1988–89 Кипрский четвертый дивизион был четвертым сезоном Кипрской футбольной лиги четвертого уровня. Чемпионат был разделен на четыре группы. Победителями стали:
Четыре победителя вышли в плей-офф, и первые два были переведены в Третий дивизион Кипра 1989–90 . Семь команд были переведены в региональные лиги.