stringtranslate.com

Номер комиссии по ферментам

Номер Комиссии по ферментам ( номер EC ) — это числовая схема классификации ферментов , основанная на химических реакциях, которые они катализируют . [1] В системе номенклатуры ферментов каждый номер EC связан с рекомендуемым названием для соответствующей реакции, катализируемой ферментом.

Номера EC не определяют ферменты, а реакции, катализируемые ферментами. Если разные ферменты (например, из разных организмов) катализируют одну и ту же реакцию, то они получают один и тот же номер EC. [2] Кроме того, посредством конвергентной эволюции совершенно разные белковые складки могут катализировать идентичную реакцию (иногда их называют негомологичными изофункциональными ферментами ) [3] и, следовательно, им будет присвоен один и тот же номер EC. Напротив, идентификаторы UniProt однозначно определяют белок по его аминокислотной последовательности. [4]

Формат числа

Каждый код фермента состоит из букв «EC», за которыми следуют четыре цифры, разделенные точками. Эти цифры представляют собой постепенно более тонкую классификацию фермента. Существуют предварительные номера EC, в которых есть «n» как часть четвертой (порядковой) цифры (например, EC 3.5.1.n3). [2]

Например, трипептидные аминопептидазы имеют код «EC 3.4.11.4», компоненты которого указывают на следующие группы ферментов:

Коды верхнего уровня

Примечание: Номер классификации фермента отличается от «НОМЕРА ФОРМАТА».

Сходство реакции

Сходство между ферментативными реакциями можно рассчитать, используя изменения связей, реакционные центры или метрики субструктуры (ранее EC-BLAST], теперь EMBL-EBI Enzyme Portal). [6]

История

До разработки системы нумерации EC ферменты именовались произвольным образом, и такие названия, как старый желтый фермент и яблочный фермент , которые не давали практически никакого представления о том, какая реакция была катализирована, были в общем употреблении. Большинство из этих названий вышли из употребления, хотя некоторые, особенно протеолитические ферменты с очень низкой специфичностью, такие как пепсин и папаин , все еще используются, поскольку рациональная классификация на основе специфичности была очень сложной.

К 1950-м годам хаос стал невыносимым, и после того, как Хоффман-Остенхоф [7] и Диксон и Уэбб [8] предложили несколько похожих схем для классификации ферментативных реакций, Международный конгресс по биохимии в Брюсселе в 1955 году создал Комиссию по ферментам под председательством Малкольма Диксона. Первая версия была опубликована в 1961 году, и Комиссия по ферментам была распущена в то время, хотя ее название живет в термине EC Number . Текущее шестое издание, опубликованное Международным союзом биохимии и молекулярной биологии в 1992 году как последняя версия, опубликованная в виде печатной книги, содержит 3196 различных ферментов. Дополнения 1-4 были опубликованы в 1993–1999 годах. Последующие дополнения были опубликованы в электронном виде на веб-сайте Номенклатурного комитета Международного союза биохимии и молекулярной биологии. [5] В августе 2018 года IUBMB модифицировал систему, добавив категорию EC 7 высшего уровня, содержащую транслоказы. [9]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Вебб, EC (1992). Номенклатура ферментов 1992: рекомендации Номенклатурного комитета Международного союза биохимии и молекулярной биологии по номенклатуре и классификации ферментов . Academic Press. ISBN 978-0-12-227164-9.
  2. ^ ab "ENZYME (База данных номенклатуры ферментов)". ExPASy. Архивировано из оригинала 21 марта 2019 г. Получено 24 апреля 2019 г.
  3. ^ Омельченко МВ, Гальперин МЮ, Вольф ЮИ, Кунин ЕВ (2010). "Негомологичные изофункциональные ферменты: систематический анализ альтернативных решений в эволюции ферментов". Biology Direct . 5 (1): 31. doi : 10.1186/1745-6150-5-31 . PMC 2876114. PMID  20433725. 
  4. ^ Апвейлер Р., Байрох А., Ву Ч., Баркер В.К., Бекманн Б., Ферро С., Гастайгер Е., Хуан Х., Лопес Р., Магран М., Мартин М.Дж., Натале Д.А., О'Донован С., Редаски Н., Йе Л.С. (январь 2004 г.) ). «UniProt: универсальная база знаний по белкам». Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D115–9. дои : 10.1093/nar/gkh131. ПМК 308865 . ПМИД  14681372. 
  5. ^ ab Moss GP. "Рекомендации Номенклатурного комитета". Международный союз биохимии и молекулярной биологии по номенклатуре и классификации ферментов по реакциям, которые они катализируют. Архивировано из оригинала 2018-09-10 . Получено 2006-03-14 .
  6. ^ Rahman SA, Cuesta SM, Furnham N, Holliday GL, Thornton JM (февраль 2014 г.). "EC-BLAST: инструмент для автоматического поиска и сравнения ферментативных реакций". Nature Methods . 11 (2): 171–174. doi :10.1038/nmeth.2803. PMC 4122987 . PMID  24412978. 
  7. ^ Хоффман-Остенхоф, О (1953). «Предложения по более рациональной классификации и номенклатуре ферментов». Advances in Enzymology and Related Subjects of Biochemistry . 14 : 219–260. doi :10.1002/9780470122594.ch7. ISBN 9780470122594. PMID  13057718.
  8. ^ Диксон, М.; Уэбб, EC (1958). Ферменты . Лондон: Longmans Green. С. 183–227.
  9. ^ Типтон, Кит (август 2018 г.). «Новости номенклатуры ферментов: транслоказы (EC 7): новый класс EC». ExplorEnz: основной источник списка ферментов IUBMB. Архивировано из оригинала 10 сентября 2018 г. Получено 3 ноября 2018 г.

Внешние ссылки

Wikidata имеет свойство:
  • Номер фермента EC (P591) (см. применение )