Рекомбинантный вирус может возникать естественным путем или быть получен путем рекомбинации фрагментов ДНК или РНК в лабораторных условиях .
Это может быть использовано для создания вирусных вакцин или векторов генной терапии .
Термин также используется для обозначения естественной рекомбинации между геномами вируса в клетке, инфицированной более чем одним штаммом вируса . Это происходит либо путем гомологичной рекомбинации цепей нуклеиновой кислоты , либо путем реассортации геномных сегментов. Оба эти пути, а также мутация внутри вируса, были предложены в качестве путей, по которым грипп и другие вирусы эволюционируют. Примером рекомбинантного вируса является вирус западного энцефалита лошадей (WEE), который является рекомбинантным вирусом между двумя другими близкородственными, но различными вирусами энцефалита . Кроме того, реассортация наиболее важна для вирусов пандемического гриппа.