Городской совет Навотаса — это Sangguniang Panlungsod или законодательный орган Навотаса . Он состоит из 14 советников, по шесть советников избираются от каждого из двух округов советников Навотаса, а два советника избираются из числа председателей барангаев (соседских округов) и Sangguniang Kabataan (SK; молодежные советы). Председательствующим должностным лицом совета является вице-мэр, который избирается по всему городу.
Каждый из двух округов советников Навотаса избирает шесть советников в совет. При голосовании по принципу относительного большинства избиратель может проголосовать за шесть кандидатов, при этом избираются кандидаты, набравшие шесть наибольших голосов. Кроме того, председатели барангаев и председатели SK по всему городу избирают между собой своих представителей в совет. Таким образом, в совете 14 советников.
Выборы в городской совет синхронизированы с другими выборами в стране. Выборы проводятся каждый первый понедельник мая каждый третий год с 1992 года.
Будучи председательствующим должностным лицом, вице-мэр может голосовать только в случае равенства голосов.
Барангаи : Северный Багумбаян, Южный Багумбаян, Бангкуласи, Восточный Навотас, Западный Навотас, Северный бульвар Норт-Бэй, Собственное NBBS, NBBS Каунларан, NBBS Дагат-дагатан, Деревня Сан-Рафаэль, Сипак-Алмасен
Барангаи : Даангари, Сан-Хосе, Сан-Роке, Северный Тангос , Южный Тангос , Танза 1, Танза 2.