Теломера ( / ˈ t ɛ l ə m ɪər , ˈ t iː l ə - / ; от древнегреческого τέλος ( télos ) 'конец' и μέρος ( méros ) ' часть') — область повторяющихся нуклеотидных последовательностей, связанных со специализированными белками на концах линейных хромосом (см. Последовательности). Теломеры — широко распространённая генетическая особенность, чаще всего встречающаяся у эукариот . У большинства, если не у всех видов, обладающих ими, они защищают концевые области хромосомной ДНК от прогрессирующей деградации и обеспечивают целостность линейных хромосом, не давая системам репарации ДНК ошибочно принимать самые концы цепи ДНК за двухцепочечный разрыв .
Существование особой структуры на концах хромосом было независимо предложено в 1938 году Германом Йозефом Мюллером , изучавшим плодовую мушку Drosophila melanogaster , и в 1939 году Барбарой МакКлинток , работавшей с кукурузой. [1] Мюллер наблюдал, что концы облученных хромосом плодовой мушки не имели изменений, таких как делеции или инверсии. Он выдвинул гипотезу о наличии защитного колпачка, который он назвал «теломерами», от греческого telos (конец) и meros (часть). [2]
В начале 1970-х годов советский теоретик Алексей Оловников первым осознал, что хромосомы не могут полностью реплицировать свои концы; это известно как «проблема репликации концов». Основываясь на этом и принимая во внимание идею Леонарда Хейфлика об ограниченном делении соматических клеток , Оловников предположил, что последовательности ДНК теряются каждый раз, когда клетка реплицируется, пока потеря не достигнет критического уровня, в этот момент клеточное деление заканчивается. [3] [4] [5] Согласно его теории маргинотомии, последовательности ДНК на концах теломер представлены тандемными повторами, которые создают буфер, определяющий количество делений, которые может претерпеть определенный клон клеток. Кроме того, было предсказано, что специализированная ДНК-полимераза (первоначально называемая тандемной ДНК-полимеразой) может удлинять теломеры в бессмертных тканях, таких как зародышевая линия, раковые клетки и стволовые клетки. Из этой гипотезы также следовало, что организмы с кольцевым геномом, такие как бактерии, не имеют проблемы с конечной репликацией и поэтому не стареют.
Оловников предположил, что в клетках зародышевой линии, клетках вегетативно размножающихся организмов и бессмертных клеточных популяциях, таких как большинство линий раковых клеток, может активироваться фермент, предотвращающий укорачивание концов ДНК при каждом делении клетки. [6] [7]
В 1975–1977 годах Элизабет Блэкберн , работая в качестве постдокторанта в Йельском университете вместе с Джозефом Г. Галлом , открыла необычную природу теломер, с их простыми повторяющимися последовательностями ДНК, составляющими концы хромосом. [8] Блэкберн, Кэрол Грейдер и Джек Шостак были удостоены Нобелевской премии по физиологии и медицине 2009 года за открытие того, как хромосомы защищены теломерами и ферментом теломеразой . [9]
Во время репликации ДНК ДНК-полимераза не может реплицировать последовательности, присутствующие на 3'-концах родительских цепей. Это является следствием ее однонаправленного режима синтеза ДНК: она может только прикреплять новые нуклеотиды к существующему 3'-концу (то есть синтез продолжается 5'-3'), и поэтому ей требуется праймер для инициирования репликации. На ведущей цепи (ориентированной 5'-3' внутри репликационной вилки) ДНК-полимераза непрерывно реплицируется от точки инициации до конца цепи, при этом праймер (состоящий из РНК ) затем вырезается и заменяется ДНК. Отстающая цепь, однако, ориентирована 3'-5' относительно репликационной вилки, поэтому непрерывная репликация ДНК-полимеразой невозможна, что требует прерывистой репликации, включающей повторный синтез праймеров далее 5' от места инициации (см. репликация отстающей цепи ). Последний праймер, который будет задействован в репликации отстающей цепи, находится около 3'-конца матрицы (соответствующего потенциальному 5'-концу отстающей цепи). Первоначально считалось, что последний праймер будет находиться в самом конце матрицы, таким образом, после его удаления ДНК-полимераза, которая заменяет праймеры ДНК (DNA-Pol δ у эукариот) [примечание 1], не сможет синтезировать «замещающую ДНК» с 5'-конца отстающей цепи, так что нуклеотиды матрицы, ранее спаренные с последним праймером, не будут реплицироваться. [10] С тех пор возник вопрос, расположен ли последний праймер отстающей цепи точно на 3'-конце матрицы, и было показано, что он синтезируется на расстоянии около 70–100 нуклеотидов, что согласуется с выводом о том, что ДНК в культивируемых клетках человека укорачивается на 50–100 пар оснований за одно деление клетки . [11]
Если кодирующие последовательности деградируют в этом процессе, потенциально важный генетический код будет потерян. Теломеры — это некодирующие, повторяющиеся последовательности, расположенные на концах линейных хромосом, чтобы действовать как буферы для кодирующих последовательностей, расположенных дальше. Они «закрывают» конечные последовательности и постепенно деградируют в процессе репликации ДНК.
