stringtranslate.com

Псевдомонадоты

Pseudomonadota (синоним Proteobacteria ) — это основной тип грамотрицательных бактерий . [10] В настоящее время они считаются преобладающим типом в области бактерий. [11] В природе они встречаются как патогенные и свободноживущие (непаразитарные ) роды. [11] Тип включает шесть классов Acidithiobacillia , Alphaproteobacteria , Betaproteobacteria , Gammaproteobacteria , Hydrogenophilia и Zetaproteobacteria . [11] Pseudomonadota очень разнообразны и различаются по морфологии , метаболическим процессам, значимости для человека и экологическому влиянию. [11]

Классификация

Американский микробиолог Карл Вёзе создал эту группу в 1987 году, неофициально назвав ее «фиолетовые бактерии и их родственники». [12] Позднее группа была официально названа «Proteobacteria» в честь греческого бога Протея, который, как известно, принимал множество форм. [13] В 2021 году Международный комитет по систематике прокариот обозначил синоним Pseudomonadota и переименовал многие другие типы прокариот. [1] Это переименование нескольких типов прокариот в 2021 году, включая Pseudomonadota, остается спорным среди микробиологов, многие из которых продолжают использовать более раннее название Proteobacteria, давно устоявшееся в литературе. [14] Тип Pseudomonadota охватывает классы Acidithiobacillia, Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Hydrogenophilia и Zetaproteobacteria. [11] Тип включает в себя широкий спектр патогенных родов, таких как Escherichia , Salmonella , Vibrio , Yersinia , Legionella и многие другие. [15] Другие являются свободноживущими (непаразитарными ) и включают в себя многие бактерии, ответственные за фиксацию азота . [16]

Ранее тип Pseudomonadota включал два дополнительных класса, а именно Deltaproteobacteria и Oligoflexia . Однако дальнейшее исследование филогении этих таксонов посредством анализа геномных маркеров продемонстрировало их отделение от типа Pseudomonadota. [17] Deltaproteobacteria была идентифицирована как разнообразная таксономическая единица, что привело к предложению о ее реклассификации в отдельные типы: Desulfobacterota (включая Thermodesulfobacteria ), Myxococcota и Bdellovibrionota (включая Oligoflexia ). [17]

Класс Epsilonproteobacteria был дополнительно идентифицирован в пределах типа Pseudomonadota. Этот класс характеризуется своей значимостью в качестве хемолитотрофных первичных производителей и своей метаболической мощью в экосистемах глубоководных гидротермальных источников . [18] Примечательные патогенные роды в пределах этого класса включают Campylobacter , Helicobacter и Arcobacter . Анализ топологии филогенетического дерева и генетических маркеров выявил прямое расхождение Epsilonproteobacteria с типом Pseudomonadota. [18] Ограниченные данные по внешней группе и низкие значения бутстрепа подтверждают эти открытия. Несмотря на дальнейшие исследования, консенсус относительно монофилетической природы Epsilonproteobacteria в пределах Proteobacteria не был достигнут , что побудило исследователей предложить его таксономическое отделение от типа. Предлагаемая реклассификация названия Epsilonproteobacteria — Campylobacterota . [18]

Таксономия

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих постоянное место в номенклатуре (LSPN) [19] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). [20]

Группа Pseudomonadota определяется на основе секвенирования рибосомной РНК (рРНК) и делится на несколько подклассов. Эти подклассы считались таковыми в течение многих лет, но теперь рассматриваются как различные классы филума. Эти классы являются монофилетическими . [21] [22] [23] Род Acidithiobacillus , часть Gammaproteobacteria, пока он не был переведен в класс Acidithiobacillia в 2013 году, [2] ранее считался парафилетическим по отношению к Betaproteobacteria согласно исследованиям по выравниванию геномов . [24] В 2017 году Betaproteobacteria подверглись серьезным ревизиям, и был создан класс Hydrogenophilalia , включающий порядок Hydrogenophilales [4]

Классы Pseudomonadota с валидно опубликованными названиями включают некоторые известные роды: [25] например:

