Рецептор частиц распознавания сигналов

Рецептор частицы распознавания сигнала (SRP) , также называемый стыковочным белком , представляет собой димер , состоящий из двух различных субъединиц, которые связаны исключительно с шероховатым ЭР в клетках млекопитающих . Его основная функция – идентификация подразделений SRP . SRP (частица распознавания сигнала) — молекула , которая помогает комплексам рибосома -мРНК- полипептид расположиться на мембране эндоплазматического ретикулума .

Эукариотический рецептор SRP (называемый SR) представляет собой гетеродимер SR-альфа (70 кДа; SRPRA) и SR-бета (25 кДа; SRPRB ), оба из которых содержат GTP-связывающий домен ^[2] , тогда как прокариотический рецептор SRP содержит только мономерный слабосвязанный с мембраной гомолог SR-альфа FtsY ( P10121 ).

SRX-домен

SR-альфа регулирует доставку полипептидных комплексов SRP-рибосома в транслокон . ^[3] SR-альфа связывается с субъединицей SRP54 комплекса SRP. Субъединица SR-бета представляет собой трансмембранную ГТФазу, которая прикрепляет субъединицу SR-альфа (периферическая мембранная ГТФаза) к мембране ЭР. ^[4] SR-бета взаимодействует с N-концевым SRX-доменом SR-альфа, которого нет в бактериальном гомологе FtsY. SR-бета также участвует в рекрутировании образующегося SRP полипептида в белок-проводящий канал.

Семейство SRX представляет собой эукариотические гомологи альфа-субъединицы рецептора SR. Члены этой записи состоят из центрального шестицепочечного антипараллельного бета-листа, зажатого спиралью альфа1 с одной стороны и спиралями альфа2-альфа4 с другой. Они взаимодействуют с малой ГТФазой SR-бета, образуя комплекс, который соответствует классу малых комплексов G-белок-эффектор, включая Rap-Raf, Ras-PI3K(гамма), Ras-RalGDS и Arl2-PDE(дельта). ^[2] На C-конце SR-альфа и FtsY находится домен NG, аналогичный SRP54.

Домен NG

Рецептор связывается с SPR54/Ffh с помощью «домена NG», комбинации домена «N» из 4 спиральных пучков ( InterPro :  IPR013822 ) и домена GTPase «G» ( InterPro :  IPR000897 ), общих для обоих белков. Связанная структура представляет собой квазисимметричный гетеродимер, называемый нацеливающим комплексом. ^[5]

Частица распознавания сигнала (SRP)

Частица распознавания сигнала ( SRP) представляет собой мультимерный белок, который вместе со своим конъюгатным рецептором (SR) участвует в нацеливании секреторных белков на мембрану шероховатой эндоплазматической сети (RER) у эукариот или на плазматическую мембрану у прокариот. ^{[6] [7]} SRP распознает сигнальную последовательность рождающегося полипептида на рибосоме, замедляет его элонгацию и пристыковывает комплекс SRP-рибосома-полипептид к мембране RER через рецептор SR. SRP состоит из шести полипептидов (SRP9, SRP14, SRP19, SRP54, SRP68 и SRP72) и одной молекулы 7S РНК из 300 нуклеотидов. Компонент РНК катализирует взаимодействие SRP с его SR-рецептором. ^[8] У высших эукариот комплекс SRP состоит из домена Alu и домена S, связанных РНК SRP. Домен Alu состоит из гетеродимера SRP9 и SRP14, связанного с 5'- и 3'-концевыми последовательностями РНК SRP. Этот домен необходим для замедления удлинения образующейся полипептидной цепи, что дает SRP время для стыковки рибосомно-полипептидного комплекса с мембраной RER.

Рекомендации

1. Шварц Т., Блобель Г. (март 2003 г.). «Структурная основа функции бета-субъединицы рецептора частиц распознавания эукариотических сигналов». Клетка . 112 (6): 793–803. дои : 10.1016/S0092-8674(03)00161-2 . ПМИД  12654246.
2. Блобель Г., Шварц Т. (2003). «Структурная основа функции бета-субъединицы рецептора частиц распознавания эукариотических сигналов». Клетка . 112 (6): 793–803. дои : 10.1016/S0092-8674(03)00161-2 . ПМИД  12654246.
3. Эндрюс Д.В., Легат КР, Фальконе Д. (2000). «Нуклеотид-зависимое связывание GTPase-домена бета-субъединицы рецептора частицы распознавания сигнала с альфа-субъединицей». Ж. Биол. Хим . 275 (35): 27439–46. дои : 10.1074/jbc.M003215200 . ПМИД  10859309.
4. Уолтер П., Миллер Дж.Д., Тадзима С., Лауффер Л. (1995). «Бета-субъединица рецептора частиц, распознающих сигнал, представляет собой трансмембранную ГТФазу, которая прикрепляет альфа-субъединицу, периферическую мембранную ГТФазу, к мембране эндоплазматического ретикулума». Дж. Клеточная Биол . 128 (3): 273–282. дои : 10.1083/jcb.128.3.273. ПМК 2120348 . ПМИД  7844142. 
5. Уайлд, Клеменс; Беккер, Матиас ММ; Кемпф, Георг; Синнинг, Ирмгард (18 декабря 2019 г.). «Структура, динамика и взаимодействие крупных вариантов SRP». Биологическая химия . 401 (1): 63–80. дои : 10.1515/hsz-2019-0282 . ПМИД  31408431.
6. Страуд Р.М., Уолтер П., Рутенбер Э., Рейес К.Л. (2007). Чжан С. (ред.). «Рентгеновские структуры рецептора частиц, распознающих сигнал, выявляют промежуточные соединения цикла нацеливания». ПЛОС ОДИН . 2 (7): е607. Бибкод : 2007PLoSO...2..607R. дои : 10.1371/journal.pone.0000607 . ПМК 1904258 . ПМИД  17622352. 
7. Добберштейн Б., Хай С., Ромиш К., Миллер Ф.В. (2006). «Человеческие аутоантитела против белка 54 кДа, блокирующего частицы распознавания сигнала, функционируют на нескольких стадиях». Исследования и терапия артрита . 8 (2): Р39. дои : 10.1186/ar1895 . ПМК 1526608 . ПМИД  16469117. 
8. Уолтер П., Брэдшоу Н. (2007). «РНК частицы распознавания сигнала (SRP) связывает конформационные изменения в SRP с нацеливанием на белок». Мол. Биол. Клетка . 18 (7): 2728–2734. doi :10.1091/mbc.E07-02-0117. ЧВК 1924838 . ПМИД  17507650. 

В эту статью включен текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR015284.