Balıkesirspor был основан 6 июня 1966 года и начал соревноваться во Второй турецкой футбольной лиге в сезоне 1967–68. 20 августа 1967 года он сыграл свой первый официальный матч против Malatyaspor и выиграл со счетом 3–1. Кадир Гюрсой забил первый гол клуба в том матче. Клуб выиграл свой первый титул в сезоне 1974–75 под руководством Рыдвана Кёсемихала и перешел в Первую турецкую футбольную лигу , высший уровень турецкого футбола. Несмотря на то, что в первой половине сезона Balıkesirspor был 4-м, свой первый сезон в высшем дивизионе Balıkesirspor закончил на последнем месте и был переведен во Вторую лигу.
После участия во Второй лиге в течение 10 сезонов подряд клуб был переведен в Третью лигу , третий уровень турецкого футбола в то время. В сезоне 1991–92 Balıkesirspor получил повышение, заняв первое место в группе 7 Третьей лиги.
Менеджеры
Селахаддин Динчел (15 июня 2010 г. - 6 декабря 2010 г.)
Месут Дилсёз (10 января 2011 г. - 9 декабря 2012 г.)