccus Cheng et al. 2007 год

Methermicoccus shengliensis Cheng et al. 2007 г. (типовой вид)

ФилумМетанобактериота

СортМетанобактерии

ЗаказМетанобактерии
СемьяМетанобактерии

Род Methanobacterium Kluyver и van Niel, 1936 г.

Methanobacterium formicicum Schnellen 1947 (типовой вид)

Methanobacterium bryanti

Род Methanobrevibacter Балч и Вольф 1981

Methanobrevibacter ruminantium (Смит и Хангейт, 1958) Балч и Вольф, 1981 (типовой вид)

Methanobrevibacter acididurans Савант и др. 2002

Methanobrevibacter arboriphilus corrig. (Зейкус и Хеннинг 1975) Балч и Вольф 1981

Methanobrevibacter boviskoreani Ли и др. 2013

Methanobrevibacter curvatus Лидбеттер и Брезнак 1997

Methanobrevibacter cuticularis Лидбеттер и Брезнак 1997

Methanobrevibacter filiformis Лидбеттер и др. 1998

Methanobrevibacter gottschalkii Миллер и Лин 2002

Methanobrevibacter millerae Ри и др. 2007

Methanobrevibacter olleyae Rea et al. 2007 год

Methanobrevibacter oralis Феррари и др. 1995

Methanobrevibacter smithii Балч и Вольф 1981

Methanobrevibacter thaueri Миллер и Лин 2002

Methanobrevibacter woesei Миллер и Лин 2002

Methanobrevibacter wolinii Миллер и Лин 2002

« Methanobrevibacter massiliense » Хюн и др. 2015

« Candidatus Methanobrevibacter intestini» Chibani et al. 2022 год

Род Methanosphaera Миллер и Волин 1985

Methanosphaera stadtmanae corrig. Миллер и Волин 1985 (типовой вид)

Methanosphaera cuniculi Biavati et al. 1990 год

Род Methanothermobacter Вассерфаллена и др. 2000

Methanothermobacter thermautotrophicus corrig. (Zeikus и Wolfe 1972) Wasserfallen и др. 2000 (типовой вид)

Methanothermobacter crinale Ченг и др. 2012

Methanothermobacter defluvii (Котельникова и др. 1994) Boone 2002

Methanothermobacter marburgensis Вассерфаллена и др. 2000

Methanothermobacter tenebrarum Nakamura et al. 2013 год

Methanothermobacter thermoflexus (Котельникова и др. 1994) Boone 2002

Methanothermobacter thermophilus (Лауринавичус и др., 1990) Бун, 2002

Methanothermobacter wolfei corrig. (Винтер и др. 1985) Вассерфалле и др. 2000

СемьяМетанотермовые

Род Methanothermus Stetter 1982

Methanothermusfervidus Stetter 1982 (типовой вид)

СортМетанопири

ЗаказМетанопиралес
СемьяМетанопировые

Род Methanopyrus Kurr et al. 1992 год

Methanopyrus kandleri Kurr et al. 1992 г. (типовой вид)

СортМетанококки

ЗаказМетанококковые
СемьяMethanococcaceaeБалч и Вулф 1981

Род Methanococcus Клюйвер и ван Нил 1936

Methanococcus vannielii Stadtman and Barker 1951 (типовой вид)

Метанококк эолийский

Метанококк Буртони

Methanococcus chunghsingensis

Метанококк дельта

Метанококк Джаннашии

Метанококк марипалудис

Род Methanofervidicoccus

Methanofervidicoccus abyssi Sakai et al. 2019 (типовой вид)

Род Methanothermococcus

Methanothermococcus thermolithotrophicus (Huber et al. 1984) Whitman 2002 (типовой вид)

СемьяМетанокалдококковые

Род Methanocaldococcus

Methanocaldococcus jannaschii (Jones et al. 1984) Whitman 2002 (типовой вид)

Род Methanotorris

Methanotorris igneus (Burggraf et al. 1990) Whitman 2002 (типовой вид)

Тип Thermoplasmatota

СортТермоплазмата

Заказать Methanomassiliicoccales
Семейство Methanomassiliicoccaceae

Род Methanomassiliicoccus Dridi et al. 2012 год

Methanomassiliicoccus luminyensis Dridi et al. 2012 г. (типовой вид)

Семейство Метанометилофиловые

Род Methanomethylophilus Боррель и др. 2024

Methanomethylophilus alvi Borrel et al. 2024 (типовой вид)