«Проблема репликации концов» свойственна исключительно линейным хромосомам, поскольку кольцевые хромосомы не имеют концов, лежащих вне досягаемости ДНК-полимераз. Большинство прокариот , полагающихся на кольцевые хромосомы, соответственно не обладают теломерами. [12] Однако небольшая часть бактериальных хромосом (например, Streptomyces , Agrobacterium и Borrelia ) являются линейными и обладают теломерами, которые сильно отличаются от теломер эукариотических хромосом по структуре и функциям. Известные структуры бактериальных теломер принимают форму белков, связанных с концами линейных хромосом, или шпильковых петель одноцепочечной ДНК на концах линейных хромосом. [13]
На самом 3'-конце теломеры имеется выступ из 300 пар оснований, который может проникать в двухцепочечную часть теломеры, образуя структуру, известную как T-петля. Эта петля аналогична узлу, который стабилизирует теломера и предотвращает распознавание концов теломер как точек разрыва механизмом репарации ДНК. Если на концах теломер произойдет негомологичное соединение концов, произойдет слияние хромосом. T-петля поддерживается несколькими белками, которые вместе называются комплексом shelterin. У людей комплекс shelterin состоит из шести белков, идентифицированных как TRF1 , TRF2 , TIN2 , POT1 , TPP1 и RAP1 . [14] У многих видов повторы последовательности обогащены гуанином , например, TTAGGG у позвоночных , [15], что позволяет образовывать G-квадруплексы , особую конформацию ДНК, включающую не-Уотсон-Криковское спаривание оснований. Существуют различные подтипы в зависимости от вовлечения одно- или двухцепочечной ДНК, среди прочего. Есть доказательства того, что 3'-выступ у инфузорий (которые обладают теломерными повторами, подобными тем, которые обнаружены у позвоночных ) образует такие G-квадруплексы, которые вмещают его, а не T-петлю. G-квадруплексы представляют собой препятствие для ферментов, таких как ДНК-полимеразы, и поэтому считается, что они участвуют в регуляции репликации и транскрипции. [16]
У многих организмов есть рибонуклеопротеиновый фермент, называемый теломеразой, который выполняет задачу добавления повторяющихся нуклеотидных последовательностей к концам ДНК. Теломераза «пополняет» «колпачок» теломер и не требует АТФ. [17] В большинстве многоклеточных эукариотических организмов теломераза активна только в половых клетках , некоторых типах стволовых клеток, таких как эмбриональные стволовые клетки , и определенных белых кровяных клетках . Теломераза может быть реактивирована, и теломеры могут быть возвращены в эмбриональное состояние путем переноса ядра соматической клетки . [18] Постоянное укорочение теломер с каждой репликацией в соматических (телесных) клетках может играть роль в старении [19] и в профилактике рака . [20] [21] Это происходит потому, что теломеры действуют как своего рода «предохранитель» с задержкой по времени, который в конечном итоге заканчивается после определенного количества делений клетки и приводит к возможной потере важной генетической информации из хромосомы клетки при будущих делениях. [22] [23]
Длина теломер сильно варьируется между видами, от приблизительно 300 пар оснований у дрожжей [24] до многих килобаз у людей, и обычно состоит из массивов богатых гуанином повторов длиной от шести до восьми пар оснований. Эукариотические теломеры обычно заканчиваются 3' одноцепочечным выступом ДНК длиной от 75 до 300 оснований, что необходимо для поддержания и кэпирования теломер. Было идентифицировано несколько белков, связывающих одно- и двухцепочечную теломерную ДНК. [25] Они функционируют как для поддержания, так и для кэпирования теломер. Теломеры образуют большие петлевые структуры, называемые петлями теломер, или Т-петлями. Здесь одноцепочечная ДНК скручивается в длинный круг, стабилизированный белками, связывающими теломеру . [26] В самом конце T-петли одноцепочечная ДНК теломеры удерживается на участке двухцепочечной ДНК с помощью теломеры, которая разрушает двухспиральную ДНК и спаривает основания с одной из двух цепей. Эта трехцепочечная структура называется петлей смещения или D-петлей. [27]
