Сезон 1979–80 годов был 65-м сезоном Истмийской лиги , английского футбольного турнира.
В конце предыдущего сезона была создана Alliance Premier League . В результате этого клубы Isthmian League потеряли возможность участвовать в выборах в Футбольную лигу, поскольку подать заявку мог только клуб, занявший самое высокое место в Alliance Premier League и отвечающий требованиям Футбольной лиги . Isthmian League отказалась участвовать в формировании новой лиги. До 1985 года не было перехода из Isthmian League в Alliance Premier League.
В Премьер-дивизион вошло 22 клуба, включая 20 клубов предыдущего сезона и два новых клуба, вышедших из Первого дивизиона:
В первый дивизион вошло 22 клуба, включая 18 клубов предыдущего сезона и три новых клуба:
Один клуб вылетел из Премьер-дивизиона:
«Лейтонстоун» также вылетел из Премьер-дивизиона в конце предыдущего сезона, объединился с «Илфордом» и создал новый клуб «Лейтонстоун и Илфорд» , таким образом, «Сент-Олбанс Сити» получил отсрочку.
Два клуба вышли из второго дивизиона:
Второй дивизион состоял из 19 клубов, включая 16 клубов предыдущего сезона и три новые команды:
Перед началом сезона «Саутхолл и Илинг Боро» сменили название на «Саутхолл».