Мейстрилига 2006 года — 16-й сезон Мейстрилиги , высшей футбольной лиги Эстонии. Левадия выиграла свой четвертый титул.
FC Levadia выиграл чемпионат Meistriliiga 2006 года и вышел в 1-й квалификационный раунд Лиги чемпионов УЕФА 2007/08. Narva Trans закончил на лучшей в своей истории позиции серебряного призера, в то время как FC Flora также поднялся на место по сравнению с прошлым сезоном после разочаровывающего года чемпионов 2005 года FC TVMK . Последний выйдет на Кубок Интертото , а две другие вышеупомянутые команды войдут в квалификационные раунды Кубка УЕФА летом 2007 года.
Нижняя часть таблицы также привнесла некоторую интригу. Две команды из Тарту закончили сезон в середине таблицы, а молодой состав Таммеки произвел впечатление под руководством опытного тренера и бывшего игрока сборной Сергея Ратникова в его первый год в качестве главного тренера. Pärnu Vaprus, возможно, стал сюрпризом сезона, заняв седьмое место в свой дебютный год в Meistriliiga и вернув Pärnu на эстонскую футбольную карту. В основном русскоязычная команда Таллина , FC Ajax Lasnamäe , доказала свою правоту, выстояв вопреки всем прогнозам. JK Viljandi Tulevik провел ужасный год и должен был выйти в плей-офф против JK Tallinna Kalev из Esiliiga и проиграл, что должно было означать их понижение на ступеньку ниже. Однако после слияния тартуских клубов JK Maag и Tammeka они все равно останутся в Мейстрилиге в 2007 году. Команда с самым молодым средним возрастом состава в лиге Warrior Valga вылетела без значимой борьбы.
Лучшими бомбардирами лиги стали два нападающих JK Narva Trans Максим Грузнов (31 гол) и Дмитрий Липартов (27 голов). Вячеслав Заховайко из ФК «Флора» в Таллинне забил 25 голов, Индрек Зелински из ФК «Левадия» в Таллинне — 21 гол.
В обеих играх «Таллинна Калев» получил оценку -/+, поскольку «Тулевик» выпустил на поле неподходящего игрока.
Изначально «Калев» выиграл со счетом 1–1 благодаря голам, забитым на чужом поле.
Тулевики сохранили свое место в Мейстрилиге в результате слияния Таммека Тарту и Мааг Тарту . [1]
Каждая команда играла с каждым соперником по четыре раза: дважды дома и дважды на выезде, в общей сложности 36 игр.