Помимо проблемы репликации концов, исследования in vitro показали, что теломеры накапливают повреждения из-за окислительного стресса и что опосредованное окислительным стрессом повреждение ДНК оказывает большое влияние на укорочение теломер in vivo . Существует множество способов, которыми окислительный стресс, опосредованный активными формами кислорода (ROS), может приводить к повреждению ДНК; однако пока неясно, вызвана ли повышенная скорость в теломерах их врожденной восприимчивостью или сниженной активностью систем репарации ДНК в этих регионах. [28] Несмотря на широко распространенное согласие в отношении результатов, были отмечены широко распространенные недостатки в отношении измерения и отбора проб; например, предполагается, что предполагаемая зависимость окислительного повреждения теломер от вида и ткани недостаточно учтена. [29] Исследования на основе популяции указали на взаимодействие между потреблением антиоксидантов и длиной теломер. В проекте по изучению рака молочной железы на Лонг-Айленде (LIBCSP) авторы обнаружили умеренное увеличение риска рака молочной железы среди женщин с самыми короткими теломерами и более низким потреблением бета-каротина, витамина С или Е в рационе [30]. Эти результаты [31] предполагают, что риск рака из-за укорочения теломер может взаимодействовать с другими механизмами повреждения ДНК, в частности, с окислительным стрессом.
Хотя теломеры укорачиваются в течение жизни особи, именно скорость укорочения теломер, а не их длина, связана с продолжительностью жизни вида. [32] Критически короткие теломеры вызывают реакцию на повреждение ДНК и клеточное старение . [32] У мышей теломеры намного длиннее, но скорость укорочения теломер значительно ускорена, а продолжительность жизни значительно сокращена по сравнению с людьми и слонами. [33]
Укорочение теломер связано со старением, смертностью и заболеваниями, связанными со старением, у экспериментальных животных. [8] [34] Хотя на продолжительность жизни человека могут влиять многие факторы, такие как курение, диета и физические упражнения, по мере того, как люди приближаются к верхнему пределу ожидаемой продолжительности жизни человека , более длинные теломеры могут быть связаны с продолжительностью жизни. [35]
Метаанализы показали, что повышенный воспринимаемый психологический стресс был связан с небольшим уменьшением длины теломер, но что эти ассоциации ослабевают до отсутствия значимой ассоциации при учете смещения публикации . В литературе, посвященной теломерам как интегративным биомаркерам подверженности стрессу и невзгодам, преобладают поперечные и корреляционные исследования, что делает причинно-следственную интерпретацию проблематичной. [31] [36] Обзор 2020 года утверждает, что связь между психосоциальным стрессом и длиной теломер кажется наиболее сильной для стресса, пережитого в утробе матери или в раннем возрасте. [37]
Феномен ограниченного клеточного деления впервые наблюдал Леонард Хейфлик , и теперь его называют пределом Хейфлика . [38] [39] Впоследствии важные открытия были сделаны группой ученых, организованной в Geron Corporation основателем Geron Майклом Д. Уэстом , который связал укорачивание теломер с пределом Хейфлика. [40] Клонирование каталитического компонента теломеразы позволило провести эксперименты по проверке того, способна ли экспрессия теломеразы на уровнях, достаточных для предотвращения укорочения теломер, увековечить человеческие клетки. В публикации 1998 года в журнале Science было продемонстрировано , что теломераза способна продлевать продолжительность жизни клеток, и теперь общепризнанно, что она способна увековечивать соматические клетки человека. [41]
Два исследования долгоживущих морских птиц показывают, что роль теломер далека от понимания. В 2003 году ученые заметили, что теломеры качурки Лича ( Oceanodroma leucorhoa ) удлиняются с возрастом, что стало первым наблюдаемым примером такого поведения теломер. [42]
Исследование показало, что длина теломер у разных видов млекопитающих коррелирует с продолжительностью жизни скорее обратно, чем прямо, и пришло к выводу, что вклад длины теломер в продолжительность жизни остается спорным. [43] Существует мало доказательств того, что у людей длина теломер является значимым биомаркером нормального старения в отношении важных когнитивных и физических способностей. [44]
Экспериментально подтвержденные и предсказанные мотивы последовательности теломер более чем 9000 видов собраны в базе данных TeloBase, курируемой исследовательским сообществом. [45] Некоторые из экспериментально подтвержденных нуклеотидных последовательностей теломер также перечислены на веб-сайте базы данных теломеразы (см. обозначение нуклеиновых кислот для буквенных обозначений).
