Риботипирование — это молекулярный метод идентификации и характеристики бактерий, который использует информацию из филогенетического анализа на основе рРНК. [1] Это быстрый и специфичный метод, широко используемый в клинической диагностике и анализе микробных сообществ в продуктах питания, воде и напитках. [1]
Все бактерии имеют рибосомные гены , но точная последовательность уникальна для каждого вида, выступая в качестве генетического отпечатка. Таким образом, секвенирование конкретного гена 16S и сравнение его с базой данных даст идентификацию конкретного вида. [2]
Риботипирование включает в себя переваривание бактериальной геномной ДНК специфическими рестриктазами . Каждый рестриктаз разрезает ДНК в определенной последовательности нуклеотидов, в результате чего получаются фрагменты разной длины. [3]
Затем эти фрагменты подвергаются гель-электрофорезу , где они разделяются по размеру: приложение электрического поля к гелю, в котором они суспендированы, вызывает перемещение фрагментов ДНК (все они отрицательно заряжены из-за наличия фосфатных групп) через матрицу к положительно заряженному концу поля. Маленькие фрагменты легче и быстрее перемещаются через матрицу, достигая большего расстояния от исходного положения, чем более крупные фрагменты.
После разделения в гелевой матрице фрагменты ДНК перемещаются на нейлоновые мембраны и гибридизуются с меченым зондом 16S или 23S рРНК. Таким образом, визуализируются и могут быть проанализированы только фрагменты, кодирующие такую рРНК. [4] Затем образец оцифровывается и используется для определения происхождения ДНК путем сравнения с референтными организмами в компьютерной базе данных. [1]
Концептуально риботипирование похоже на зондирование рестрикционных фрагментов хромосомной ДНК с помощью клонированных зондов (случайно клонированных зондов или зондов, полученных из определенной кодирующей последовательности, такой как последовательность фактора вирулентности ) [5] .