Раунд чемпионата Лиги чемпионов КОНКАКАФ 2008–09 начался 24 февраля 2009 года. Жеребьевка раунда чемпионата состоялась 10 декабря 2008 года. В каждом раунде команды сыграют со своим соперником один раз дома и один раз на выезде. Четыре победителя групп группового этапа сыграют ответные матчи четвертьфинала дома. Порядок проведения домашних и выездных матчей полуфиналов и финала был определен жеребьевкой.
Во всех раундах, если после обоих матчей две команды имеют равное количество голов , победителем становится команда, забившая наибольшее количество голов на выезде . Если обе команды также имеют равное количество голов на выезде, то играются два пятнадцатиминутных тайма дополнительного времени . Если после дополнительного времени обе команды по-прежнему имеют одинаковое количество голов, победитель определяется в серии пенальти .
Первые матчи четвертьфинала были сыграны с 24 по 26 февраля 2009 года, а ответные - с 3 по 5 марта 2009 года.
«Атланте» выиграл со счетом 4–1 по сумме двух матчей.
Островитяне Пуэрто-Рико выиграли по сумме двух матчей со счетом 3–1.
Круз Азул выиграл по сумме двух матчей со счетом 2:0.
Сантос Лагуна выиграл по сумме двух матчей со счетом 5–4.
Первые матчи полуфинала были сыграны 17 и 18 марта 2009 года, а ответные - 7 и 8 апреля 2009 года.
3–3 по сумме двух матчей. Круз Азул выиграл по пенальти со счетом 4–2.
«Атланте» выиграл со счетом 4–3 по сумме двух матчей.
Двухматчевый финал был сыгран 22 апреля и 12 мая 2009 года. Ответный матч первоначально был запланирован на 29 апреля, но был отложен КОНКАКАФ до 12 мая из-за опасений по поводу вспышки свиного гриппа в Мексике.
«Атланте» выиграл со счетом 2:0 по сумме двух матчей.