Характеристики

Pseudomonadota — разнообразная группа. Хотя некоторые виды могут окрашиваться в лабораторных условиях как грамположительные или грамвариабельные, номинально они являются грамотрицательными . Их уникальная внешняя мембрана в основном состоит из липополисахаридов , что помогает отличить их от грамположительных видов. [32] Большинство Pseudomonadota подвижны и передвигаются с помощью жгутиков. Многие передвигаются с помощью жгутиков , но некоторые неподвижны или полагаются на бактериальное скольжение . [33]

Pseudomonadota имеют широкий спектр типов метаболизма . Большинство из них являются факультативными или облигатными анаэробами , хемолитоавтотрофами и гетеротрофами , хотя существуют многочисленные исключения. Различные отдаленно родственные роды в пределах Pseudomonadota получают свою энергию из света посредством обычного фотосинтеза или аноксигенного фотосинтеза . [33]

Acidithiobacillia содержат только автотрофы , окисляющие серу, железо и уран . Типовой порядок — Acidithiobacillaceae , включающий пять различных видов Acidithiobacillus , используемых в горнодобывающей промышленности. В частности, эти микробы помогают в процессе биовыщелачивания , который включает микробов, помогающих в извлечении металлов из отходов горнодобывающей промышленности, которые обычные методы извлечения не могут удалить. [34]

Некоторые альфапротеобактерии могут расти при очень низком уровне питательных веществ и иметь необычную морфологию в течение своего жизненного цикла. Некоторые образуют стебли, чтобы помочь с колонизацией, и образуют почки во время деления клеток. Другие включают сельскохозяйственно важные бактерии, способные вызывать фиксацию азота в симбиозе с растениями. Типовой порядок - Caulobacterales , включающий стеблеобразующие бактерии, такие как Caulobacter . [35] Митохондрии эукариот, как полагают, являются потомками альфапротеобактерий. [36]

Betaproteobacteria очень разнообразны в плане метаболизма и содержат хемолитоавтотрофы, фотоавтотрофы и гетеротрофы общего профиля . Типовой порядок — Burkholderiales , включающий огромный диапазон метаболического разнообразия, включая условно-патогенные микроорганизмы . Эти микроорганизмы являются первичными как для людей, так и для животных, например, патоген лошадей Burkholderia mallei и Burkholderia cepacia , вызывающий инфекции репаративного тракта у людей с муковисцидозом. [37]

Gammaproteobacteria являются одним из крупнейших классов с точки зрения родов, содержащим около 250 валидно опубликованных названий. [24] Типовой порядок - Pseudomonadales , который включает роды Pseudomonas и азотфиксирующий Azotobacter , наряду со многими другими. Помимо того , что это хорошо известный патогенный род, Pseudomonas также способен к биодеградации определенных материалов, таких как целлюлоза. [35]

Hydrogenophilalia — термофильные хемогетеротрофы и автотрофы. [38] Бактерии обычно используют водородный газ в качестве донора электронов, но также могут использовать восстановленные серные соединения. Благодаря этой способности ученые начали использовать определенные виды Hydrogenophilalia для удаления сульфидов, загрязняющих промышленные сточные воды. Типовой порядок — Hydrogenophilaceae , который содержит роды Thiobacillus, Petrobacter, Sulfuricella, Hydrogenophilus и Tepidiphilus . В настоящее время ни один из членов этого класса не был идентифицирован как патогенный. [39]

Zetaproteobacteria — это окисляющие железо нейтрофильные хемолитоавтотрофы , распространенные по всему миру в эстуариях и морских местообитаниях. [ 33] Эта группа так успешна в своей среде благодаря своей микроаэрофильной природе. Поскольку им требуется меньше кислорода, чем присутствует в атмосфере, они способны конкурировать с абиотическим окислением железа (II), которое уже происходит в окружающей среде. [40] Единственный подтвержденный тип порядка для этого класса — Mariprofundaceae , который не содержит никаких известных патогенных видов. [41]