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Эрнст, Леонард; Стейнфельд, Бенедикт; Бараев Владимир; Клинч, Томас; Курт, Маркус; Гримм, Дирк; Дик, Тобиас П.; Ребелейн, Йоханнес Г.; Бишофс, Илька Б.; Кепплер, Фрэнк (17 марта 2022 г.). «Образование метана, обусловленное активными формами кислорода во всех живых организмах». Природа . 603 (7901): 482–487. Бибкод : 2022Natur.603..482E. дои : 10.1038/s41586-022-04511-9. ISSN  0028-0836. ПМИД  35264795.
  2. ^ Лю, Юйчэнь; Уитман, Уильям Б. (март 2008 г.). «Метаболическое, филогенетическое и экологическое разнообразие метаногенных архей». Анналы Нью-Йоркской академии наук . 1125 (1): 171–189. Bibcode : 2008NYASA1125..171L. doi : 10.1196/annals.1419.019. ISSN  0077-8923. PMID  18378594.
  3. ^ ab Peters, V.; Conrad, R. (1995). «Метаногенные и другие строго анаэробные бактерии в пустынной почве и других кислородных почвах». Прикладная и экологическая микробиология . 61 (4): 1673–1676. Bibcode :1995ApEnM..61.1673P. doi :10.1128/AEM.61.4.1673-1676.1995. PMC 1388429 . PMID  16535011. 
  4. ^ "Архивная копия". Архивировано из оригинала 2009-03-27 . Получено 2009-09-20 .{{cite web}}: CS1 maint: архивная копия как заголовок ( ссылка )
  5. ^ Аб Бун, Дэвид Р. (2015). «Метанобактерия». Руководство Берджи по систематике архей и бактерий . John Wiley & Sons, Ltd., стр. 1–8. дои : 10.1002/9781118960608.gbm00495. ISBN 9781118960608.
  6. ^ ab Tung, HC; Bramall, NE; Price, PB (2005). «Микробное происхождение избыточного метана в ледниковом льду и его значение для жизни на Марсе». Труды Национальной академии наук . 102 (51): 18292–6. Bibcode : 2005PNAS..10218292T. doi : 10.1073/pnas.0507601102 . PMC 1308353. PMID  16339015. 
  7. ^ ab Icarus (т. 178, стр. 277)cs:Метаноген
  8. ^ аб Михал, Бурдукевич; Гагат, Пшемыслав; Яблонский, Славомир; Чилимонюк, Ярослав; Гаворский, Михал; Мацкевич, Павел; Марцин, Лукашевич (июнь 2018 г.). «PhyMet 2: база данных и набор инструментов для филогенетического и метаболического анализа метаногенов». Отчеты по экологической микробиологии . 10 (3): 378–382. Бибкод : 2018EnvMR..10..378M. дои : 10.1111/1758-2229.12648 . ISSN  1758-2229. ПМИД  29624889.
  9. ^ "Leibniz Institute DSMZ: Добро пожаловать в Leibniz Institute DSMZ". www.dsmz.de . Получено 2024-07-17 .
  10. ^ Энджел, Рой; Мэттис, Дитхарт; Конрад, Ральф (2011-05-31). «Активация метаногенеза в аридных биологических почвенных корках, несмотря на присутствие кислорода». PLOS ONE . 6 (5): e20453. Bibcode : 2011PLoSO...620453A. doi : 10.1371/journal.pone.0020453 . ISSN  1932-6203. PMC 3105065. PMID 21655270  . 
  11. ^ Angel, Roey; Claus, Peter; Conrad, Ralf (апрель 2012 г.). «Метаногенные археи повсеместно распространены в аэрируемых почвах и становятся активными во влажных бескислородных условиях». Журнал ISME . 6 (4): 847–862. Bibcode : 2012ISMEJ...6..847A. doi : 10.1038/ismej.2011.141. ISSN  1751-7362. PMC 3309352. PMID 22071343  . 
  12. ^ Конрад, Ральф (2020-06-11). «Производство метана в почвенных средах — анаэробная биогеохимия и микробная жизнь между затоплением и высыханием». Микроорганизмы . 8 (6): 881. doi : 10.3390/microorganisms8060881 . ISSN  2076-2607. PMC 7357154. PMID 32545191  . 
