Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens
Протокадгерин 11 X-связанный , также известный как PCDH11X , представляет собой белок , который у людей кодируется геном PCDH11X . [5] [6]
Функция
Этот ген принадлежит к семейству генов протокадгерина , подсемейству суперсемейства кадгерина . Кодируемый белок состоит из внеклеточного домена, содержащего 7 повторов кадгерина, трансмембранного домена и цитоплазматического хвоста, который отличается от таковых у классических кадгеринов. Ген расположен в главном блоке гомологии X/Y, а его гомолог Y ( PCDH11Y ), несмотря на расхождение, приводящее к изменениям кодирующей области, является наиболее тесно связанным членом семейства кадгерина. Считается, что белок играет фундаментальную роль в межклеточном распознавании, необходимом для сегментарного развития и функционирования центральной нервной системы . Нейрональное самоизбегание неразрывно связано с активностью протокадгерина . Он также играет роль в структурном межклеточном сцеплении. Транскрипты, возникающие в результате альтернативного сплайсинга, кодируют изоформы с вариабельными цитоплазматическими доменами. [5]
Клиническое значение
В исследовании ассоциаций по всему геному ген PCDH11X был связан как фактор риска позднего начала болезни Альцгеймера [7] , но другие исследования на разных популяциях [8] [9] [10] [11] не смогли подтвердить первоначальную связь. Клиническое значение этого гена неясно, и ген может играть разные роли в разных контекстах, специфичных для разных популяций.
Ссылки
- ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000102290 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000034755 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ ab "Ген Entrez: протокадгерин 11 PCDH11X, связанный с Х-хромосомой".
- ^ Yoshida K, Sugano S (декабрь 1999). «Идентификация нового гена протокадгерина (PCDH11) в области гомологии XY человека в Xq21.3». Genomics . 62 (3): 540–3. doi :10.1006/geno.1999.6042. PMID 10644456.
- ^ Carrasquillo MM, Zou F, Pankratz VS, Wilcox SL, Ma L, Walker LP, Younkin SG, Younkin CS, Younkin LH, Bisceglio GD, Ertekin-Taner N, Crook JE, Dickson DW, Petersen RC, Graff-Radford NR, Younkin SG (февраль 2009 г.). «Генетическая изменчивость PCDH11X связана с восприимчивостью к позднему началу болезни Альцгеймера». Nat. Genet . 41 (2): 192–8. doi :10.1038/ng.305. PMC 2873177. PMID 19136949 .
- ^ Лескаи Ф, Пираццини С, Д'Агостино Г, Санторо А, Гидони Р, Бенусси Л, Галимберти Д, Федерика Е, Маркеджиани Ф, Карделли М, Оливьери Ф, Накмиас Б, Сорби С, Баньоли С, Тальявини Ф, Альбани Д , Мартинелли Бонески Ф, Бинетти Дж, Форлони Дж, Квадри П, Скарпини Э, Франчески С (2010). «Неспособность воспроизвести ассоциацию SNP rs5984894 с геном PCDH11X в коллекции из 1222 пациентов, страдающих болезнью Альцгеймера». Дж. Альцгеймерс Дис . 21 (2): 385–8. дои : 10.3233/JAD-2010-091516. ПМИД 20555150.
- ^ Beecham GW, Naj AC, Gilbert JR, Haines JL, Buxbaum JD, Pericak-Vance MA (декабрь 2010 г.). «Изменение PCDH11X не связано с восприимчивостью к позднему началу болезни Альцгеймера». Psychiatr. Genet . 20 (6): 321–4. doi :10.1097/YPG.0b013e32833b635d. PMC 2964434. PMID 20523261 .
- ^ Wu ZC, Yu JT, Wang ND, Yu NN, Zhang Q, Chen W, Zhang W, Zhu QX, Tan L (октябрь 2010 г.). «Отсутствие связи между генетической вариацией PCDH11X и болезнью Альцгеймера с поздним началом в популяции китайцев-хань». Brain Res . 1357 : 152–6. doi :10.1016/j.brainres.2010.08.008. PMID 20707987. S2CID 12500978.
- ^ Миар А, Альварес В, Корао А.И., Алонсо Б, Диас М, Менендес М, Мартинес С, Калатаюд М, Морис Г, Кото Э (2011). «Отсутствие связи между полиморфизмом протокадгерина 11-X/Y (PCDH11X и PCDH11Y) и болезнью Альцгеймера с поздним началом» (PDF) . Исследования мозга . 1383 (1383): 252–6. doi :10.1016/j.brainres.2011.01.054. PMID 21276771. S2CID 6154815.
