Топоизомеры или топологические изомеры — это молекулы с одинаковой химической формулой и стереохимическими связями, но с разной топологией . Примерами молекул, для которых существуют топоизомеры, являются ДНК , которая может образовывать узлы , и катенаны . Каждый топоизомер данной молекулы ДНК обладает различным числом связей , связанным с ним. Топоизомеры ДНК могут быть заменены ферментами, называемыми топоизомеразами . [1] Используя топоизомеразу вместе с интеркалятором , топоизомеры с различным числом связей можно разделить на агарозном геле с помощью гель-электрофореза .