  13. ^ Лю, Чжэ; Лу, Яхай (2017-11-14). «Метаболический сдвиг на уровне класса проливает свет на адаптацию метаногенов к окислительной среде». Журнал ISME . 12 (2): 411–423. Bibcode : 2018ISMEJ..12..411L. doi : 10.1038 /ismej.2017.173. ISSN  1751-7362. PMC 5776455. PMID  29135970. 
  14. ^ Энгл, Джордан К.; Морин, Тимоти Х.; Солден, Линдси М.; Нарроу, Адриенна Б.; Смит, Гарретт Дж.; Бортон, Микайла А.; Рей-Санчес, Камило; Дейли, Ребекка А.; Мирфендересги, Голназалсдат; Хойт, Дэвид В.; Райли, Уильям Дж.; Миллер, Кристофер С.; Борер, Джил; Райтон, Келли К. (16.11.2017). «Метаногенез в насыщенных кислородом почвах составляет существенную долю выбросов метана водно-болотными угодьями». Nature Communications . 8 (1): 1567. Bibcode :2017NatCo...8.1567A. doi :10.1038/s41467-017-01753-4. ISSN  2041-1723. PMC 5691036. PMID 29146959  . 
  15. ^ ван Вольферен, Марлен; Пульшен, Андре Араширо; Баум, Базз; Грибальдо, Симонетта; Альберс, Соня-Верена (17 октября 2022 г.). «Клеточная биология архей». Природная микробиология . 7 (11): 1744–1755. дои : 10.1038/s41564-022-01215-8. ISSN  2058-5276. ПМЦ 7613921 . ПМИД  36253512. 
  16. ^ Альберс, Соня-Верена; Мейер, Бенджамин Х. (июнь 2011 г.). «Оболочка архейной клетки». Nature Reviews Microbiology . 9 (6): 414–426. doi :10.1038/nrmicro2576. ISSN  1740-1526. PMID  21572458.
  17. ^ Thauer, Rudolf K.; Kaster, Anne-Kristin; Seedorf, Henning; Buckel, Wolfgang; Hedderich, Reiner (август 2008 г.). «Метаногенные археи: экологически значимые различия в сохранении энергии». Nature Reviews Microbiology . 6 (8): 579–591. doi :10.1038/nrmicro1931. ISSN  1740-1526. PMID  18587410.
  18. ^ Чибани, Синтия Мария; Манерт, Александр; Боррель, Гийом; Алмейда, Александр; Вернер, Альмут; Брюжер, Жан-Франсуа; Грибальдо, Симонетта; Финн, Роберт Д.; Шмитц, Рут А.; Мойссль-Айхингер, Кристина (30 декабря 2021 г.). «Каталог 1167 геномов археома кишечника человека». Природная микробиология . 7 (1): 48–61. дои : 10.1038/s41564-021-01020-9. ISSN  2058-5276. ПМЦ 8727293 . ПМИД  34969981. 
  19. ^ Протасов, Евгений; Нонох, Джеймс О.; Кестле Сильва, Джоана М.; Мис, Ундина С.; Эрве, Винсент; Дитрих, Карстен; Ланг, Кристина; Микульский, Лена; Платт, Катя; Поляйн, Аня; Кёлер-Рамм, Тим; Мьямби, Эдуард; Бога, Хамади И.; Фелдеверт, Кристофер; Нгуги, Дэвид К. (15 ноября 2023 г.). «Разнообразие и таксономический пересмотр метаногенов и других архей в кишечном тракте наземных членистоногих». Границы микробиологии . 14 . дои : 10.3389/fmicb.2023.1281628 . ISSN  1664-302X. PMC 10684969. PMID  38033561 . 
  20. ^ Томас, Кортни М.; Десмонд-Ле Кеменер, Эли; Грибальдо, Симонетта; Боррель, Гийом (2022-06-10). «Факторы, формирующие обилие и разнообразие археома кишечника в животном мире». Nature Communications . 13 (1): 3358. Bibcode :2022NatCo..13.3358T. doi :10.1038/s41467-022-31038-4. ISSN  2041-1723. PMC 9187648 . PMID  35688919. 
  21. ^ Лю, Чжэ; Шао, Нана; Акиниеми, Тайво; Уитман, Уильям Б. (июль 2018 г.). «Метаногенез». Current Biology . 28 (13): R727–R732. Bibcode : 2018CBio...28.R727L. doi : 10.1016/j.cub.2018.05.021. PMID  29990451.
  22. ^ Квенволден, К. (1995). «Обзор геохимии метана в гидрате природного газа». Органическая геохимия . 23 (11–12): 997–1008. Bibcode :1995OrGeo..23..997K. doi :10.1016/0146-6380(96)00002-2.
  23. ^ Милков, Алексей В. (2004). «Глобальные оценки гидрат-связанного газа в морских отложениях: сколько его там на самом деле?». Earth-Science Reviews . 66 (3–4): 183–197. Bibcode : 2004ESRv...66..183M. doi : 10.1016/j.earscirev.2003.11.002.
