Кубок Митропы 1968–69 был 29-м сезоном футбольного клубного турнира Митропы. Его выиграл «Интер Братислава» , который обыграл «Скло Унион Теплице» в двухматчевом финале со счетом 4–1 по сумме двух матчей.
