Темный протеом определяется как белки без определенной трехмерной структуры. Он не может быть обнаружен или проанализирован с использованием гомологичного моделирования или аналитической количественной оценки, поскольку молекулярная конформация неизвестна. [1] Темные белки в основном состоят из неизвестных неизвестных. [2]
По оценкам, около 14% протеома у архей и бактерий, а также до 44–54% протеома у эукариот и вирусов являются темными. [2] Происхождение этих темных белков неясно. Большая часть темного протеома имеет вирусное происхождение. Темные области белков темные из-за того, что происходят от необычных организмов, у которых нет достаточно близких родственников в текущих базах данных белков, чтобы предоставить данные о белке для выравнивания последовательностей и определения структуры.
Темные белки не применимы к парадигме структура-функция, которой следуют все белки. Они преимущественно состоят из внутренне неупорядоченных белков (IDP), которые необходимы для определенных биологических функций, таких как сплайсинг, транскрипционная и посттрансляционная сигнализация и сигнализация через белковые сети. Эти процессы обычно выполняются внутриклеточно, однако темные белки чрезмерно представлены во внеклеточном матриксе и на эндоплазматическом ретикулуме. [1] Темные белки ведут себя подобно полимерам и способны принимать множество, если не бесконечное количество, конформаций из-за адаптивности полипептидной цепи. [3] Это связано с отсутствием структуры, которая обеспечивает гибкость и маневренность, что помогает в определенных рибосомных и клеточных процессах. Они также чрезмерно представлены в определенных секреторных тканях и внешней среде, что помогает клетке противостоять суровым клеточным средам. [1] Функция не ограничивается только сигнализацией и защитой, хотя она не полностью понята. «Темные белки в основном неизвестные неизвестные» [1]
В настоящее время используются только вычислительные и аналитические методы, такие как инфракрасное (ИК), круговой дихроизм (КР), масс-спектрометрия (МС), эксперимент с одной молекулой , широкоугольное рентгеновское рассеяние , малоугловое рентгеновское рассеяние , широкоугольное рентгеновское рассеяние (WAXS), ядерный магнитный резонанс (ЯМР) и гель-фильтрация . [4] Рекомендуется использовать сопряженную методологию с методами, если при использовании одного метода отсутствуют определенные точки данных; дополнительный метод может заполнить этот пробел.