Системы реакции-диффузии — это математические модели, которые соответствуют нескольким физическим явлениям. Наиболее распространенным является изменение в пространстве и времени концентрации одного или нескольких химических веществ: локальные химические реакции, в которых вещества преобразуются друг в друга, и диффузия , которая заставляет вещества распространяться по поверхности в пространстве.
Системы реакции-диффузии естественным образом применяются в химии . Однако система может также описывать динамические процессы нехимической природы. Примеры можно найти в биологии , геологии и физике (теория диффузии нейтронов) и экологии . Математически системы реакции-диффузии принимают форму полулинейных параболических уравнений в частных производных . Их можно представить в общем виде
где q ( x , t ) представляет собой неизвестную векторную функцию, D — диагональная матрица коэффициентов диффузии , а R учитывает все локальные реакции. Решения уравнений реакции-диффузии демонстрируют широкий спектр поведения, включая образование бегущих волн и волнообразных явлений, а также других самоорганизующихся узоров, таких как полосы, шестиугольники или более сложные структуры, такие как диссипативные солитоны . Такие узоры были названы « узорами Тьюринга ». [1] Каждая функция, для которой справедливо дифференциальное уравнение реакции-диффузии, фактически представляет собой переменную концентрации .
Однокомпонентные уравнения реакции-диффузии
Простейшее уравнение реакции-диффузии имеет одно пространственное измерение в плоской геометрии:
также называется уравнением Колмогорова–Петровского–Пискунова . [2] Если член реакции равен нулю, то уравнение представляет собой чистый диффузионный процесс. Соответствующее уравнение — второй закон Фика . Выбор R ( u ) = u (1− u ) приводит к уравнению Фишера , которое изначально использовалось для описания распространения биологических популяций , [3] уравнению Ньюэлла–Уайтхеда–Сегеля с R ( u ) = u (1− u2 ) для описания конвекции Рэлея–Бенара , [4] [ 5] более общему уравнению Зельдовича–Франка–Каменецкого с R ( u ) = u (1− u )e - β (1- u ) и 0 < β < ∞ ( число Зельдовича ), которое возникает в теории горения , [6] и его частному вырожденному случаю с R ( u ) = u2 − u3 , который иногда также называют уравнением Зельдовича. [7]
Динамика однокомпонентных систем имеет определенные ограничения, поскольку уравнение эволюции можно записать и в вариационной форме
и, следовательно, описывает постоянное уменьшение «свободной энергии», заданной функционалом
с потенциалом V ( u ) таким, что R ( u ) = д В ( у )/ты ? .
В системах с более чем одним стационарным однородным решением типичное решение дается движущимися фронтами, соединяющими однородные состояния. Эти решения движутся с постоянной скоростью, не меняя своей формы, и имеют вид u ( x , t ) = û ( ξ ) с ξ = x − ct , где c — скорость движущейся волны. Обратите внимание, что в то время как движущиеся волны являются в общем устойчивыми структурами, все немонотонные стационарные решения (например, локализованные области, состоящие из пары фронт-антифрон) неустойчивы. Для c = 0 существует простое доказательство этого утверждения: [8] если u 0 ( x ) — стационарное решение, а u = u 0 ( x ) + ũ ( x , t ) — бесконечно мало возмущенное решение, линейный анализ устойчивости дает уравнение
С помощью анзаца ũ = ψ ( x )exp(− λt ) приходим к задаче на собственные значения
типа Шредингера , где отрицательные собственные значения приводят к неустойчивости решения. Вследствие трансляционной инвариантности ψ = ∂ x u 0 ( x ) является нейтральной собственной функцией с собственным значением λ = 0 , а все остальные собственные функции можно отсортировать по возрастающему числу узлов, причем величина соответствующего действительного собственного значения монотонно увеличивается с числом нулей. Собственная функция ψ = ∂ x u 0 ( x ) должна иметь по крайней мере один нуль, а для немонотонного стационарного решения соответствующее собственное значение λ = 0 не может быть наименьшим, что подразумевает неустойчивость.
Чтобы определить скорость c движущегося фронта, можно перейти в движущуюся систему координат и рассмотреть стационарные решения:
Это уравнение имеет хороший механический аналог в виде движения массы D с положением û в течение «времени» ξ под действием силы R с коэффициентом затухания c, что позволяет получить довольно наглядный доступ к построению различных типов решений и определению c .