Трансформация

Трансформация , процесс, при котором генетический материал переходит от одной бактерии к другой, [42] была зарегистрирована по крайней мере у 30 видов Pseudomonadota, распределенных по классам альфа, бета и гамма. [43] Наиболее изученными Pseudomonadota в отношении естественной генетической трансформации являются важные с медицинской точки зрения патогены человека Neisseria gonorrhoeae (класс бета) и Haemophilus influenzae (класс гамма). [44] Естественная генетическая трансформация представляет собой половой процесс, включающий перенос ДНК из одной бактериальной клетки в другую через промежуточную среду и интеграцию донорской последовательности в геном реципиента. У патогенных Pseudomonadota трансформация, по-видимому, служит процессом восстановления ДНК , который защищает ДНК патогена от атаки фагоцитарной защиты их хозяина, которая использует окислительные свободные радикалы . [44]

Место обитания

Из-за отличительной природы каждого из шести классов Pseudomonadota этот тип занимает множество мест обитания. К ним относятся:

Значение

Здоровье человека

Исследования показали, что Pseudomonadota является важным признаком заболевания желудочно -кишечного тракта человека (ЖКТ), выступая в качестве маркера нестабильности микробиоты. [10] Микробиом кишечника человека в основном состоит из четырех типов: Firmicutes , Bacteroidetes , Actinobacteria и Pseudomonadota. [10] Колонизация кишечника микроорганизмами динамична от рождения до смерти, со стабилизацией в первые несколько лет жизни, более высоким разнообразием у взрослых и сниженным разнообразием у пожилых людей. [10] Микробиом кишечника осуществляет такие процессы, как синтез питательных веществ, химический метаболизм и формирование кишечного барьера. [10] Кроме того, микробиом кишечника облегчает взаимодействие хозяина с окружающей средой посредством регуляции всасывания питательных веществ и потребления бактерий. В исследованиях по секвенированию 16s рРНК и метагенома протеобактерии были идентифицированы как бактерии, которые вызывают эндотоксемию (воспалительную реакцию кишечника) и метаболические нарушения в желудочно-кишечном тракте человека. [10] Другое исследование, проведенное Майклом и соавторами, показало корреляцию микробного состава у детей с неалкогольной жировой болезнью печени (НАЖБП) и без нее, при этом у пациентов с НАЖБП наблюдается более высокая численность гамма-протеобактерий, чем у пациентов без этого заболевания. [50]

Классы Betaproteobacteria и Gammaproteobacteria распространены в полости рта человека и являются маркерами хорошего здоровья полости рта. [45] Микробиом полости рта состоит из 11 мест обитания, включая спинку языка, твердое небо , миндалины, горло, слюну и многое другое. [51] Изменения в микробиоме полости рта обусловлены эндогенными и экзогенными факторами, такими как образ жизни хозяина, генотип , окружающая среда, иммунная система и социально-экономический статус. [51] Рассматривая диету как фактор, высокое содержание насыщенных жирных кислот (SAF), достигаемое за счет неправильного питания, коррелирует с увеличением численности Betaproteobacteria в полости рта. [51]

Экономическая ценность

Бактерии Pseudomonadota имеют симбиотическую или мутуалистическую связь с корнями растений, примером чего являются корневища растений картофеля. [52] Благодаря этим симбиотическим отношениям фермеры имеют возможность увеличивать урожайность своих культур. [52] Более здоровые корневые системы могут привести к лучшему усвоению питательных веществ, улучшенному удержанию воды, повышенной устойчивости к болезням и вредителям и, в конечном итоге, к более высокой урожайности с акра. [53] Увеличение сельскохозяйственного производства может стимулировать экономический рост, способствовать продовольственной безопасности и привести к созданию рабочих мест в сельских районах. [54]

Как кратко упоминалось в предыдущих разделах, представители Pseudomonadota обладают обширными метаболическими способностями, которые позволяют им использовать и производить различные соединения. Биовыщелачивание , осуществляемое различными видами Thiobacillus , является основным примером этого. [55] Любые виды, окисляющие железо и серу, имеют потенциал для обнаружения металлов и низкосортных руд, которые не могут быть извлечены с помощью обычных методов добычи. В настоящее время они чаще всего используются для извлечения меди и урана, но исследователи стремятся расширить эту область в будущем. Недостатком этого метода является то, что бактерии производят кислотные побочные продукты, которые в конечном итоге попадают в кислотный дренаж шахты . Биовыщелачивание имеет значительные экономические перспективы, если его можно контролировать и не наносить никакого дальнейшего вреда окружающей среде. [34]

