Сезон 1945–46 годов стал 31-м в истории Истмийской лиги , английского футбольного турнира.
Это был первый сезон после перерыва, вызванного Второй мировой войной .
Nunhead и London Caledonians не вернулись после войны, в то время как два клуба из Athenian League - Romford и Walthamstow Avenue были вновь приняты. Также это был первый сезон в Isthmian League для нового клуба Corinthian-Casuals , который занял место Casuals , который слился с Corinthian .
«Уолтемстоу Авеню» стали чемпионами в своем первом сезоне.