При переходе от одного к большему количеству пространственных измерений ряд утверждений из одномерных систем все еще могут быть применены. Плоские или изогнутые волновые фронты являются типичными структурами, и новый эффект возникает, когда локальная скорость изогнутого фронта становится зависимой от локального радиуса кривизны (это можно увидеть, перейдя к полярным координатам ). Это явление приводит к так называемой неустойчивости, вызванной кривизной. [9]
Двухкомпонентные уравнения реакции-диффузии
Двухкомпонентные системы допускают гораздо больший диапазон возможных явлений, чем их однокомпонентные аналоги. Важная идея, впервые предложенная Аланом Тьюрингом , заключается в том, что состояние, которое является стабильным в локальной системе, может стать нестабильным при наличии диффузии . [10]
Однако линейный анализ устойчивости показывает, что при линеаризации общей двухкомпонентной системы
стационарного однородного раствора будет удовлетворять
Идея Тьюринга может быть реализована только в четырех классах эквивалентности систем, характеризуемых знаками якобиана R ′ функции реакции. В частности, если предполагается, что конечный волновой вектор k является наиболее нестабильным, якобиан должен иметь знаки
Этот класс систем назван системой активатор-ингибитор по имени ее первого представителя: близко к основному состоянию, один компонент стимулирует производство обоих компонентов, а другой подавляет их рост. Его наиболее ярким представителем является уравнение Фицхью–Нагумо
с f ( u ) = λu − u 3 − κ , что описывает, как потенциал действия распространяется по нерву. [11] [12] Здесь d u , d v , τ , σ и λ — положительные константы.
Когда система активатор-ингибитор претерпевает изменение параметров, можно перейти от условий, при которых однородное основное состояние устойчиво, к условиям, при которых оно линейно неустойчиво. Соответствующая бифуркация может быть либо бифуркацией Хопфа в глобально осциллирующее однородное состояние с доминирующим волновым числом k = 0 , либо бифуркацией Тьюринга в глобально структурированное состояние с доминирующим конечным волновым числом. Последнее в двух пространственных измерениях обычно приводит к полосовым или гексагональным узорам.
Докритическая бифуркация Тьюринга: формирование гексагонального узора из зашумленных начальных условий в указанной выше двухкомпонентной системе реакция-диффузия типа Фицхью-Нагумо.
Зашумленные начальные условия при t = 0.
Состояние системы при t = 10.
Почти конвергентное состояние при t = 100.
Для примера Фицхью–Нагумо нейтральные кривые устойчивости, отмечающие границу линейно устойчивой области для бифуркации Тьюринга и Хопфа, задаются выражением
Если бифуркация является субкритической, часто локализованные структуры ( диссипативные солитоны ) можно наблюдать в гистерезисной области, где паттерн сосуществует с основным состоянием. Другие часто встречающиеся структуры включают импульсные последовательности (также известные как периодические бегущие волны ), спиральные волны и целевые паттерны. Эти три типа решений также являются общими чертами двух- (или более-) компонентных уравнений реакции-диффузии, в которых локальная динамика имеет устойчивый предельный цикл [13]
Другие закономерности, обнаруженные в приведенной выше двухкомпонентной реакционно-диффузионной системе типа Фицхью–Нагумо.
Уравнения реакции-диффузии с тремя и более компонентами
Для различных систем были предложены уравнения реакции-диффузии с более чем двумя компонентами, например, реакция Белоусова-Жаботинского [14] для свертывания крови [15] волн деления [16] или плоских газоразрядных систем. [17]
Известно, что системы с большим количеством компонентов допускают множество явлений, невозможных в системах с одним или двумя компонентами (например, устойчивые бегущие импульсы в более чем одном пространственном измерении без глобальной обратной связи). [18] Введение и систематический обзор возможных явлений в зависимости от свойств базовой системы даются в. [19]
Применения и универсальность
В последнее время системы реакции-диффузии привлекли большой интерес в качестве прототипной модели для формирования паттернов . [20] Вышеупомянутые паттерны (фронты, спирали, мишени, шестиугольники, полосы и диссипативные солитоны) можно найти в различных типах систем реакции-диффузии, несмотря на большие расхождения, например, в локальных терминах реакции. Также утверждалось, что процессы реакции-диффузии являются существенной основой для процессов, связанных с морфогенезом в биологии [21] [22] и могут даже быть связаны с шерстью животных и пигментацией кожи. [23] [24] Другие приложения уравнений реакции-диффузии включают экологические вторжения, [25] распространение эпидемий, [26] рост опухолей, [27] [28] [29] динамику волн деления, [30] заживление ран [31] и зрительные галлюцинации. [32] Другая причина интереса к системам реакции-диффузии заключается в том, что, хотя они и являются нелинейными уравнениями в частных производных, часто существуют возможности для аналитического рассмотрения. [8] [9] [33] [34] [35] [20]
Эксперименты
Хорошо контролируемые эксперименты в системах химической реакции-диффузии до сих пор были реализованы тремя способами. Во-первых, могут быть использованы гелевые реакторы [36] или заполненные капиллярные трубки [37] . Во-вторых, были исследованы температурные импульсы на каталитических поверхностях . [38] [39] В-третьих, распространение бегущих нервных импульсов моделируется с использованием систем реакции-диффузии. [11] [40]
Помимо этих общих примеров, оказалось, что при соответствующих обстоятельствах электрические транспортные системы, такие как плазма [41] или полупроводники [42], могут быть описаны в подходе реакции-диффузии. Для этих систем были проведены различные эксперименты по формированию паттернов.
