stringtranslate.com

Мотив распознавания РНК

Типичная архитектура домена RRM с четырехцепочечным антипараллельным бета-слоем, уложенным на две альфа-спирали

Мотив распознавания РНК, RNP-1 — это предполагаемый домен связывания РНК , состоящий примерно из 90 аминокислот, которые, как известно, связывают одноцепочечные РНК. Он был обнаружен во многих эукариотических белках. [1] [2] [3]

Самая большая группа одноцепочечных РНК-связывающих белков — это семейство мотивов распознавания эукариотической РНК (RRM), содержащих консенсусную последовательность RNP-1 из восьми аминокислот. [4] [5]

Белки RRM имеют различные предпочтения и функции связывания РНК и включают гетерогенные ядерные рибонуклеопротеины ( hnRNP ), белки, участвующие в регуляции альтернативного сплайсинга (SR, U2AF2 , Sxl), белковые компоненты малых ядерных рибонуклеопротеинов (U1 и U2 snRNP ) и белки, которые регулируют стабильность и трансляцию РНК ( PABP , La, Hu). [2] [3] [5] RRM в гетеродимерном факторе сплайсинга U2 snRNP вспомогательный фактор, по-видимому, имеет два RRM-подобных домена со специализированными характеристиками для распознавания белков. [6] Мотив также появляется в нескольких одноцепочечных ДНК-связывающих белках.

Типичная RRM состоит из четырех антипараллельных бета-цепей и двух альфа-спиралей, организованных в бета-альфа-бета-бета-альфа-бета-складку с боковыми цепями, которые укладываются с основаниями РНК. Третья спираль присутствует во время связывания РНК в некоторых случаях. [7] RRM рассматривается в ряде публикаций. [8] [9] [10]

Белки человека, содержащие этот домен

A2BP1 ; ACF ; BOLL ; BRUNOL4 ; BRUNOL5; BRUNOL6; CCBL2; CGI-96; CIRBP ; CNOT4 ; CPEB2; CPEB3; CPEB4; CPSF7 ; CSTF2 ; CSTF2T ; CUGBP1 ; CUGBP2 ; D10S102; DAZ1 ; DAZ2 ; DAZ3 ; DAZ4; DAZAP1 ; DAZL ; DNAJC17; DND1; EIF3S4; EIF3S9; EIF4B ; EIF4H ; ELAVL1 ; ELAVL2 ; ELAVL3 ; ELAVL4 ; ENOX1; ENOX2 ; EWSR1 ; FUS ; FUSIP1 ; G3BP; G3BP1 ; G3BP2 ; GRSF1; ХНРНПЛ ; HNRPA0; ХНРПА1 ; ХНРПА2В1 ; HNRPA3 ; ХНРПАБ ; ХНРПК ; HNRPCL1; ХНРПД ; ХНРПДЛ ; ХНРПФ ; ХНРФ1 ; ХНРФХ2 ; HNRPH3 ; ХНРПЛ; ХНРПЛЛ; ХНРПМ; ХНРПР; HRNBP1; ХСУ53209; ХТАТСФ1 ; ИФР2ВР1 ; ИФР2ВР2 ; ИФР2ВР3 ; ПОЗП7; МКИ67ИП ; МСИ1 ; МСИ2 ; МССП-2; МТФСД; МИЭФ2 ; НЦБП2; НКЛ ; НОЛ8 ; НЕНО ; Р14; ПАБПК1 ; PABPC1L; ПАВПК3 ; ПАВПК4 ; ПАВПК5 ; ПАБПН1 ; ПОЛДИП3 ; ППАРГК1; ППАРГК1А ; ППАРГК1Б ; ППИЕ ; ППИЛ4 ; PPRC1 ; ПСПК1; ПТБП1 ; ПТБП2 ; ППУ60 ; РАЛЛИ ; РАЛИЛ ; РАВЕР1 ; РАВЕР2; РБМ10 ; РБМ11 ; РБМ12; RBM12B ; RBM14 ; RBM15 ; RBM15B; RBM16 ; RBM17 ; RBM18 ; RBM19 ; RBM22 ; RBM23 ; RBM24 ; RBM25 ; RBM26 ; RBM27 ; RBM28 ; RBM3 ; RBM32B; RBM33 ; RBM34 ; RBM35A; RBM35B; RBM38; RBM39 ; RBM4 ; RBM41 ; RBM42; RBM44; RBM45; RBM46; RBM47 ; RBM4B; RBM5 ; RBM7 ; RBM8A ; RBM9 ; RBMS1 ; RBMS2 ; RBMS3 ; RBMX ; RBMX2; RBMXL2; RBMY1A1 ; RBMY1B; RBMY1E; ​​RBMY1F; RBMY2FP; RBPMS ; RBPMS2; RDBP ; RNPC3; RNPC4; RNPS1 ; ROD1; SAFB ; SAFB2 ; SART3 ; SETD1A ; SF3B14 ; SF3B4 ; SFPQ ; SFRS1 ; SFRS10 ; SFRS11 ; SFRS12 ; SFRS15; SRSF2 ; SFRS2B; SFRS3 ; SFRS4 ; SFRS5 ; SFRS6 ; SFRS7 ; SFRS9 ; SLIRP; SLTM; SNRP70 ; SNRPA ; SNRPB2 ; SPEN ; SR140 ; ​​SRRP35; SSB ; SYNCRIP ; TAF15 ; TARDBP ; ТОС4 ; ТИА1 ; ТИАЛ1 ; ТНРК4; ТНРК6С; ТРА2А ; ТРСПАП1; ТУТ1; У1СНРНПБП; У2АФ1 ; У2АФ2 ; УХМК1 ; ЗЦРБ1; ЗНФ638 ; ЗРСР1 ; ЗРСР2 ;