  24. ^ «Животные кратера: где могут скрываться микробы Марса». Space.com . 20 декабря 2005 г. Получено 16 декабря 2014 г.
  25. ^ «Марсоход NASA обнаружил на Марсе облако газа, указывающее на возможность жизни». The New York Times . 22 июня 2019 г.
  26. ^ Thauer, RK & Shima, S. (2006). «Биогеохимия: метан и микробы». Nature . 440 (7086): 878–879. Bibcode :2006Natur.440..878T. doi :10.1038/440878a. PMID  16612369. S2CID  4373591.
  27. ^ Янгблут, Николас Д.; Райшер, Георг Х.; Даузер, Силке; Майш, Софи; Уолцер, Крис; Сталдер, Габриэль; Фарнляйтнер, Андреас Х.; Лей, Рут Э. (26 октября 2021 г.). «Филогения позвоночных-хозяев влияет на разнообразие кишечных архей». Природная микробиология . 6 (11): 1443–1454. дои : 10.1038/s41564-021-00980-2. ISSN  2058-5276. ПМЦ 8556154 . ПМИД  34702978. 
  28. ^ Томас, Кортни М.; Десмонд-Ле Кеменер, Эли; Грибальдо, Симонетта; Боррель, Гийом (2022-06-10). «Факторы, формирующие обилие и разнообразие археома кишечника в животном мире». Nature Communications . 13 (1): 3358. Bibcode :2022NatCo..13.3358T. doi :10.1038/s41467-022-31038-4. ISSN  2041-1723. PMC 9187648 . PMID  35688919. 
  29. ^ Протасов, Евгений; Нонох, Джеймс О.; Кестле Сильва, Джоана М.; Мис, Ундина С.; Эрве, Винсент; Дитрих, Карстен; Ланг, Кристина; Микульский, Лена; Платт, Катя; Поляйн, Аня; Кёлер-Рамм, Тим; Мьямби, Эдуард; Бога, Хамади И.; Фелдеверт, Кристофер; Нгуги, Дэвид К. (15 ноября 2023 г.). «Разнообразие и таксономический пересмотр метаногенов и других архей в кишечном тракте наземных членистоногих». Границы микробиологии . 14 . дои : 10.3389/fmicb.2023.1281628 . ISSN  1664-302X. PMC 10684969. PMID  38033561 . 
  30. ^ Гао, Бейле; Гупта, Радхей С. (2007). «Филогеномный анализ белков, характерных для архей и их основных подгрупп, и происхождение метаногенеза». BMC Genomics . 8 (1): 86. doi : 10.1186/1471-2164-8-86 . PMC 1852104. PMID  17394648 . 
  31. ^ Раух, Бенджамин Джулиус; Густафсон, Эндрю; Перона, Джон Дж. (декабрь 2014 г.). «Новые белки для биосинтеза гомоцистеина в анаэробных микроорганизмах». Молекулярная микробиология . 94 (6): 1330–1342. doi : 10.1111/mmi.12832 . ISSN  0950-382X. PMID  25315403.
  32. ^ Чэнь, Шэн-Чунг; Вэн, Чие-Инь; Лай, Мей-Чин; Тамаки, Хидеюки; Нарихиро, Такаши (октябрь 2019 г.). «Сравнительный геномный анализ выявил гены трегалозосинтазы как характерную особенность рода Methanoculleus». Marine Genomics . 47 : 100673. Bibcode : 2019MarGn..4700673C. doi : 10.1016/j.margen.2019.03.008. PMID  30935830. S2CID  91188321.
  33. ^ Гуан, Юэ; Нгуги, Дэвид К.; Вину, Маникандан; Блом, Йохен; Алам, Интихаб; Гийо, Сильвен; Ферри, Джеймс Г.; Стингл, Ульрих (24.04.2019). «Сравнительная геномика рода Methanohalophilus, включая недавно выделенный штамм из глубины Кебрит в Красном море». Frontiers in Microbiology . 10 : 839. doi : 10.3389/fmicb.2019.00839 . ISSN  1664-302X. PMC 6491703. PMID 31068917  . 
  34. ^ Бортон, Микайла А.; Дейли, Ребекка А.; О'Бэнион, Бриджит; Хойт, Дэвид В.; Маркус, Дэниел Н.; Уэлч, Сьюзан; Хастингс, Сибилла С.; Мейлия, Ти; Вулф, Ричард А.; Букер, Энн Э.; Шарма, Шикха (декабрь 2018 г.). «Сравнительная геномика и физиология рода Methanohalophilus, распространенного метаногена в гидроразрывном сланце». Экологическая микробиология . 20 (12): 4596–4611. Bibcode : 2018EnvMi..20.4596B. doi : 10.1111/1462-2920.14467 . ISSN  1462-2912. PMID  30394652. S2CID  53220420.