Численные методы лечения
Система реакции-диффузии может быть решена с помощью методов численной математики . В исследовательской литературе существует несколько численных методов решения. [43] [20] [44] Также для сложных геометрий предлагаются методы численного решения. [45] [46] Для наивысшей степени детализации системы реакции-диффузии описываются с помощью инструментов моделирования на основе частиц, таких как SRSim или ReaDDy [47] , которые используют, например, обратимую динамику реакции взаимодействующих частиц. [48]
^ Колмогоров, А., Петровский, И. и Пискунов, Н. (1937) Исследование уравнения диффузии, связанного с ростом качества материи, и его применение к биологической задаче. Вестник Московского университета по математике, 1, 1-26.
^ Р. А. Фишер, Энн. Евг. 7 (1937): 355
^ Newell, Alan C.; Whitehead, JA (3 сентября 1969 г.). «Конечная полоса пропускания, конвекция с конечной амплитудой». Journal of Fluid Mechanics . 38 (2). Cambridge University Press (CUP): 279–303. Bibcode : 1969JFM....38..279N. doi : 10.1017/s0022112069000176. ISSN 0022-1120. S2CID 73620481.
^ Segel, Lee A. (14 августа 1969 г.). «Отдалённые боковые стенки вызывают медленную амплитудную модуляцию ячеичной конвекции». Journal of Fluid Mechanics . 38 (1). Cambridge University Press (CUP): 203–224. Bibcode : 1969JFM....38..203S. doi : 10.1017/s0022112069000127. ISSN 0022-1120. S2CID 122764449.
^ Я. Б. Зельдович и Д. А. Франк-Каменецкий, Acta Physicochim. 9 (1938): 341
^ BH Gilding и R. Kersner, Бегущие волны в нелинейной диффузионно-конвективной реакции, Birkhäuser (2004)
^ ab PC Fife, Математические аспекты реагирующих и диффузионных систем, Springer (1979)
^ ab А.С. Михайлов, Основы синергетики I. Распределенные активные системы, Springer (1990)
↑ Turing, AM (14 августа 1952 г.). «Химическая основа морфогенеза». Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences . 237 (641). The Royal Society: 37–72. Bibcode : 1952RSPTB.237...37T. doi : 10.1098/rstb.1952.0012 . ISSN 2054-0280.
^ ab FitzHugh, Richard (1961). «Импульсы и физиологические состояния в теоретических моделях нервной мембраны». Biophysical Journal . 1 (6). Elsevier BV: 445–466. Bibcode : 1961BpJ.....1..445F. doi : 10.1016/s0006-3495(61)86902-6 . ISSN 0006-3495. PMC 1366333. PMID 19431309 .
^ Дж. Нагумо и др., Proc. Инст. Радио Энгин. Электр. 50 (1962): 2061
^ Копелл, Н.; Ховард, Л. Н. (1973). «Плоские волновые решения уравнений реакции-диффузии». Исследования по прикладной математике . 52 (4). Wiley: 291–328. doi :10.1002/sapm1973524291. ISSN 0022-2526.
^ Ванаг, Владимир К.; Эпштейн, Ирвинг Р. (24 марта 2004 г.). "Стационарные и колебательные локализованные модели и докритические бифуркации". Physical Review Letters . 92 (12). Американское физическое общество (APS): 128301. Bibcode : 2004PhRvL..92l8301V. doi : 10.1103/physrevlett.92.128301. ISSN 0031-9007. PMID 15089714.
^ Лобанова, ES; Атауллаханов, FI (26 августа 2004 г.). «Бегущие импульсы сложной формы в модели реакции-диффузии». Physical Review Letters . 93 (9). Американское физическое общество (APS): 098303. Bibcode : 2004PhRvL..93i8303L. doi : 10.1103/physrevlett.93.098303. ISSN 0031-9007. PMID 15447151.
