База ВВС Канады Уайтхорс была первоначально открыта Канадским департаментом транспорта как «аэродром Уайтхорс». Она расположена на месте, где сейчас находится Международный аэропорт имени Эрика Нильсена Уайтхорс в Уайтхорсе, Юкон .
Аэропорт был передан Королевским канадским военно-воздушным силам в 1942 году как часть системы, называемой Северо-Западным промежуточным маршрутом . Обозначенный как станция RCAF Уайтхорс, он имел подразделения в Теслине , Айшихике и Снаге, Юкон , а в 1946 году — в Уотсон-Лейк, Юкон .
После Второй мировой войны станция RCAF Whitehorse продолжала функционировать в основном как пункт дозаправки на маршруте на Аляску. Департамент транспорта взял на себя управление аэропортом, но RCAF остались. В 1948 году станция в Принс-Руперте, Британская Колумбия, закрылась, а позиции перехвата были перемещены в Уайтхорс.
Функция станции изменилась на радиоподразделение, а именно на радиоподразделение № 5. В 1966 году она стала частью Дополнительной радиосистемы канадских вооруженных сил и была переименована в Станцию канадских вооруженных сил Уайтхорс с переводом в Дополнительную радиосистему (SUPRAD). Операции Королевских канадских военно-воздушных сил были ограничены радиоперехватом. Это была недолгая операция, так как CFS Whitehorse была закрыта в 1968 году.