Что касается транскрипции ДНК , кодирующая цепь (или информационная цепь [1] [2] ) представляет собой цепь ДНК , базовая последовательность которой идентична базовой последовательности полученного транскрипта РНК (хотя тимин заменен урацилом ). Именно эта цепь содержит кодоны , а некодирующая цепь содержит антикодоны . Во время транскрипции РНК Pol II связывается с некодирующей цепью матрицы , считывает антикодоны и транскрибирует их последовательность для синтеза транскрипта РНК с комплементарными основаниями.
По соглашению, кодирующая цепь — это цепь, используемая при отображении последовательности ДНК. Он представлен в направлении от 5’ к 3’ .
Если в молекуле ДНК присутствует ген , одна цепь является кодирующей цепью (или смысловой цепью ), а другая — некодирующей цепью (также называемой антисмысловой цепью, [3] антикодирующей цепью, матричной цепью или транскрибируемой цепью ).
Во время транскрипции РНК-полимераза раскручивает короткий участок двойной спирали ДНК вблизи начала гена (места начала транскрипции). Этот развернутый участок известен как пузырь транскрипции . РНК-полимераза, а вместе с ней и транскрипционный пузырь, перемещаются вдоль некодирующей цепи в противоположном направлении, от 3’ к 5’, а также полимеризуют вновь синтезированную цепь в направлении от 5’ к 3’ или вниз по ходу транскрипции . Двойная спираль ДНК перематывается РНК-полимеразой в задней части транскрипционного пузыря. [3] Подобно тому, как работают две соседние молнии, когда они сдвинуты вместе, они расстегиваются и застегиваются снова, двигаясь в определенном направлении. Различные факторы могут вызвать разрыв двухцепочечной ДНК; таким образом, переупорядочивают гены или вызывают гибель клеток. [4]
Там, где спираль раскручена, кодирующая цепь состоит из неспаренных оснований, а матричная цепь состоит из композита РНК:ДНК, за которым следует ряд неспаренных оснований сзади. Этот гибрид состоит из последних добавленных нуклеотидов транскрипта РНК, комплементарных оснований, связанных с цепью матрицы. Количество пар оснований в гибриде исследуется, но было высказано предположение, что гибрид образуется из последних 10 добавленных нуклеотидов. [5]