Предварительные исследования показывают, что риск заболеваний при старении может быть связан с укорочением теломер, стареющими клетками или SASP ( секреторный фенотип, ассоциированный со старением ). [32]
В настоящее время для оценки средней длины теломер в эукариотических клетках используется несколько методов. Одним из методов является саузерн-блот с использованием терминального рестрикционного фрагмента (TRF). [49] [50] Существует веб-анализатор длины теломер (WALTER), программное обеспечение для обработки изображений TRF. [51] Анализ длины теломер методом ПЦР в реальном времени включает определение соотношения теломеры к гену с одной копией (T/S), которое, как показано, пропорционально средней длине теломер в клетке. [52]
Также были разработаны инструменты для оценки длины теломер из экспериментов по секвенированию всего генома (WGS). Среди них TelSeq, [53] Telomerecat [54] и telomereHunter. [55] Оценка длины из WGS обычно работает путем дифференциации прочтений секвенирования теломер и последующего вывода длины теломер, которая произвела это количество прочтений. Было показано, что эти методы коррелируют с уже существующими методами оценки, такими как ПЦР и TRF. Flow-FISH используется для количественной оценки длины теломер в белых кровяных клетках человека. Полуавтоматический метод измерения средней длины теломер с помощью Flow FISH был опубликован в Nature Protocols в 2006 году. [56]
Хотя несколько компаний предлагают услуги по измерению длины теломер, полезность этих измерений для широкого клинического или личного использования была поставлена под сомнение. [57] [58] Лауреат Нобелевской премии Элизабет Блэкберн , которая была соучредителем одной из компаний, пропагандировала клиническую полезность измерений длины теломер. [59]
В течение последних двух десятилетий экоэволюционные исследования изучали значимость черт жизненного цикла и условий окружающей среды для теломер диких животных. Большинство этих исследований были проведены на эндотермных животных , т. е. птицах и млекопитающих. Они предоставили доказательства наследования длины теломер; однако оценки наследуемости сильно различаются внутри видов и между ними. [60] Возраст и длина теломер часто отрицательно коррелируют у позвоночных, но это снижение варьируется среди таксонов и связано с методом, используемым для оценки длины теломер. [61] Напротив, имеющаяся информация не показывает половых различий в длине теломер у позвоночных. [62] Филогения и черты жизненного цикла, такие как размер тела или темп жизни, также могут влиять на динамику теломер. Например, это было описано у разных видов птиц и млекопитающих. [63] В 2019 году метаанализ подтвердил, что воздействие стрессоров (например, патогенной инфекции, конкуренции, репродуктивных усилий и высокого уровня активности) было связано с более короткими теломерами у разных таксонов животных. [64]
Исследования по эктотермным животным и другим не млекопитающим организмам показывают, что не существует единой универсальной модели эрозии теломер; скорее, существуют большие различия в соответствующей динамике среди Metazoa , и даже в пределах более мелких таксономических групп эти закономерности кажутся разнообразными. [65]