Экологическое воздействие

Pseudomonadota — это микробы, обычно встречающиеся в почвенных системах. [52] Микробы играют важную роль в окружающей экосистеме, выполняя такие функции, как круговорот питательных веществ , фиксация углекислого газа, разложение и фиксация азота. [56] Pseudomonadota можно описать как фототрофы , гетеротрофы и литотрофы . Как гетеротрофы (примеры Pseudomonas и Xanthomonas ), эти бактерии эффективны в расщеплении органического вещества, способствуя круговороту питательных веществ. [56] Кроме того, фотолитотрофы внутри типа способны выполнять фотосинтез, используя сульфид или элементарную серу в качестве доноров электронов , что позволяет им участвовать в фиксации углерода и производстве кислорода даже в анаэробных условиях. [56] Эти бактерии Pseudomonadota также считаются копиотрофными организмами, то есть их можно найти в средах с высокой доступностью питательных веществ. [56] Эти среды имеют обильные источники углерода и других питательных веществ, среды, такие как плодородные почвы, компост и сточные воды. Эти копиотрофные бактерии способны улучшать здоровье почвы, выполняя круговорот питательных веществ и разложение отходов. [56]

Поскольку этот тип способен формировать симбиотические отношения с корнями растений, включение Pseudomonadota в сельскохозяйственную практику соответствует принципам устойчивого земледелия . [57] [52] Эти бактерии способствуют здоровью и плодородию почвы, способствуют естественной борьбе с вредителями и повышают устойчивость сельскохозяйственных культур к экологическим стрессорам. [57]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab Oren A, Garrity GM (октябрь 2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987. S2CID  239887308.
  2. ^ abc Williams KP, Kelly DP (август 2013 г.). «Предложение о новом классе в пределах типа Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., с типовым порядком Acidithiobacillales и исправленным описанием класса Gammaproteobacteria». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 63 (ч. 8): 2901–2906. doi :10.1099/ijs.0.049270-0. PMID  23334881. S2CID  39777860.
  3. ^ Garrity GM, Bell JA, Lilburn T (2005). "Класс I. Класс Alphaproteobacteria . nov.". В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (ред.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . Том 2 (Proteobacteria), Часть C (The Alpha-, Beta-, Delta- и Epsilonproteobacteria) (2-е изд.). Springer. стр. 1. doi :10.1002/9781118960608.cbm00041. ISBN 978-1-118-96060-8.
  4. ^ abc Boden R, Hutt LP, Rae AW (май 2017 г.). «Реклассификация Thiobacillus aquaesulis (Wood & Kelly, 1995) как Annwoodia aquaesulis gen. nov., comb. nov., перенос Thiobacillus (Beijerinck, 1904) из Hydrogenophilales в Nitrosomonadales, предложение класса Hydrogenophilalia. nov. в пределах «Proteobacteria» и четыре новых семейства в пределах порядков Nitrosomonadales и Rhodocyclales». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 67 (5): 1191–1205. doi : 10.1099/ijsem.0.001927 . hdl : 10026.1/8740 . PMID  28581923.
  5. ^ Emerson D, Rentz JA, Lilburn TG, Davis RE, Aldrich H, Chan C и др. (август 2007 г.). «Новая линия протеобактерий, участвующих в формировании сообществ морских железоокисляющих микробных матов». PLOS ONE . 2 (7): e667. Bibcode : 2007PLoSO...2..667E. doi : 10.1371/journal.pone.0000667 . PMC 1930151. PMID  17668050 . 
