stringtranslate.com

Протокатехоат 3,4-диоксигеназа

В энзимологии протокатехоат 3,4-диоксигеназа ( КФ 1.13.11.3) — это фермент , катализирующий химическую реакцию

3,4-дигидроксибензоат + O 2 3-карбокси-цис,цис-муконат

Таким образом, двумя субстратами этого фермента являются 3,4-дигидроксибензоат ( протокатеховая кислота ) и O2 , тогда как его продуктом является 3-карбокси-цис,цис-муконат .

Этот фермент принадлежит к семейству оксидоредуктаз , в частности, тех, которые действуют на одиночных донорах с O 2 в качестве окислителя и включают два атома кислорода в субстрат (оксигеназы). Систематическое название этого класса ферментов — протокатехоат: кислород 3,4-оксидоредуктаза (дециклизирующая) . Другие общеупотребительные названия включают протокатехоатоксигеназу , оксидазу протокатеховой кислоты , протокатехоевую 3,4-диоксигеназу и протокатехоевую 3,4-оксигеназу . Этот фермент участвует в деградации бензоата посредством гидроксилирования и деградации 2,4-дихлорбензоата. Он использует один кофакторжелезо .

Этот фермент оказался эффективным для улучшения стабильности органических флуорофоров в экспериментах с отдельными молекулами. [1] Коммерческие препараты фермента, выделенные из Pseudomonas spp., обычно требуют дальнейшей очистки для удаления сильной загрязняющей нуклеазной активности.

Структурные исследования

По состоянию на конец 2007 года для этого класса ферментов было решено 37 структур с кодами доступа PDB 1EO2, 1EO9, 1EOA, 1EOB, 1EOC, 1YKK, 1YKL, 1YKM, 1YKN, 1YKO, 1YKP, 2BUM, 2BUQ, 2BUR, 2BUT, 2BUU, 2BUV, 2BUW, 2BUX, 2BUY, 2BUZ, 2BV0, 2PCD, 3PCA, 3PCB, 3PCC, 3PCD, 3PCE, 3PCF, 3PCG, 3PCH, 3PCI, 3PCJ, 3PCK, 3PCL, 3PCM и 3PCN.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Aitken CE, Marshall RA, Puglisi JD (2008). «Система удаления кислорода для улучшения стабильности красителя в экспериментах по флуоресценции одиночных молекул». Biophys. J . 94 (5): 1826–1835. Bibcode :2008BpJ....94.1826A. doi :10.1529/biophysj.107.117689. PMC  2242739 . PMID  17921203.