stringtranslate.com

Родной контакт

В фолдинге белка нативный контакт — это контакт между боковыми цепями двух аминокислот , которые не соседствуют в аминокислотной последовательности (т. е. они находятся на расстоянии более четырех остатков друг от друга в первичной последовательности, чтобы удалить тривиальные контакты i-i+4 вдоль альфа-спиралей), но пространственно близки в третичной структуре нативного состояния белка . [1] [2] Доля нативных контактов, воспроизведенных в определенной структуре, часто используется в качестве координаты реакции для измерения отклонения от нативного состояния структур, полученных в ходе моделирования молекулярной динамики [3] или в бенчмарках методов прогнозирования структуры белка . [4]

Порядок контактов является мерой локальности собственных контактов белка; [5] то есть, расстояние между аминокислотами, которые образуют контакты. Считается, что белки с низким порядком контактов сворачиваются быстрее [5] [6] , и некоторые из них могут быть кандидатами на сворачивание вниз .

Ссылки

  1. ^ Taketomi, H.; Ueda, Y.; Gō, N. (1975). «Исследования сворачивания, разворачивания и флуктуаций белков с помощью компьютерного моделирования. I. Эффект определенной аминокислотной последовательности, представленный определенными межблочными взаимодействиями». International Journal of Peptide and Protein Research . 7 (6): 445–459. doi :10.1111/j.1399-3011.1975.tb02465.x. ISSN  0367-8377. PMID  1201909.
  2. ^ Демхартер, Сэмюэл (27.03.2014). "родные контакты | Oxford Protein Informatics Group" . Получено 22.01.2024 .
  3. ^ Бест, Роберт Б.; Хаммер, Герхард; Итон, Уильям А. (2013-10-29). «Нативные контакты определяют механизмы сворачивания белков в атомистических симуляциях». Труды Национальной академии наук . 110 (44): 17874–17879. Bibcode : 2013PNAS..11017874B. doi : 10.1073/pnas.1311599110 . ISSN  0027-8424. PMC 816414. PMID 24128758  . 
  4. ^ Онучич, Хосе Нельсон; Соччи, Николас Д.; Лютей-Шультен, Зайда; Волинес, Питер Г. (1996-12-01). «Воронки сворачивания белков: природа ансамбля переходных состояний». Folding and Design . 1 (6): 441–450. doi :10.1016/S1359-0278(96)00060-0. ISSN  1359-0278. PMID  9080190.
  5. ^ ab Plaxco, Kevin W; Simons, Kim T; Baker, David (1998-04-10). «Порядок контактов, размещение переходного состояния и скорости рефолдинга однодоменных белков»11 Под редакцией PE Wright. Журнал молекулярной биологии . 277 (4): 985–994. doi :10.1006/jmbi.1998.1645. ISSN  0022-2836. PMID  9545386.
  6. ^ Бонно, Ричард; Ручински, Инго; Цай, Джерри; Бейкер, Дэвид (август 2002 г.). «Контактный порядок и предсказание структуры белка ab initio». Protein Science . 11 (8): 1937–1944. doi :10.1110/ps.3790102. ISSN  0961-8368. PMC 2373674 . PMID  12142448. 


  • в
  • т
  • е