  6. ^ Stackebrandt E, Murray RG, Trüper HG (1988). «Proteobacteria classis nov., название филогенетического таксона, включающего «фиолетовые бактерии и их родственников»». Международный журнал систематической бактериологии . 38 (3): 321–325. doi : 10.1099/00207713-38-3-321 .
  7. ^ ab Gray JP, Herwig RP (ноябрь 1996 г.). «Филогенетический анализ бактериальных сообществ в морских отложениях». Applied and Environmental Microbiology . 62 (11): 4049–4059. Bibcode : 1996ApEnM..62.4049G. doi : 10.1128/aem.62.11.4049-4059.1996. PMC 168226. PMID  8899989 . 
  8. ^ Garrity GM, Bell JA, Lilburn T (2005). "Phylum XIV. Proteobacteria phyl. nov.". В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (ред.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . Том 2 (Proteobacteria), Часть B (Gammaproteobacteria) (2-е изд.). Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer. стр. 1.
  9. ^ Кавальер-Смит Т. (январь 2002 г.). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (ч. 1): 7–76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID  11837318.
  10. ^ abcdefg Риццатти Дж., Лопетузо Л.Р., Гибиино Дж., Бинда С., Гасбаррини А. (2017). «Протеобактерии: общий фактор заболеваний человека». БиоМед Исследования Интернэшнл . 2017 : 9351507. doi : 10.1155/2017/9351507 . ПМЦ 5688358 . ПМИД  29230419. 
  11. ^ abcdefghij Керстерс К., Де Вос П., Гиллис М., Свингс Дж., Вандамм П., Стакебрандт Э. (2006). «Знакомство с протеобактериями». Дворкин М., Фальков С., Розенберг Э., Шлейфер К.Х. (ред.). Прокариоты. Том. 5: Протеобактерии: альфа- и бета-подклассы. Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Спрингер. стр. 3–37. дои : 10.1007/0-387-30745-1_1. ISBN 978-0-387-30745-9. Получено 2024-04-12 .
  12. ^ Woese CR (июнь 1987). «Бактериальная эволюция». Microbiological Reviews . 51 (2): 221–271. doi : 10.1128 /MMBR.51.2.221-271.1987. PMC 373105. PMID  2439888. 
  13. ^ Moon CD, Young W, Maclean PH, Cookson AL, Bermingham EN (октябрь 2018 г.). «Метагеномное понимание роли протеобактерий в желудочно-кишечном микробиоме здоровых собак и кошек». MicrobiologyOpen . 7 (5): e00677. doi :10.1002/mbo3.677. PMC 6182564. PMID  29911322 . 
  14. ^ Робицки Д. (4 января 2022 г.). «Недавно переименованные типы прокариот вызвали переполох». The Scientist .
  15. ^ Slonczewski JL, Foster JW, Foster E (2020). Микробиология: развивающаяся наука (5-е изд.). WW Norton & Company.
  16. ^ Sah S, Krishnani S, Singh R (декабрь 2021 г.). «Пищевые и стимулирующие рост мероприятия, опосредованные Pseudomonas, для обеспечения устойчивой продовольственной безопасности». Current Research in Microbial Sciences . 2 : 100084. doi : 10.1016/j.crmicr.2021.100084. PMC 8645841. PMID  34917993 . 
  17. ^ ab Waite DW, Chuvochina M, Pelikan C, Parks DH, Yilmaz P, Wagner M и др. (ноябрь 2020 г.). «Предложение о реклассификации классов протеобактерий Deltaproteobacteria и Oligoflexia, а также типа Thermodesulfobacteria в четыре типа, отражающих основные функциональные возможности». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5972–6016. doi : 10.1099/ijsem.0.004213 . PMID  33151140.