Ссылки

  1. ^ Swanson MS, Dreyfuss G, Pinol-Roma S (1988). «Гетерогенные ядерные рибонуклеопротеиновые частицы и путь образования мРНК». Trends Biochem. Sci . 13 (3): 86–91. doi :10.1016/0968-0004(88)90046-1. PMID  3072706.
  2. ^ ab Keene JD, Chambers JC, Kenan D, Martin BJ (1988). «Геномная структура и домены аминокислотной последовательности человеческого аутоантигена La». J. Biol. Chem . 263 (34): 18043–51. doi : 10.1016/S0021-9258(19)81321-2 . PMID  3192525.
  3. ^ ab Davis RW, Sachs AB, Kornberg RD (1987). «Один домен поли(А)-связывающего белка дрожжей необходим и достаточен для связывания РНК и жизнеспособности клеток». Mol. Cell. Biol . 7 (9): 3268–76. doi :10.1128/mcb.7.9.3268. PMC 367964. PMID  3313012 . 
  4. ^ Bandziulis RJ, Swanson MS, Dreyfuss G (1989). «РНК-связывающие белки как регуляторы развития». Genes Dev . 3 (4): 431–437. doi : 10.1101/gad.3.4.431 . PMID  2470643.
  5. ^ ab Keene JD, Query CC, Bentley RC (1989). «Общий мотив распознавания РНК, идентифицированный в определенном домене связывания РНК U1 белка 70K U1 snRNP». Cell . 57 (1): 89–101. doi :10.1016/0092-8674(89)90175-X. PMID  2467746. S2CID  22127152.
  6. ^ Green MR, Kielkopf CL, Lucke S (2004). «Мотивы гомологии U2AF: распознавание белков в мире RRM». Genes Dev . 18 (13): 1513–1526. doi :10.1101/gad.1206204. PMC 2043112. PMID  15231733 . 
  7. ^ Kumar S, Birney E, Krainer AR (1993). «Анализ мотива распознавания РНК и доменов RS и RGG: сохранение в факторах сплайсинга пре-мРНК метазоа». Nucleic Acids Res . 21 (25): 5803–5816. doi :10.1093/nar/21.25.5803. PMC 310458. PMID  8290338 . 
  8. ^ Keene JD, Kenan DJ, Query CC (1991). «Распознавание РНК: к выявлению детерминант специфичности». Trends Biochem. Sci . 16 (6): 214–20. doi :10.1016/0968-0004(91)90088-d. PMID  1716386.
  9. ^ Аллен ФХ, Домингес К, Марис К (2005). «Мотив распознавания РНК, пластичная платформа связывания РНК для регулирования посттранскрипционной экспрессии генов». FEBS J. 272 ​​( 9): 2118–31. doi :10.1111/j.1742-4658.2005.04653.x. PMID  15853797. S2CID  46680279.
  10. ^ Теплова М, Юань ИР, Патель ДЖ, Малинина Л, Теплов А, Фан АТ, Илин С (2006). "Структурная основа распознавания и секвестрации UUU(OH) 3' концов растущих транскриптов РНК-полимеразы III La, аутоантигеном ревматического заболевания". Mol. Cell . 21 (1): 75–85. doi :10.1016/j.molcel.2005.10.027. PMC 4689297 . PMID  16387655. 

Внешние ссылки

В статье использован текст из общедоступных источников Pfam и InterPro : IPR000504