Neuroscience Information Framework — это репозиторий глобальных веб-ресурсов по нейронауке , включая экспериментальные , клинические и трансляционные базы данных по нейронауке , базы знаний, атласы и генетические / геномные ресурсы, а также предоставляет множество авторитетных ссылок по всему порталу нейронауки Википедии.
Neuroscience Information Framework (NIF) — это инициатива NIH Blueprint for Neuroscience Research, которая была создана в 2004 году Национальными институтами здравоохранения . [1]
Разработка NIF началась в 2008 году, когда Медицинская школа Калифорнийского университета в Сан-Диего получила контракт NIH на создание и поддержку «динамического перечня веб-данных, ресурсов и инструментов нейронауки, к которым ученые и студенты могут получить доступ через любой компьютер, подключенный к Интернету». [2] [3] Проект возглавляет Мэрианн Мартон, содиректор Национального центра микроскопических и визуализирующих исследований (NCMIR), части многопрофильного Центра исследований биологических систем (CRBS) со штаб-квартирой в Калифорнийском университете в Сан-Диего. Вместе с соруководителями-исследователями Джеффри С. Грете и Амарнатхом Гуптой Мартон возглавляет национальное сотрудничество, в которое входят исследователи из Йельского университета , Калифорнийского технологического института , Университета Джорджа Мейсона , Гарварда и Вашингтонского университета .
В отличие от общих поисковых систем , NIF обеспечивает гораздо более глубокий доступ к узконаправленному набору ресурсов, имеющих отношение к нейронауке, поисковым стратегиям, адаптированным к нейронауке, и доступу к контенту, который традиционно «скрыт» от поисковых систем в Интернете . NIF представляет собой динамический перечень баз данных нейронауки, аннотированный и интегрированный с единой системой биомедицинской терминологии (т. е. NeuroLex ). NIF поддерживает запросы на основе концепций в различных масштабах биологической структуры и различных уровнях биологической функции, что упрощает поиск и понимание результатов. NIF также предоставит реестр, с помощью которого поставщики ресурсов могут раскрывать доступность ресурсов, имеющих отношение к исследованиям в области нейронауки. NIF не предназначен для того, чтобы быть хранилищем или репозиторием, а является средством для раскрытия и поиска ресурсов, доступных в другом месте через Интернет .
NIFSTD или NIF Standard Ontology содержит множество терминов, синонимов и сокращений, полезных для нейронауки, а также динамические категории, такие как определенные классы клеток на основе различных свойств, таких как нейрон по нейротрансмиттеру или по роли цепи или наркотики, вызывающие зависимость, согласно Национальным институтам по борьбе со злоупотреблением наркотиками. Любой термин (с соответствующими синонимами) или динамическая категория (все термины с их синонимами) могут использоваться для одновременного запроса всех данных, которые в настоящее время индексирует NIF, пожалуйста, найдите несколько примеров ниже:
Содержимое NIF можно рассматривать как каталог (реестр NIF) и глубокий поиск в базе данных (федерация данных NIF).
Список текущих ресурсов можно найти на сайте www.neuinfo.org/registry
Идея NIF заключается в том, что, хотя научные базы данных имеют множество интерфейсов, некоторые из которых довольно сложны, должен быть единый способ их просмотра и поиска по ним. Эта идея единого поиска была распространена на сервисы, чтобы разработчики могли воспользоваться работой, проделанной в NIF, для улучшения своих собственных приложений, получая доступ ко всем данным, доступным через интерфейс NIF.
Когда данные публикуются через NIF, они также немедленно становятся доступными через веб-сервисы. Эти веб-сервисы RESTful можно рассматривать как функции программирования, которые можно встраивать в другие приложения. В настоящее время данные можно запрашивать и извлекать как XML-канал, и несколько других сайтов теперь извлекают данные NIF через сервисы, включая DOMEO и Eagle i. Разработчики могут узнать, как получить доступ к данным, просмотрев файл WADL, доступный по адресу http://neuinfo.org/developers
Ниже приведены некоторые общедоступные RESTful-сервисы, к которым могут получить доступ студенты или которые могут использовать при создании приложений:
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/annotate?content=The%20cerebellum%20is%20a%20wonderful%20thing&longestOnly=true
URL содержит текст, который вы хотите аннотировать, ввод, который является "The cerebellum is a wonderful thing". Чтобы изменить это, вы можете попробовать использовать любой другой текст. Вывод от сервиса вернет предложение с тегом SPAN, обозначающим, что он распознал термин cerebellum и это тип anatomical_structure. Термины, которые не распознаются, возвращаются без тегов span. Обратите внимание, что параметр longestOnly=true является необязательным, он означает, что будет распознан только самый длинный набор терминов, и в этом примере это не имеет значения, но в терминах, таких как нейрон гиппокампа, он вернет только один ответ.
Разработчики могут использовать теги span для получения информации о распознанном термине, поскольку идентификатор уникален и связан с определениями, синонимами, другими областями мозга и, в некоторых случаях, изображениями: для версии, удобной для чтения человеком, см.
* http://neurolex.org/wiki/Neuroscience_Information_Framework/Birnlex_1489
Для машиночитаемой версии см.
* http://nif-services.neuinfo.org/ontoquest/concepts/Birnlex_1489?get_super=true
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/vocabulary?prefix=hippocampu
В приведенном выше примере показано завершение термина для "гиппокамп", но вы можете попробовать ввести в URL любой другой набор букв. Возвращаемый сервис представляет собой набор терминов, соответствующих этой строке, включая: Гиппокамп и множество клеток гиппокампа.
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/federation/data/nlx_144509-1?q=miame
Реестр NIF является источником данных, и эта служба вернет все элементы в реестре, которые соответствуют определенному поисковому термину. В этом случае термин — miame, как в стандарте miame. Чтобы использовать эту функцию извлечения данных, вы можете ввести термины запроса в конец этого URL-адреса в дополнение к термину miame или вместо него. Это будет работать так же, как ввод ваших терминов в поле поиска здесь:
* https://neuinfo.org/mynif/search.php?q=hippocampus&t=registry
Обратите внимание: обязательно ознакомьтесь с условиями и положениями для любого источника данных. Условия и положения доступны в качестве любезности в NIF, но вы также можете проверить их у отдельных источников, которые вы хотите включить в свои приложения. Все вышеописанные данные принадлежат NIF и попадают под лицензию Creative Commons Attribution, поэтому их можно свободно распространять и делиться ими.