^ Осборн, AG; Ректенвальд, Германия; Дейнерт, MR (июнь 2012 г.). «Распространение уединенной волны деления». Хаос: междисциплинарный журнал нелинейной науки . 22 (2): 023148. Бибкод : 2012Хаос..22b3148O. дои : 10.1063/1.4729927. hdl : 2152/43281 . ISSN 1054-1500. ПМИД 22757555.
^ Х.-Г. Пурвинс и др. в: Диссипативные солитоны, Конспект лекций по физике, Под ред. Н. Ахмедиев и А. Анкевич, Springer (2005)
^ Шенк, CP; Ор-Гил, M.; Боде, M.; Пурвинс, H.-G. (12 мая 1997 г.). «Взаимодействующие импульсы в трехкомпонентных системах реакции-диффузии в двумерных доменах». Physical Review Letters . 78 (19). Американское физическое общество (APS): 3781–3784. Bibcode : 1997PhRvL..78.3781S. doi : 10.1103/physrevlett.78.3781. ISSN 0031-9007.
^ AW Liehr: Диссипативные солитоны в системах реакции-диффузии. Механизм, динамика, взаимодействие. Том 70 серии Springer по синергетике, Springer, Берлин-Гейдельберг 2013, ISBN 978-3-642-31250-2
^ abc Gupta, Ankur; Chakraborty, Saikat (январь 2009 г.). «Анализ линейной устойчивости моделей высокой и низкой размерности для описания образования структур, ограниченных смешиванием, в гомогенных автокаталитических реакторах». Chemical Engineering Journal . 145 (3): 399–411. doi :10.1016/j.cej.2008.08.025. ISSN 1385-8947.
^ LG Harrison, Кинетическая теория жизненного паттерна, Cambridge University Press (1993)
^ Дюран-Небреда, Сальва; Пла, Джорди; Видиелла, Блай; Пиньеро, Хорди; Конде-Пуэйо, Нурия; Соле, Рикар (15 января 2021 г.). «Синтетическое латеральное ингибирование периодического паттерна формирования микробных колоний». ACS Синтетическая биология . 10 (2): 277–285. doi : 10.1021/acsynbio.0c00318. ISSN 2161-5063. ПМЦ 8486170 . ПМИД 33449631.
^ Х. Мейнхардт, Модели формирования биологических паттернов, Academic Press (1982)
^ Мюррей, Джеймс Д. (9 марта 2013 г.). Математическая биология. Springer Science & Business Media. стр. 436–450. ISBN978-3-662-08539-4.
^ Холмс, EE; Льюис, MA; Бэнкс, JE; Вайт, RR (1994). «Уравнения с частными производными в экологии: пространственные взаимодействия и динамика популяций». Экология . 75 (1). Wiley: 17–29. doi :10.2307/1939378. ISSN 0012-9658. JSTOR 1939378. S2CID 85421773.
^ Мюррей, Джеймс Д.; Стэнли, EA; Браун, DL (22 ноября 1986 г.). «О пространственном распространении бешенства среди лис». Труды Лондонского королевского общества. Серия B. Биологические науки . 229 (1255). Королевское общество: 111–150. Bibcode : 1986RSPSB.229..111M. doi : 10.1098/rspb.1986.0078. ISSN 2053-9193. PMID 2880348. S2CID 129301761.
^ Chaplain, MAJ (1995). «Предварительное формирование реакции–диффузии и его потенциальная роль в инвазии опухолей». Журнал биологических систем . 03 (4). World Scientific Pub Co Pte Lt: 929–936. doi :10.1142/s0218339095000824. ISSN 0218-3390.
^ Sherratt, JA; Nowak, MA (22 июня 1992 г.). «Онкогены, антионкогены и иммунный ответ на рак: математическая модель». Труды Королевского общества B: Биологические науки . 248 (1323). Королевское общество: 261–271. doi :10.1098/rspb.1992.0071. ISSN 0962-8452. PMID 1354364. S2CID 11967813.
^ RA Gatenby и ET Gawlinski, Cancer Res. 56 (1996): 5745
^ Осборн, Эндрю Г.; Дейнерт, Марк Р. (октябрь 2021 г.). «Устойчивость, нестабильность и бифуркация Хопфа в волнах деления». Cell Reports Physical Science . 2 (10): 100588. Bibcode : 2021CRPS....200588O. doi : 10.1016/j.xcrp.2021.100588 . S2CID 240589650.
^ Sherratt, JA; Murray, JD (23 июля 1990 г.). «Модели заживления эпидермальных ран». Труды Королевского общества B: Биологические науки . 241 (1300). Королевское общество: 29–36. doi :10.1098/rspb.1990.0061. ISSN 0962-8452. PMID 1978332. S2CID 20717487.