  18. ^ abc Waite DW, Vanwonterghem I, Rinke C, Parks DH, Zhang Y, Takai K и др. (2017). "Сравнительный геномный анализ класса Epsilonproteobacteria и предлагаемая реклассификация в Epsilonbacteraeota (phyl. nov.)". Frontiers in Microbiology . 8 : 682. doi : 10.3389/fmicb.2017.00682 . PMC 5401914. PMID  28484436. 
  19. ^ Euzéby JP. "Pseudomonadota". Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре (LPSN) . Получено 20.03.2016 .
  20. ^ Sayers. "Proteobacteria". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 20.03.2016 .
  21. ^ Криг NR, Бреннер DJ, Стэйли JT (2005). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том 2: Протеобактерии. Springer. ISBN 978-0-387-95040-2.
  22. ^ Ciccarelli FD, Doerks T, von Mering C, Creevey CJ, Snel B, Bork P (март 2006 г.). «К автоматической реконструкции высокоразрешенного дерева жизни». Science . 311 (5765): 1283–1287. Bibcode :2006Sci...311.1283C. CiteSeerX 10.1.1.381.9514 . doi :10.1126/science.1123061. PMID  16513982. S2CID  1615592. 
  23. ^ Yarza P, Ludwig W, Euzéby J, Amann R, Schleifer KH, Glöckner FO и др. (октябрь 2010 г.). «Обновление проекта All-Species Living Tree на основе анализа последовательностей рРНК 16S и 23S». Systematic and Applied Microbiology . 33 (6): 291–299. Bibcode : 2010SyApM..33..291Y. doi : 10.1016/j.syapm.2010.08.001. PMID  20817437.
  24. ^ ab Williams KP, Gillespie JJ, Sobral BW, Nordberg EK, Snyder EE, Shallom JM и др. (май 2010 г.). «Филогения гаммапротеобактерий». Журнал бактериологии . 192 (9): 2305–2314. doi :10.1128/JB.01480-09. PMC 2863478. PMID  20207755 . 
  25. ^ "Интерактивное древо жизни". Гейдельберг, Германия: Европейская лаборатория молекулярной биологии . Архивировано из оригинала 2022-02-23 . Получено 2022-02-23 .
  26. ^ "Проект All-Species Living Tree (LTP)" . Получено 2021-02-23 .
  27. ^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 2021-02-23 .
  28. ^ "LTP_12_2021 Release Notes" (PDF) . Получено 2021-02-23 .
  29. ^ "GTDB release 08-RS214". База данных таксономии генома . Получено 10.05.2023 .
  30. ^ "bac120_r214.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10.05.2023 .
  31. ^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10.05.2023 .
  32. ^ Silhavy TJ, Kahne D, Walker S (1 мая 2010 г.). «Бактериальная клеточная оболочка». Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 2 (5): a000414. doi :10.1101/cshperspect.a000414. ISSN  1943-0264. PMC 2857177. PMID 20452953  . 
  33. ^ abc "Pseudomonadota Garrity et al., 2021". www.gbif.org . Получено 2024-04-18 .
  34. ^ ab Kelly DP, Wood AP (2014), Rosenberg E, DeLong EF, Lory S, Stackebrandt E (ред.), "Семейство Acidithiobacillaceae", The Prokaryotes: Gammaproteobacteria , Berlin, Heidelberg: Springer, стр. 15–25, doi :10.1007/978-3-642-38922-1_250, ISBN 978-3-642-38922-1, получено 2024-04-18
  35. ^ ab Bandopadhyay S, Shade A (2024), «Почвенные бактерии и археи», Soil Microbiology, Ecology and Biochemistry , Elsevier, стр. 41–74, doi : 10.1016/b978-0-12-822941-5.00003-x, ISBN 978-0-12-822941-5, получено 2024-04-18
  36. ^ Roger AJ, Muñoz-Gómez SA, Kamikawa R (ноябрь 2017 г.). «Происхождение и диверсификация митохондрий». Current Biology . 27 (21): R1177–R1192. Bibcode : 2017CBio...27R1177R. doi : 10.1016/j.cub.2017.09.015 . ISSN  0960-9822. PMID  29112874.
