Обратная полимеразная цепная реакция ( обратная ПЦР ) — это вариант полимеразной цепной реакции , который используется для амплификации ДНК только с одной известной последовательностью. Одним из ограничений обычной ПЦР является то, что она требует праймеров, комплементарных обоим концам целевой ДНК, но этот метод позволяет проводить ПЦР, даже если доступна только одна последовательность, из которой можно сконструировать праймеры.
Обратная ПЦР особенно полезна для определения мест вставки . Например, различные ретровирусы и транспозоны случайным образом интегрируются в геномную ДНК . [1] Чтобы определить сайты, куда они вошли, известные «внутренние» вирусные или транспозонные последовательности могут быть использованы для разработки праймеров, которые будут амплифицировать небольшую часть фланкирующей «внешней» геномной ДНК. Затем амплифицированный продукт может быть секвенирован и сравнен с базами данных ДНК, чтобы найти последовательность, которая была нарушена.
Метод обратной ПЦР включает серию рестрикционных расщеплений и лигирования , что приводит к образованию петлевого фрагмента, который может быть использован для ПЦР из одного участка известной последовательности. Затем, как и в других процессах полимеразной цепной реакции, ДНК амплифицируется термостабильной ДНК-полимеразой :
Наконец, последовательность секвенированного продукта ПЦР сравнивается с базами данных последовательностей. Используется в случае сканирования хромосом.
