stringtranslate.com

Стерильный альфа-мотив

В молекулярной биологии домен белка Стерильный альфа-мотив (или SAM ) является предполагаемым модулем взаимодействия белков, присутствующим в широком спектре белков [1], участвующих во многих биологических процессах. Домен SAM, который распространяется примерно на 70 остатков, обнаружен в различных эукариотических организмах. [2] Было показано, что домены SAM гомо- и гетероолигомеризуются, образуя множественные архитектуры самоассоциации, а также связываются с различными белками, не содержащими домен SAM, [3] тем не менее с низкой константой сродства. [4]

Домены SAM также, по-видимому, обладают способностью связывать РНК . [5] Smaug , белок, который помогает устанавливать градиент морфогена в эмбрионах Drosophila , подавляя трансляцию мРНК nanos (nos) , связывается с 3'-нетранслируемой областью (UTR) мРНК nos через две похожие шпильковые структуры. Трехмерная кристаллическая структура области связывания РНК Smaug показывает кластер положительно заряженных остатков на домене Smaug-SAM, который может быть поверхностью связывания РНК. Этот электроположительный потенциал является уникальным среди всех ранее определенных структур доменов SAM и сохраняется среди гомологов Smaug-SAM. Эти результаты предполагают, что домен SAM может играть основную роль в связывании РНК.

Структурный анализ показывает, что домен SAM организован в небольшой пятиспиральный пучок с двумя большими интерфейсами. [3] В случае домена SAM EPHB2 каждый из этих интерфейсов способен образовывать димеры. Наличие этих двух отдельных поверхностей связывания интермономеров предполагает, что SAM может образовывать протяженные полимерные структуры. [4]

Грибковый SAM

В молекулярной биологии домен белка Ste50p в основном в грибах и некоторых других типах эукариот . Он играет роль в каскадах митоген-активируемых протеинкиназ , типе клеточной сигнализации , который помогает клетке реагировать на внешние стимулы, а именно спаривание, рост клеток и осмо-толерантность [6] у грибов.

Функция

Белковый домен Ste50p играет роль в обнаружении феромонов для спаривания . Считается, что он связан со Ste11p, чтобы продлить сигнальный ответ, вызванный феромоном. Кроме того, он также участвует в помощи клетке в реагировании на азотное голодание. [7]

Структура

Грибковый Ste50p SAM состоит из шести спиралей , которые образуют компактную, глобулярную складку . Он является мономером в растворе и часто подвергается гетеродимеризации (а в некоторых случаях и олигомеризации) белка . [ 7 ]

Взаимодействие белков

Домен SAM Ste50p часто взаимодействует с доменом SAM Ste11p. Они образуют связи посредством этой ассоциации. Важно отметить, что домен SAM одного белка будет связываться с SAM другого белка. Домены SAM не самоассоциируются in vitro. [7] Имеются существенные доказательства олигомеризации Ste50p in vivo. [8]

Белки человека, содержащие этот домен

ANKS1A ; ANKS1B ; ANKS3; ANKS4B ; ANKS6; BFAR ; BICC1; CASKIN1; CASKIN2; CENTD1 ; CNKSR2 ; CNKSR3 ; DDHD2 ; EPHA1 ; EPHA10 ; EPHA2 ; EPHA5 ; EPHA6 ; EPHA7 ; EPHA8 ; EPHB1 ; EPHB2 ; EPHB3 ; EPHB4 ; FAM59A; HPH2; INPPL1 ; L3MBTL3; PHC1 ; PHC2 ; PHC3 ; PPFIA1 ; PPFIA2; PPFIA3; PPFIA4 ; PPFIBP1 ; PPFIBP2; SAMD1; SAMD13; SAMD14; SAMD3; SAMD4A ; SAMD4B ; SAMD5; SAMD7; SAMD8; SAMD9 ; SARM1 ; SCMH1 ; SCML1; SCML2; SEC23IP ; SGMS1 ; SHANK1 ; SHANK2 ; SHANK3 ; STARD13 ; UBP1 ; USH1G ; ZCCHC14; p63 ; p73 ;

Ссылки

  1. ^ Bork P, Ponting CP, Hofmann K, Schultz J (1997). "SAM как домен взаимодействия белков, участвующий в регуляции развития". Protein Sci . 6 (1): 249–253. doi :10.1002/pro.5560060128. PMC  2143507. PMID  9007998 .
  2. ^ Pawson T, Stapleton D, Balan I, Sicheri F (1999). «Кристаллическая структура домена SAM рецептора Eph раскрывает механизм модульной димеризации». Nat. Struct. Biol . 6 (1): 44–49. doi :10.1038/4917. PMID  9886291. S2CID  1202526.
  3. ^ ab Simon J, Peterson AJ, Kyba M, Bornemann D, Morgan K, Brock HW (1997). "Домен, общий для белков группы Polycomb Scm и ph, опосредует гетеротипические и гомотипические взаимодействия". Mol. Cell. Biol . 17 (11): 6683–6692. doi :10.1128/MCB.17.11.6683. PMC 232522. PMID  9343432 . 
  4. ^ ab Goodwill KE, Thanos CD, Bowie JU (1999). «Олигомерная структура домена SAM человеческого рецептора EphB2». Science . 283 (5403): 833–836. doi :10.1126/science.283.5403.833. PMID  9933164.
  5. ^ Bowie JU, Kim CA (2003). «SAM-домены: однородная структура, разнообразие функций». Trends Biochem. Sci . 28 (12): 625–628. doi :10.1016/j.tibs.2003.11.001. PMID  14659692.
  6. ^ Posas, F.; Witten, EA; Saito, H. (1998). "Необходимость STE50 для осмостресс-индуцированной активации митоген-активируемой протеинкиназы STE11 в пути ответа на глицерин с высокой осмолярностью". Молекулярная и клеточная биология . 18 (10): 5788–5796. doi :10.1128/mcb.18.10.5788. PMC 109165. PMID  9742096 . 
  7. ^ abc Grimshaw SJ, Mott HR, Stott KM, Nielsen PR, Evetts KA, Hopkins LJ, Nietlispach D, Owen D (январь 2004 г.). «Структура домена стерильного альфа-мотив (SAM) белка STE50, модулирующего путь митоген-активируемой протеинкиназы Saccharomyces cerevisiae, и анализ его взаимодействия с SAM STE11». J. Biol. Chem . 279 (3): 2192–201. doi : 10.1074/jbc.M305605200 . PMID  14573615.
  8. ^ Слотер, Б. Д.; Хафф Дж. М.; Вигребе В.; Шварц Дж. В.; Ли Р. (2008). «Олигомеризация белка на основе домена SAM, наблюдаемая с помощью спектроскопии флуоресцентных флуктуаций живых клеток». PLOS ONE . 3 (4): e1931. doi : 10.1371/journal.pone.0001931 . PMC 2291563. PMID  18431466 .  Значок открытого доступа
В статье использован текст из общедоступных источников Pfam и InterPro : IPR001660

Структурная эволюция p53, p63 и p73: значение для образования гетеротетрамера