  35. ^ Söllinger, Andrea; Schwab, Clarissa; Weinmaier, Thomas; Loy, Alexander; Tveit, Alexander T.; Schleper, Christa; Urich, Tim (январь 2016 г.). King, Gary (ред.). «Филогенетический и геномный анализ Methanomassiliicoccales в водно-болотных угодьях и кишечных трактах животных выявляет кладоспецифичные предпочтения в местообитаниях». FEMS Microbiology Ecology . 92 (1): fiv149. doi : 10.1093/femsec/fiv149 . hdl : 10037/8522 ​​. ISSN  1574-6941. PMID  26613748.
  36. ^ Лю, Чжэ; Лу, Яхай (июнь 2015 г.). «Сравнительная геномика трех штаммов M ethanocellales раскрывает новые таксономические и метаболические особенности: Сравнительная геномика трех штаммов Methanocellales». Environmental Microbiology Reports . 7 (3): 526–537. doi :10.1111/1758-2229.12283. PMID  25727385.
  37. ^ Лю, Чжэ; Лу, Яхай (февраль 2018 г.). «Метаболический сдвиг на уровне класса проливает свет на адаптацию метаногенов к окислительным средам». Журнал ISME . 12 (2): 411–423. Bibcode : 2018ISMEJ..12..411L. doi : 10.1038/ismej.2017.173. ISSN  1751-7362. PMC 5776455. PMID 29135970  . 
  38. ^ Боррель, Гийом; Паризо, Николя; Харрис, Хью МБ; Пейретайад, Эрик; Гаси, Надя; Тотти, Уильям; Бардо, Оливье; Рэйманн, Каси; Грибальдо, Симонетта; Пейре, Пьер; О'Тул, Пол В. (2014). «Сравнительная геномика подчеркивает уникальную биологию Methanomassiliicoccales, седьмого порядка метаногенных архей, родственного Thermoplasmatales, который кодирует пирролизин». BMC Genomics . 15 (1): 679. doi : 10.1186/1471-2164-15-679 . ISSN  1471-2164. PMC 4153887 . PMID  25124552. 
  39. ^ Боррель, Гийом; О'Тул, Пол В.; Харрис, Хью МБ; Пейре, Пьер; Брюжер, Жан-Франсуа; Грибальдо, Симонетта (октябрь 2013 г.). «Филогеномные данные подтверждают седьмой порядок метилотрофных метаногенов и дают представление об эволюции метаногенеза». Genome Biology and Evolution . 5 (10): 1769–1780. doi :10.1093/gbe/evt128. ISSN  1759-6653. PMC 3814188. PMID 23985970  . 
  40. ^ abcde Blaut, M. (1994). «Метаболизм метаногенов». Antonie van Leeuwenhoek . 66 (1–3): 187–208. doi :10.1007/bf00871639. ISSN  0003-6072. PMID  7747931. S2CID  23706408.
  41. ^ Dybas, M; Konisky, J (1992). «Трансдукция энергии в метаногене Methanococcus voltae основана на токе натрия». J Bacteriol . 174 (17): 5575–5583. doi :10.1128 / jb.174.17.5575-5583.1992. PMC 206501. PMID  1324904. 
  42. ^ Карраш, М.; Бёрнер, Г.; Энсле, М.; Тауэр, Р.К. (1990-12-12). «Молибдоэнзим формилметанофурандегидрогеназа из Methanosarcina barkeri содержит кофактор птерина». European Journal of Biochemistry . 194 (2): 367–372. doi :10.1111/j.1432-1033.1990.tb15627.x. ISSN  0014-2956. PMID  2125267.
  43. ^ Бёрнер, Г.; Карраш, М.; Тауэр, Р. К. (1991-09-23). ​​«Молибдоптеринадениндинуклеотид и молибдоптеринагипоксантинадинуклеотид в формилметанофурандегидрогеназе из Methanobacterium thermoautotrophicum (Marburg)». FEBS Letters . 290 (1–2): 31–34. Bibcode : 1991FEBSL.290...31B. doi : 10.1016/0014-5793(91)81218-w . ISSN  0014-5793. PMID  1915887. S2CID  24174561.
