Прямые повторы — это тип генетической последовательности, которая состоит из двух или более повторов определенной последовательности. [1] Другими словами, прямые повторы — это нуклеотидные последовательности, присутствующие в геноме в нескольких копиях . Как правило, прямой повтор происходит, когда последовательность повторяется с тем же шаблоном ниже по течению. [1] С прямым повтором не связано никакой инверсии [ необходимо разъяснение ] и никакого обратного комплемента . Он может иметь или не иметь промежуточные нуклеотиды. Нуклеотидная последовательность, выделенная жирным шрифтом, обозначает повторяющуюся последовательность.
- 5´ TTACG nnnnnnTTACG 3´
- 3´ AATGC nnnnnnAATGC 5´
С точки зрения лингвистики типичный прямой повтор можно сравнить со словами «пока-пока». [1]
Типы
Существует несколько типов повторяющихся последовательностей:
- Рассеянные (или рассеянные) повторы ДНК (рассеянные повторяющиеся последовательности) представляют собой копии мобильных элементов, разбросанные по всему геному.
- Фланкирующие (или терминальные) повторы (концевые повторы последовательностей) — это последовательности, которые повторяются на обоих концах последовательности, например, длинные терминальные повторы (LTR) на ретровирусах . Прямые терминальные повторы имеют одинаковое направление, а инвертированные терминальные повторы имеют противоположное направление.
- Тандемные повторы (последовательности тандемных повторов) — это повторяющиеся копии, которые лежат рядом друг с другом. Это могут быть также прямые или инвертированные повторы . [ необходима цитата ] Гены рибосомальной РНК и транспортной РНК относятся к классу среднеповторяющихся ДНК.
Микросателлитная ДНК
Тракт повторяющейся ДНК , в котором мотив из нескольких пар оснований тандемно повторяется много раз (например, от 5 до 50 раз), называется микросателлитной ДНК. Таким образом, прямые повторные тандемные последовательности являются формой микросателлитной ДНК. Процесс исправления несоответствий ДНК играет важную роль в формировании прямых расширений тринуклеотидных повторов. [2] Такие повторные расширения лежат в основе нескольких неврологических и развивающих расстройств у людей. [2]
Гомологичная рекомбинация
В непосредственно повторяющихся последовательностях генома растения табака двухцепочечные разрывы ДНК могут быть эффективно восстановлены путем гомологичной рекомбинации между повторяющимися последовательностями. [3]
Смотрите также
Ссылки
- ^ abc Ussery, David W.; Wassenaar, Trudy; Borini, Stefano (2009). "Word Frequencies and Repeats §Word Frequencies, Repeats, and Repeat-related Structures in Bacterial Genomes". Computing for Comparative Microbial Genomics: Bioinformatics for Microbiologists . Computational Biology. Vol. 8 (1 ed.). Springer. pp. 133–144. doi :10.1007/978-1-84800-255-5_8. ISBN 978-1-84800-254-8.
- ^ ab Richard, GF (2021). "Поразительная роль исправления несоответствий в расширении тринуклеотидных повторов". Cells . 10 (5): 1019. doi : 10.3390/cells10051019 . PMC 8145212 . PMID 33925919.
- ^ Siebert R, Puchta H (май 2002). «Эффективное восстановление геномных двухцепочечных разрывов путем гомологичной рекомбинации между непосредственно повторяющимися последовательностями в геноме растения». Plant Cell . 14 (5): 1121–31. doi :10.1105/tpc.001727. PMC 150611 . PMID 12034901.
