SAM-V рибосвитч является пятым известным рибосвитчем , связывающим S-аденозилметионин (SAM). Впервые он был обнаружен в морской бактерии Candidatus Pelagibacter ubique и также может быть найден в морских метагеномах . [1] SAM-V имеет схожую консенсусную последовательность и вторичную структуру , как и сайт связывания рибосвитча SAM-II , но биоинформатическое сканирование кластеризует два аптамера независимо. Эти схожие связывающие карманы предполагают, что два рибосвитча претерпели конвергентную эволюцию . [2]
Связывание SAM было подтверждено с помощью равновесного диализа . Рибосвитч был охарактеризован как «тандемный рибосвитч» — он способен регулировать как трансляцию, так и транскрипцию . Когда SAM присутствует в высокой концентрации, SAM-II свяжет свой лиганд и сформирует терминаторный стебель, чтобы остановить транскрипцию. Если SAM существует в более низких концентрациях, SAM-V будет транскрибироваться, и если концентрация SAM затем увеличится, он может связать SAM и закрыть последовательность Шайна-Дальгарно открытой рамки считывания ниже по течению . Эта регуляция контролирует части метаболизма серы морских бактерий . [2]
Кристаллическая структура рибосвитча была решена (PDB 6FZ0). Она содержит псевдоузел . [3]
Смотрите также
Ссылки
- ^ Мейер ММ, Эймс ТД, Смит ДП и др. (2009). «Идентификация структурированных РНК-кандидатов в морском организме 'Candidatus Pelagibacter ubique'». BMC Genomics . 10 : 268. doi : 10.1186/1471-2164-10-268 . PMC 2704228. PMID 19531245 .
- ^ ab Poiata E, Meyer MM, Ames TD, Breaker RR (ноябрь 2009 г.). «Вариант класса рибосвитч-аптамеров для S-аденозилметионина, распространенного у морских бактерий». РНК . 15 (11): 2046–2056. doi :10.1261/rna.1824209. PMC 2764483 . PMID 19776155.
- ^ Хуан, Линь; Лилли, Дэвид МДж (27 июля 2018 г.). «Структура и связывание лигандов рибосвитча SAM-V». Nucleic Acids Research . 46 (13): 6869–6879. doi :10.1093/nar/gky520. ISSN 0305-1048. PMC 6061858. PMID 29931337 .
Дальнейшее чтение
- Казанов МД, Витрещак АГ, Гельфанд МС (2007). «Распространенность и функциональное разнообразие рибопереключателей в микробных сообществах». BMC Genomics . 8 : 347. doi : 10.1186/1471-2164-8-347 . PMC 2211319 . PMID 17908319.
- Zhu Y, Pulukkunat DK, Li Y (2007). «Расшифровка структурного разнообразия РНК и систематической филогении из микробных метагеномов». Nucleic Acids Res . 35 (7): 2283–2294. doi :10.1093/nar/gkm057. PMC 1874661. PMID 17389640 .
- Winkler WC, Breaker RR (2005). «Регуляция экспрессии бактериальных генов рибопереключателями». Annu. Rev. Microbiol . 59 : 487–517. doi :10.1146/annurev.micro.59.030804.121336. PMID 16153177.
- Mandal M, Lee M, Barrick JE и др. (октябрь 2004 г.). «Глицинзависимый рибопереключатель, который использует кооперативное связывание для управления экспрессией генов». Science . 306 (5694): 275–279. Bibcode :2004Sci...306..275M. doi :10.1126/science.1100829. PMID 15472076. S2CID 14311773.
- Yooseph S, Sutton G, Rusch DB и др. (март 2007 г.). «Глобальная экспедиция по отбору проб океана Sorcerer II: расширение вселенной семейств белков». PLOS Biol . 5 (3): e16. doi : 10.1371/journal.pbio.0050016 . PMC 1821046. PMID 17355171 .
Внешние ссылки
- Страница для SAM-V рибосвитча на Rfam
