Полиморфизм длин амплифицированных фрагментов ( AFLP-PCR или AFLP ) — это инструмент на основе ПЦР, используемый в генетических исследованиях, дактилоскопии ДНК и в практике генной инженерии . Разработанный в начале 1990 - х годов компанией KeyGene, [1] AFLP использует ферменты рестрикции для расщепления геномной ДНК с последующим лигированием адаптеров к липким концам рестрикционных фрагментов . Затем подмножество рестрикционных фрагментов отбирается для амплификации. Этот отбор достигается за счет использования праймеров, комплементарных адаптерной последовательности, последовательности сайта рестрикции и нескольких нуклеотидов внутри фрагментов сайта рестрикции (как подробно описано ниже). Амплифицированные фрагменты разделяют и визуализируют при денатурации с помощью электрофореза в агарозном геле либо с помощью авторадиографии , либо методом флуоресценции , либо с помощью автоматических инструментов капиллярного секвенирования.
Хотя AFLP не следует использовать в качестве аббревиатуры, его обычно называют «полиморфизмом длины амплифицированного фрагмента». Однако полученные данные оцениваются не как полиморфизмы длины, а как полиморфизмы присутствия-отсутствия. [2]
AFLP -PCR — высокочувствительный метод обнаружения полиморфизмов ДНК . Этот метод был первоначально описан Восом и Забо в 1993 году. [3] [2] Подробно процедура этого метода разделена на три этапа:
Технология AFLP позволяет одновременно обнаруживать различные полиморфизмы в разных регионах генома. Он также очень чувствителен и воспроизводим. В результате AFLP стал широко использоваться для идентификации генетических вариаций штаммов или близкородственных видов растений, грибов, животных и бактерий. Технология AFLP использовалась в криминальных тестах и тестах на отцовство, а также для определения небольших различий внутри популяций, а также в исследованиях сцепления для создания карт для анализа локуса количественных признаков (QTL).
У AFLP есть много преимуществ по сравнению с другими маркерными технологиями, включая случайно амплифицированную полиморфную ДНК ( RAPD ), полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (RFLP) и микросателлиты . AFLP не только имеет более высокую воспроизводимость, разрешение и чувствительность на уровне всего генома по сравнению с другими методами [4] , но также обладает способностью амплифицировать от 50 до 100 фрагментов одновременно. Кроме того, для амплификации не требуется никакой предварительной информации о последовательности (Meudt & Clarke 2007). [5] В результате AFLP стал чрезвычайно полезным при изучении таксонов, включая бактерии, грибы и растения, где многое еще неизвестно о геномном составе различных организмов.
Технология AFLP защищена патентами и патентными заявками компании Keygene NV. AFLP является зарегистрированной торговой маркой компании Keygene NV.
Программное обеспечение для анализа данных AFLP
Бесплатное ПО для анализа данных AFLP
Онлайн-программы для моделирования AFLP-PCR