  37. ^ Coenye T (2014), Rosenberg E, DeLong EF, Lory S, Stackebrandt E (ред.), «Семейство Burkholderiaceae», The Prokaryotes: Alphaproteobacteria и Betaproteobacteria , Берлин, Гейдельберг: Springer, стр. 759–776, doi :10.1007/978-3-642-30197-1_239, ISBN 978-3-642-30197-1, получено 2024-04-18
  38. ^ Wakai S, Masanari M, Ikeda T, Yamaguchi N, Ueshima S, Watanabe K и др. (апрель 2013 г.). «Окислительное фосфорилирование у термофильного, факультативного хемоавтотрофа, Hydrogenophilus thermoluteolus, обитающего преимущественно в геотермальных нишах». Environmental Microbiology Reports . 5 (2): 235–242. Bibcode : 2013EnvMR...5..235W. doi : 10.1111/1758-2229.12005. ISSN  1758-2229. PMID  23584967.
  39. ^ Orlygsson J, Kristjansson JK (2014), Rosenberg E, DeLong EF, Lory S, Stackebrandt E (ред.), «Семейство Hydrogenophilaceae», The Prokaryotes: Alphaproteobacteria и Betaproteobacteria , Берлин, Гейдельберг: Springer, стр. 859–868, doi :10.1007/978-3-642-30197-1_244, ISBN 978-3-642-30197-1, получено 2024-04-18
  40. ^ McAllister SM, Moore RM, Gartman A, Luther GW, Emerson D, Chan CS (2019). "The Fe(II)-oxidizing Zetaproteobacteria: Historical, environmental and genomic perspectives". FEMS Microbiology Ecology . 95 (4). doi :10.1093/femsec/fiz015. PMC 6443915 . PMID  30715272 . Получено 2024-04-18 . 
  41. ^ Moreira AP, Meirelles PM, Thompson F (2014), Rosenberg E, DeLong EF, Lory S, Stackebrandt E (ред.), «Семейство Mariprofundaceae», The Prokaryotes: Deltaproteobacteria и Epsilonproteobacteria , Берлин, Гейдельберг: Springer, стр. 403–413, doi :10.1007/978-3-642-39044-9_378, ISBN 978-3-642-39044-9, получено 2024-04-18
  42. ^ Johnston C, Martin B, Fichant G, Polard P, Claverys JP (март 2014 г.). «Бактериальная трансформация: распределение, общие механизмы и дивергентный контроль». Nature Reviews. Microbiology . 12 (3): 181–196. doi :10.1038/nrmicro3199. PMID  24509783. S2CID  23559881.
  43. ^ Johnsborg O, Eldholm V, Håvarstein LS (декабрь 2007 г.). «Естественная генетическая трансформация: распространенность, механизмы и функция». Исследования в области микробиологии . 158 (10): 767–778. doi : 10.1016/j.resmic.2007.09.004 . PMID  17997281.
  44. ^ ab Michod RE, Bernstein H, Nedelcu AM (май 2008 г.). «Адаптивное значение пола у микробных патогенов». Инфекция, генетика и эволюция . 8 (3): 267–285. Bibcode :2008InfGE...8..267M. doi :10.1016/j.meegid.2008.01.002. PMID  18295550.
  45. ^ аб Леан I, де Карвалью ТБ, Энрикеш В, Феррейра С, Сампайо-Майя Б, Манайя СМ (февраль 2023 г.). «Псевдомонадота в полости рта: взгляд на связь между окружающей средой и человеком». Прикладная микробиология и биотехнология . 107 (2–3): 517–534. doi : 10.1007/s00253-022-12333-y. ПМЦ 9842593 . ПМИД  36567346. 
  46. ^ Williams KP, Kelly DP (август 2013 г.). «Предложение о новом классе в пределах типа Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., с типовым порядком Acidithiobacillales и исправленным описанием класса Gammaproteobacteria». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 63 (ч. 8): 2901–2906. doi :10.1099/ijs.0.049270-0. PMID  23334881.
  47. ^ ab Boden R, Hutt LP, Rae AW (май 2017 г.). «Реклассификация Thiobacillus aquaesulis (Wood & Kelly, 1995) как Annwoodia aquaesulis gen. nov., comb. nov., перенос Thiobacillus (Beijerinck, 1904) из Hydrogenophilales в Nitrosomonadales, предложение Hydrogenophilalia class. nov. в пределах «Proteobacteria» и четыре новых семейства в пределах порядков Nitrosomonadales и Rhodocyclales». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 67 (5): 1191–1205. doi :10.1099/ijsem.0.001927. hdl : 10026.1/8740 . PMID  28581923.