Дальнейшее чтение
- Яги Т., Такеичи М. (2000). «Гены суперсемейства кадгеринов: функции, геномная организация и неврологическое разнообразие». Genes Dev . 14 (10): 1169–80. doi : 10.1101/gad.14.10.1169 . PMID 10817752. S2CID 44844497.
- Nollet F, Kools P, van Roy F (2000). «Филогенетический анализ суперсемейства кадгеринов позволяет идентифицировать шесть основных подсемейств, помимо нескольких отдельных членов». J. Mol. Biol . 299 (3): 551–72. doi :10.1006/jmbi.2000.3777. PMID 10835267.
- Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY и др. (1996). «Метод «двойного адаптера» для улучшенного построения библиотеки дробовика». Anal. Biochem . 236 (1): 107–13. doi :10.1006/abio.1996.0138. PMID 8619474.
- Yu W, Andersson B, Worley KC и др. (1997). «Крупномасштабное конкатенационное секвенирование ДНК». Genome Res . 7 (4): 353–8. doi :10.1101/gr.7.4.353. PMC 139146. PMID 9110174 .
- Ёсида К, Сугано С (2000). «Идентификация нового гена протокадгерина (PCDH11) в области гомологии XY человека в Xq21.3». Геномика . 62 (3): 540–3. doi :10.1006/geno.1999.6042. PMID 10644456.
- Wu Q, Maniatis T (2000). «Большие экзоны, кодирующие множественные эктодомены, являются характерной чертой генов протокадгерина». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 97 (7): 3124–9. doi : 10.1073/pnas.060027397 . PMC 16203 . PMID 10716726.
- Нагасе Т., Кикуно Р., Ишикава КИ и др. (2000). «Предсказание кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XVI. Полные последовательности 150 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». DNA Res . 7 (1): 65–73. doi : 10.1093/dnares/7.1.65 . PMID 10718198.
- Blanco P, Sargent CA, Boucher CA и др. (2000). «Сохранение PCDHX у млекопитающих; экспрессия человеческих генов X/Y преимущественно в мозге». Mamm. Genome . 11 (10): 906–14. doi :10.1007/s003350010177. PMID 11003707. S2CID 6227270.
- Skaletsky H, Kuroda-Kawaguchi T, Minx PJ и др. (2003). «Мужской регион человеческой Y-хромосомы представляет собой мозаику дискретных классов последовательностей». Nature . 423 (6942): 825–37. Bibcode :2003Natur.423..825S. doi : 10.1038/nature01722 . PMID 12815422. S2CID 4415259.
- Агате Р. Дж., Чое М., Арнольд А. П. (2004). «Различия пола в структуре и экспрессии генов половой хромосомы CHD1Z и CHD1W у зебровых амадинов». Mol. Biol. Evol . 21 (2): 384–96. doi : 10.1093/molbev/msh027 . PMID 14660691.
- Blanco-Arias P, Sargent CA, Affara NA (2004). «Гены протокадгерина X (PCDHX) и Y (PCDHY); множественные изоформы мРНК, кодирующие вариантные сигнальные пептиды и цитоплазматические домены». Mamm. Genome . 15 (1): 41–52. doi :10.1007/s00335-003-3028-7. PMID 14727141. S2CID 11097495.
- Ross MT, Grafham DV, Coffey AJ, et al. (2005). «Последовательность ДНК человеческой X-хромосомы». Nature . 434 (7031): 325–37. Bibcode :2005Natur.434..325R. doi :10.1038/nature03440. PMC 2665286 . PMID 15772651.
- Wilson ND, Ross LJ, Crow TJ, Volpi EV (2006). «PCDH11 является гомологом X/Y у Homo sapiens, но не у Gorilla gorilla и Pan troglodytes». Cytogenet. Genome Res . 114 (2): 137–9. doi :10.1159/000093329. PMID 16825765. S2CID 29735274.
- Williams NA, Close JP, Giouzeli M, Crow TJ (2006). «Ускоренная эволюция Protocadherin11X/Y: пара генов-кандидатов для церебральной асимметрии и языка». American Journal of Medical Genetics Часть B. 141B ( 6): 623–633. doi : 10.1002/ajmg.b.30357. PMID 16874762. S2CID 36556093.