^ «Математическая теория, объясняющая, почему люди галлюцинируют». 30 июля 2018 г.
^ П. Гриндрод, Модели и волны: теория и применение уравнений реакции-диффузии, Clarendon Press (1991)
^ Дж. Смоллер, Ударные волны и уравнения реакции диффузии, Springer (1994)
^ Б. С. Кернер и В. В. Осипов, Автосолитоны. Новый подход к проблемам самоорганизации и турбулентности, Kluwer Academic Publishers (1994)
^ Ли, Кён-Джин; Маккормик, Уильям Д.; Пирсон, Джон Э.; Суинни, Гарри Л. (1994). «Экспериментальное наблюдение самовоспроизводящихся пятен в реакционно-диффузионной системе». Nature . 369 (6477). Springer Nature: 215–218. Bibcode :1994Natur.369..215L. doi :10.1038/369215a0. ISSN 0028-0836. S2CID 4257570.
^ Hamik, Chad T; Steinbock, Oliver (6 июня 2003 г.). "Волны возбуждения в реакционно-диффузионных средах с немонотонными дисперсионными соотношениями". New Journal of Physics . 5 (1). IOP Publishing: 58. Bibcode : 2003NJPh....5...58H. doi : 10.1088/1367-2630/5/1/358 . ISSN 1367-2630.
^ Ротермунд, ХХ; Якубит, С.; фон Эртцен, А.; Эртль, Г. (10 июня 1991 г.). «Солитоны в поверхностной реакции». Physical Review Letters . 66 (23). Американское физическое общество (APS): 3083–3086. Bibcode : 1991PhRvL..66.3083R. doi : 10.1103/physrevlett.66.3083. ISSN 0031-9007. PMID 10043694.
^ Грэм, Майкл Д.; Лейн, Сэмюэл Л.; Ласс, Дэн (1993). «Динамика температурного импульса на каталитическом кольце». Журнал физической химии . 97 (29). Американское химическое общество (ACS): 7564–7571. doi :10.1021/j100131a028. ISSN 0022-3654.
^ Hodgkin, AL; Huxley, AF (28 августа 1952 г.). «Количественное описание мембранного тока и его применение к проводимости и возбуждению в нерве». The Journal of Physiology . 117 (4). Wiley: 500–544. doi : 10.1113/jphysiol.1952.sp004764 . ISSN 0022-3751. PMC 1392413. PMID 12991237 .
^ Боде, М.; Пурвинс, Х.-Г. (1995). «Формирование паттернов в системах реакции-диффузии — диссипативные солитоны в физических системах». Physica D: Nonlinear Phenomena . 86 (1–2). Elsevier BV: 53–63. Bibcode : 1995PhyD...86...53B. doi : 10.1016/0167-2789(95)00087-k. ISSN 0167-2789.
^ Э. Шёлль, Нелинейная пространственно-временная динамика и хаос в полупроводниках, Cambridge University Press (2001)
^ S.Tang et al., J.Austral.Math.Soc. Сер.Б 35 (1993): 223–243.
^ GollyGang/ready, GollyGang, 20 августа 2024 г. , получено 4 сентября 2024 г.
^ Айзексон, Сэмюэл А.; Пескин, Чарльз С. (2006). «Включение диффузии в сложных геометриях в моделирование стохастической химической кинетики». SIAM J. Sci. Comput . 28 (1): 47–74. Bibcode :2006SJSC...28...47I. CiteSeerX 10.1.1.105.2369 . doi :10.1137/040605060.
^ Линкер, Патрик (2016). «Численные методы решения уравнения реактивной диффузии в сложных геометриях». The Winnower .
^ Шёнеберг, Йоханнес; Ульрих, Александр; Ноэ, Франк (24 октября 2014 г.). «Инструменты моделирования для динамики реакции-диффузии на основе частиц в непрерывном пространстве». BMC Biophysics . 7 (1): 11. doi : 10.1186/s13628-014-0011-5 . ISSN 2046-1682. PMC 4347613 . PMID 25737778.
^ Фрёнер, Кристоф и Франк Ноэ. «Динамика обратимой реакции взаимодействующих частиц». Журнал физической химии B 122.49 (2018): 11240-11250.
Внешние ссылки
Реакция-диффузия по модели Грея-Скотта: параметризация Пирсона — визуальная карта пространства параметров реакции-диффузии Грея-Скотта.
Диссертация о закономерностях реакции-диффузии с обзором области
RD Tool: интерактивное веб-приложение для моделирования реакции-диффузии