  48. ^ Emerson D, Rentz JA, Lilburn TG, Davis RE, Aldrich H, Chan C и др. (август 2007 г.). «Новая линия протеобактерий, участвующих в формировании сообществ морских железоокисляющих микробных матов». PLOS ONE . 2 (7): e667. Bibcode : 2007PLoSO...2..667E. doi : 10.1371/journal.pone.0000667 . PMC 1930151. PMID  17668050 . 
  49. ^ García-Serquén AL, Chumbe-Nolasco LD, Navarrete AA, Girón-Aguilar RC, Gutiérrez-Reynoso DL (17 февраля 2024 г.). «Традиционные системы обработки картофеля в перуанских Андах влияют на бактериальное разнообразие, равномерность, состав сообщества и функции в микробиомах почвы». Scientific Reports . 14 (1): 3963. Bibcode :2024NatSR..14.3963G. doi :10.1038/s41598-024-54652-2. ISSN  2045-2322. PMC 10874408 . PMID  38368478. 
  50. ^ Michail S, Lin M, Frey MR, Fanter R, Paliy O, Hilbush B и др. (февраль 2015 г.). «Измененная микробная энергия и метаболизм кишечника у детей с неалкогольной жировой болезнью печени». FEMS Microbiology Ecology . 91 (2): 1–9. doi : 10.1093/femsec/fiu002 . PMC 4358749. PMID  25764541 . 
  51. ^ abc Цзя Г, Чжи А, Лай ПФ, Ван Г, Ся Ю, Сюн Z и др. (март 2018 г.). «Микробиота полости рта - механистическая роль системных заболеваний». Британский стоматологический журнал . 224 (6): 447–455. дои : 10.1038/sj.bdj.2018.217 . ПМИД  29569607.
  52. ^ abcd García-Serquén AL, Chumbe-Nolasco LD, Navarrete AA, Girón-Aguilar RC, Gutiérrez-Reynoso DL (17 февраля 2024 г.). «Традиционные системы обработки картофеля в перуанских Андах влияют на бактериальное разнообразие, равномерность, состав сообщества и функции в микробиомах почвы». Scientific Reports . 14 (1): 3963. Bibcode :2024NatSR..14.3963G. doi :10.1038/s41598-024-54652-2. ISSN  2045-2322. PMC 10874408 . PMID  38368478. 
  53. ^ Hartman K, Schmid MW, Bodenhausen N, Bender SF, Valzano-Held AY, Schlaeppi K и др. (31 июля 2023 г.). «Симбиотический след в микробиоме корня растения». Environmental Microbiome . 18 (1): 65. Bibcode : 2023EMicb..18...65H. doi : 10.1186/s40793-023-00521-w . ISSN  2524-6372. PMC 10391997. PMID 37525294  . 
  54. ^ Мозумдар Л., Мозумдар Л. (2012). «Производительность сельского хозяйства и продовольственная безопасность в развивающихся странах». Bangladesh Journal of Agricultural Economics . 35. doi :10.22004/AG.ECON.196764.
  55. ^ Бозекер К (июль 1997 г.). «Биовыщелачивание: солюбилизация металлов микроорганизмами». FEMS Microbiology Reviews . 20 (3–4): 591–604. doi :10.1111/j.1574-6976.1997.tb00340.x.
  56. ^ abcde Гупта А., Гупта Р., Сингх Р.Л. (2017), Сингх Р.Л. (ред.), «Микробы и окружающая среда», Принципы и применение экологической биотехнологии для устойчивого будущего , Сингапур: Springer Singapore: 43–84, doi :10.1007/978-981-10-1866-4_3, ISBN 978-981-10-1865-7, ЧМЦ  7189961
  57. ^ ab Mapelli F, Mengoni A, Riva V, Borin S (январь 2023 г.). «Бактериальное культивирование имеет решающее значение для стимулирования устойчивого сельского хозяйства». Trends in Microbiology . 31 (1): 1–4. doi :10.1016/j.tim.2022.10.005. hdl : 2434/945499 .

Внешние ссылки

Wikispecies содержит информацию, связанную с Pseudomonadota .