Сезон 1999–2000 был 85-м сезоном Истмийской лиги , английского футбольного соревнования, в котором участвовали полупрофессиональные и любительские клубы из Лондона, Восточной и Юго-Восточной Англии . Лига состояла из четырёх дивизионов.
В Премьер-дивизион вошло 22 клуба, включая 19 клубов предыдущего сезона и три новых клуба:
Dagenham & Redbridge выиграли дивизион и были переведены в Футбольную конференцию. Aylesbury United, Boreham Wood и Walton & Hersham заняли последнее место в таблице и вылетели в Первый дивизион.
Перед началом сезона Хэмптон сменил название на Хэмптон и Ричмонд Боро.
В первый дивизион вошло 22 клуба, включая 17 клубов предыдущего сезона и пять новых клубов:
Два клуба вылетели из Премьер-дивизиона:
Три клуба вышли из второго дивизиона:
Croydon выиграл дивизион и вернулся в Премьер-дивизион. Grays Athletic и Maidenhead United также получили повышение. Chertsey Town и Leyton Pennant вылетели во Второй дивизион, а Leatherhead получили отсрочку после того, как Hemel Hempstead отказались повыситься из Второго дивизиона.
Второй дивизион состоял из 22 клубов, включая 16 клубов предыдущего сезона и шесть новых клубов:
Три клуба вылетели из первого дивизиона:
Три клуба вышли из Третьего дивизиона:
Hemel Hempstead Town выиграли дивизион, но им было отказано в повышении из-за классификации поля. Northwood были повышены до первого дивизиона вместе с Ford United, которые получили второе повышение подряд. Wingate & Finchley закончили в зоне вылета вместе с Witham Town и Chalfont St Peter и вернулись в третий дивизион.
Третий дивизион состоял из 21 клуба, включая 17 клубов предыдущего сезона и четыре новых клуба:
Great Wakering Rovers дебютировал в лиге и добился повышения с первой попытки вместе с East Thurrock United и Tilbury. Southall ушел в отставку и присоединился к Объединенной лиге графств .