  44. ^ Шмитц, Рут А.; Альбрахт, Саймон П. Дж.; Тауэр, Рудольф К. (1992-11-01). «Молибденовый и вольфрамовый изофермент формилметанофурандегидрогеназы в термофильной архее Methanobacterium wolfei». Европейский журнал биохимии . 209 (3): 1013–1018. doi : 10.1111/j.1432-1033.1992.tb17376.x . ISSN  1432-1033. PMID  1330558.
  45. ^ Zirngibl, C (февраль 1990). "N5,N10-метилентетрагидрометаноптериндегидрогеназа из Methanobacterium thermoautotrophicum имеет гидрогеназную активность". Laboratorium Fir Mikrobiologie . 261 (1): 112–116. Bibcode : 1990FEBSL.261..112Z. doi : 10.1016/0014-5793(90)80649-4 .
  46. ^ te Brömmelstroet, BW; Geerts, WJ; Keltjens, JT; van der Drift, C.; Vogels, GD (1991-09-20). "Очистка и свойства 5,10-метилентетрагидрометаноптерин дегидрогеназы и 5,10-метилентетрагидрометаноптерин редуктазы, двух коферментных ферментов F420, из Methanosarcina barkeri". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Структура белка и молекулярная энзимология . 1079 (3): 293–302. doi :10.1016/0167-4838(91)90072-8. ISSN  0006-3002. PMID  1911853.
  47. ^ Kengen, Servé WM; Mosterd, Judith J.; Nelissen, Rob LH; Keltjens, Jan T.; Drift, Chris van der; Vogels, Godfried D. (1988-08-01). "Восстановительная активация метилтетрагидрометаноптерина: кофермент M метилтрансферазы из штамма Methanobacterium thermoautotrophicum ΔH". Архивы микробиологии . 150 (4): 405–412. Bibcode : 1988ArMic.150..405K. doi : 10.1007/BF00408315. ISSN  0302-8933. S2CID  36366503.
  48. ^ Бобик, ТА; Олсон, КД; Нолл, КМ; Вольф, Р.С. (1987-12-16). «Доказательства того, что гетеродисульфид кофермента М и 7-меркаптогептаноилтреонинфосфата является продуктом реакции метилредуктазы в Methanobacterium». Biochemical and Biophysical Research Communications . 149 (2): 455–460. doi :10.1016/0006-291x(87)90389-5. ISSN  0006-291X. PMID  3122735.
  49. ^ Эллерманн, Дж.; Хеддерих, Р.; Бёхер, Р.; Тауэр, Р.К. (1988-03-15). «Последний шаг в образовании метана. Исследования с высокоочищенной метил-CoM-редуктазой (компонент C) из Methanobacterium thermoautotrophicum (штамм Marburg)». European Journal of Biochemistry . 172 (3): 669–677. doi : 10.1111/j.1432-1033.1988.tb13941.x . ISSN  0014-2956. PMID  3350018.
  50. ^ Аппельс, Лиз и др. (2008). «Принципы и потенциал анаэробного сбраживания активированного ила отходов» Progress in Energy and Combustion Science. 34 (6): 755-781. doi: 10.1016/j.pecs.2008.06.002
  51. ^ Кристенсен, Томас Х. и др. (2010). «Анаэробное сбраживание: процесс» Технология и управление твердыми отходами, том 1 и 2. doi: 10.1002/9780470666883.ch372
  52. ^ Шах, Файяз Али и др. (2014). «Микробная экология анаэробных биореакторов: ключевые игроки анаэробиоза» ScientificWorldJournal. 3852369 (1). doi:10.1155/2014/183752
  53. ^ Леттинга, Г. (1995). «Анаэробное сбраживание и системы очистки сточных вод». Антони ван Левенгук . 67 (1): 3–28. doi :10.1007/bf00872193. PMID  7741528. S2CID  9415571.
  54. ^ ab Tabatabaei, Meisa; et al. (2010). "Значение популяций метаногенных архей в анаэробной очистке сточных вод" (PDF) . Process Biochemistry . 45 (8): 1214–1225. doi :10.1016/j.procbio.2010.05.017.
  55. ^ Марихиро, Такаши., Секигучи, Юджи. (2007). «Микробные сообщества в анаэробных процессах сбраживания для очистки отходов и сточных вод: микробиологическое обновление» Current Opinion in Biotechnology. 18 (3): 273-278. doi: 10.1016/j.copbio.2007.04.003
