Квалификация на Кубок африканских наций 1996 года проходила в 7 группах по 6 команд в каждой, и 2 лучшие команды из каждой группы выходили на турнир. Нигерия и Южная Африка квалифицировались автоматически, как чемпионы и хозяева соответственно. Квалификация началась в сентябре 1994 года и закончилась в июле 1995 года.
Лесото снялось после 6 матчей (1 победа, 5 поражений); Их результаты были аннулированы. Свазиленд снялся, не сыграв ни одного матча.
Гвинея-Бисау снялась с турнира после 3 матчей (1 ничья, 2 поражения); их результаты были аннулированы.
Гамбия и Нигер снялись после 5 матчей каждая; их результаты были аннулированы. Центральноафриканская Республика снялась, не сыграв ни одного матча.
Матч завершился со счетом 2–0 в пользу Алжира после протеста в CAF .
Южная Африка снялась с квалификации (сыграла 3 матча) после того, как получила право на проведение. Их заменила Кения, которая позже снялась.
Мадагаскар снялся после одного матча (проиграл Южной Африке). Сейшельские острова снялись до начала матча. Все результаты снятых команд были аннулированы.
Награжденные права хостинга
Бенин, Кабо-Верде и Экваториальная Гвинея отказались от участия в турнире, не сыграв ни одного матча.
* Нигерия снялась с турнира до начала финала. Гвинее , как лучшей команде, не прошедшей квалификацию, было предложено место Нигерии в финале, но она отказалась из-за нехватки времени на подготовку.