  56. ^ «Усовершенствованная анаэробная очистка сточных вод в ближайшем будущем». Water Science and Technology . 35 (10). 1997. doi :10.1016/S0273-1223(97)00222-9.
  57. ^ Woese, Carl R.; Fox, George E. (ноябрь 1977 г.). «Филогенетическая структура прокариотического домена: первичные царства». Труды Национальной академии наук . 74 (11): 5088–5090. Bibcode : 1977PNAS...74.5088W. doi : 10.1073/pnas.74.11.5088 . ISSN  0027-8424. PMC 432104. PMID 270744  . 
  58. ^ Эванс, Пол Н.; Паркс, Донован Х.; Чедвик, Грейсон Л.; Роббинс, Стивен Дж.; Орфан, Виктория Дж.; Голдинг, Сюзанна Д.; Тайсон, Джин У. (2015-10-23). ​​«Метаболизм метана в архейном типе Bathyarchaeota, выявленный с помощью геномоцентрической метагеномики». Science . 350 (6259): 434–438. Bibcode :2015Sci...350..434E. doi :10.1126/science.aac7745. ISSN  0036-8075. PMID  26494757.
  59. ^ Ци, Ян-Лин; Эванс, Пол Н.; Ли, Юй-Сянь; Рао, Ян-Чжи; Цюй, Ян-Ни; Тан, Ша; Цзяо, Цзянь-Ю; Чен, Я-Тин; Хедлунд, Брайан П.; Шу, Вэнь-Шэн; Хуа, Чжэн-Шуан; Ли, Вэнь-Цзюнь (31 августа 2021 г.). «Сравнительная геномика выявляет термическую адаптацию и высокое метаболическое разнообразие у Candidatus Bathyarchaeia». mSystems . 6 (4): e0025221. doi : 10.1128/msystems.00252-21. ISSN  2379-5077. PMC 8407382. PMID 34282939  . 
  60. ^ Хомякова, Мария А.; Меркель, Александр Ю.; Мамий, Дана Д.; Клюкина, Александра А.; Слободкин, Александр И. (2023-08-22). "Фенотипическая и геномная характеристика Bathyarchaeum tardum gen. nov., sp. nov., культивируемого представителя класса архей Bathyarchaeia". Frontiers in Microbiology . 14 . doi : 10.3389/fmicb.2023.1214631 . ISSN  1664-302X. PMC 10477458 . PMID  37675420. 
  61. ^ Чжоу, Чжичао; Пань, Цзе; Ван, Фэнпин; Гу, Цзи-Дун; Ли, Мэн (2018-09-01). «Bathyarchaeota: глобально распределенные метаболические генералисты в бескислородной среде». FEMS Microbiology Reviews . 42 (5): 639–655. doi :10.1093/femsre/fuy023. ISSN  1574-6976. PMID  29790926.
  62. ^ Юй, Тяньтянь; У, Вэйчао; Лян, Вэньюэ; Левер, Марк Александр; Хинрихс, Кай-Увэ; Ван, Фэнпин (2018-06-05). «Рост осадочных батиархеот на лигнине как источнике энергии». Труды Национальной академии наук . 115 (23): 6022–6027. Bibcode : 2018PNAS..115.6022Y. doi : 10.1073/pnas.1718854115 . ISSN  0027-8424. PMC 6003339. PMID  29773709 . 
  63. ^ Юй, Тяньтянь; Ху, Хайнин; Цзэн, Сяньхун; Ван, Иньчжао; Пань, Дональд; Дэн, Лунхуэй; Лян, Льюэнь; Хоу, Цзялинь; Ван, Фэнпин (сентябрь 2023 г.). «Широко распространенные Bathyarchaeia кодируют новую метилтрансферазу, использующую ароматические соединения, полученные из лигнина». mlife . 2 (3): 272–282. doi :10.1002/mlf2.12082. ISSN  2097-1699. PMC 10989822 . PMID  38817817. 
  64. ^ Пол, Кристина; Нонох, Джеймс О.; Микульски, Лена; Брюн, Андреас (декабрь 2012 г.). ""Methanoplasmatales," родственные Thermoplasmatales археи в кишечнике термитов и других средах являются седьмым порядком метаногенов". Прикладная и экологическая микробиология . 78 (23): 8245–8253. Bibcode : 2012ApEnM..78.8245P. doi : 10.1128/aem.02193-12. ISSN  0099-2240. PMC 3497382. PMID  23001661 . 
  65. ^ Dridi, Bédis; Fardeau, Marie-Laure; Ollivier, Bernard; Raoult, Didier; Drancourt, Michel (2012-08-01). "Methanomassiliicoccus luminyensis gen. nov., sp. nov., метаногенная архея, выделенная из человеческих фекалий". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 62 (Pt_8): 1902–1907. doi :10.1099/ijs.0.033712-0. ISSN  1466-5026. PMID  22859731.
  66. ^ Иино, Такао; Тамаки, Хидеюки; Тамазава, Сатоши; Уэно, Ёсиюки; Охкума, Мория; Судзуки, Кен-Ичиро; Игараши, Ясуо; Харута, Шин (2013). «Candidatus Methanogranum caenicola: новый метаноген из анаэробного переваренного ила и предложение Methanomassiliicoccaceae fam. nov. и Methanomassiliicoccales ord. nov. для метаногенной линии класса Thermoplasmata». Микробы и окружающая среда . 28 (2): 244–250. doi :10.1264/jsme2.ME12189. ISSN  1342-6311. PMC 4070666. PMID  23524372 . 
  67. ^ Сорокин, Димитрий Ю.; Меркель, Александр Ю.; Аббас, Бен; Макарова, Кира С.; Рейпстра, В. Ирен К.; Коенен, М.; Синнинге Дамсте, Яап С.; Галински, Эрвин А.; Кунин, Евгений В.; ван Лосдрехт, Марк CM (2018-07-01). "Methanonatronarchaeum thermophilum gen. nov., sp. nov. и 'Candidatus Methanohalarchaeum thermophilum', чрезвычайно гало(натроно)фильные метилредуцирующие метаногены из гиперсоленых озер, включающие новый класс эвриархей Methanonatronarchaeia classis nov". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 68 (7): 2199–2208. doi :10.1099/ijsem.0.002810. ISSN 1466-5026  . PMC 6978985. PMID  29781801. 
  68. ^ Сорокин, Димитрий Ю.; Макарова, Кира С.; Аббас, Бен; Феррер, Мануэль; Голышин, Питер Н.; Галински, Эрвин А.; Чордиа, Серхио; Мена, Мария Кармен; Меркель, Александр Ю.; Вольф, Юрий И.; ван Лосдрехт, Марк CM; Кунин, Евгений В. (2017-05-30). "Открытие чрезвычайно галофильных, метилредуцирующих эуриархей дает представление об эволюционном происхождении метаногенеза". Nature Microbiology . 2 (8): 17081. doi :10.1038/nmicrobiol.2017.81. ISSN  2058-5276. PMC 5494993 . PMID  28555626. 
  69. ^ Сорокин, Димитрий Ю.; Меркель, Александр Ю.; Аббас, Бен (ноябрь 2022 г.). «Экология метанонатронархей». Environmental Microbiology . 24 (11): 5217–5229. Bibcode : 2022EnvMi..24.5217S. doi : 10.1111/1462-2920.16108. ISSN  1462-2912. PMC 9796771. PMID 35726892  . 
  70. ^ Штайнигер, Фабиан; Сорокин, Димитрий Ю.; Деппенмейер, Уве (январь 2022 г.). «Процесс сохранения энергии в чрезвычайно галоалкалофильном метилвосстанавливающем метаногене Methanonatronarchaeum thermophilum». Журнал FEBS . 289 (2): 549–563. doi :10.1111/febs.16165. ISSN  1742-464X. PMID  34435454.
  71. ^ Мэй, Ран; Канеко, Масанори; Имачи, Хироюки; Нобу, Масару К (2023-02-03). Ма, Ли-Джун (ред.). «Происхождение и эволюция метаногенеза и архей переплетены». PNAS Nexus . 2 (2): pgad023. doi :10.1093/pnasnexus/pgad023. ISSN  2752-6542. PMC 9982363 . PMID  36874274. 
  72. ^ Орен, Аарон; Арахал, Дэвид Р.; Гёкер, Маркус; Мур, Эдвард Р.Б.; Росселло-Мора, Рамон; Сатклифф, Иэн К. (2023-05-01). "Международный кодекс номенклатуры прокариот. Прокариотический кодекс (пересмотр 2022 г.)". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 73 (5a). doi : 10.1099/ijsem.0.005585. hdl : 10261/338243 . ISSN  1466-5026. PMID  37219928.
  73. ^ "Phylum: Methanobacteriota". lpsn.dsmz.de . Получено 2024-07-16 .
  74. ^ Гёкер, Маркус; Орен, Аарон (2024-01-22). «Действительная публикация названий двух доменов и семи царств прокариот». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 74 (1). doi :10.1099/ijsem.0.006242. ISSN  1466-5026. PMID  38252124.
  75. ^ "Leibniz Institute DSMZ: Добро пожаловать в Leibniz Institute DSMZ". www.dsmz.de . Получено 2024-07-16 .