stringtranslate.com

H3K9me3

H3K9me3 представляет собой эпигенетическую модификацию белка, упаковывающего ДНК , гистона H3 . Это метка, которая указывает на триметилирование 9-го остатка лизина белка гистона H3 и часто связана с гетерохроматином .

Номенклатура

H3K9me3 указывает на триметилирование лизина 9 на субъединице белка гистона H3: [1]

Метилирование лизина

На этой диаграмме показано прогрессивное метилирование остатка лизина. Триметилирование означает метилирование, присутствующее в H3K9me3.

Понимание модификаций гистонов

Геномная ДНК эукариотических клеток обернута вокруг специальных белковых молекул, известных как гистоны . Комплексы, образующиеся в результате закольцовывания ДНК, известны как хроматин . Основной структурной единицей хроматина является нуклеосома : она состоит из основного октамера гистонов (H2A, H2B, H3 и H4), а также линкерного гистона и около 180 пар оснований ДНК. Эти коровые гистоны богаты остатками лизина и аргинина. Карбоксильный (C) конец этих гистонов способствует взаимодействиям гистонов с гистонами, а также взаимодействиям гистонов с ДНК. Заряженные амино(N)-концевые хвосты являются местом посттрансляционных модификаций, таких как та, которая наблюдается у H3K9me3. [2] [3]

Эпигенетические последствия

Посттрансляционная модификация хвостов гистонов либо с помощью комплексов, модифицирующих гистоны, либо комплексов, ремоделирующих хроматин, интерпретируется клеткой и приводит к сложному комбинаторному результату транскрипции. Считается, что код гистонов диктует экспрессию генов посредством сложного взаимодействия между гистонами в определенной области. [4] Текущее понимание и интерпретация гистонов основаны на двух крупномасштабных проектах: ENCODE и Epigenomic Roadmap. [5] Целью эпигеномного исследования было изучение эпигенетических изменений по всему геному. Это привело к состояниям хроматина, которые определяют геномные области путем группировки взаимодействий различных белков и/или модификаций гистонов вместе. Состояние хроматина исследовали в клетках дрозофилы путем изучения места связывания белков в геноме. Использование ChIP-секвенирования позволило выявить участки генома, характеризующиеся различной полосообразностью. [6] У дрозофилы также были профилированы различные стадии развития, акцент был сделан на значимости модификаций гистонов. [7] Анализ полученных данных привел к определению состояний хроматина на основе модификаций гистонов. [8] Определенные модификации были картированы, и было замечено, что обогащение локализуется в определенных геномных регионах. Было обнаружено пять основных модификаций гистонов, каждая из которых связана с различными функциями клетки.

Геном человека был аннотирован состояниями хроматина. Эти аннотированные состояния можно использовать как новые способы аннотирования генома независимо от базовой последовательности генома. Эта независимость от последовательности ДНК подтверждает эпигенетическую природу модификаций гистонов. Состояния хроматина также полезны для идентификации регуляторных элементов, не имеющих определенной последовательности, таких как энхансеры. Этот дополнительный уровень аннотации позволяет глубже понять регуляцию генов, специфичных для клеток. [9]

Значение

Гетерохроматин, маркированный H3K9me3, играет ключевую роль в эмбриональных стволовых клетках в начале органогенеза во время детерминации линии, а также играет роль в поддержании верности линии. [10]

Методы

Гистоновую метку можно обнаружить разными способами:

1. Секвенирование иммунопреципитации хроматина ( ChIP-секвенирование ) измеряет количество обогащенной ДНК после того, как она связалась с целевым белком и подверглась иммунопреципитации. Это приводит к хорошей оптимизации и используется in vivo для выявления связывания ДНК с белками, происходящего в клетках. ChIP-Seq можно использовать для идентификации и количественной оценки различных фрагментов ДНК для различных модификаций гистонов в геномной области. [11]

2. Секвенирование микрококковой нуклеазы ( MNase-seq ) используется для исследования областей, которые связаны хорошо расположенными нуклеосомами. Для определения положения нуклеосом используют фермент микрококковой нуклеазы. Видно, что хорошо расположенные нуклеосомы имеют обогащение последовательностей. [12]

3. Анализ секвенирования доступного транспозазы хроматина ( ATAC-seq ) используется для поиска областей, свободных от нуклеосом (открытый хроматин). Он использует гиперактивный транспозон Tn5 для выделения локализации нуклеосом. [13] [14] [15]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Хуан, Суминг; Литт, Майкл Д.; Энн Блейки, К. (30 ноября 2015 г.). Эпигенетическая экспрессия и регуляция генов . стр. 21–38. ISBN 9780127999586.
  2. ^ Рутенбург AJ, Ли Х, Patel DJ, Allis CD (декабрь 2007 г.). «Многовалентное взаимодействие модификаций хроматина с помощью связанных модулей связывания». Обзоры природы. Молекулярно-клеточная биология . 8 (12): 983–94. дои : 10.1038/nrm2298. ПМЦ 4690530 . ПМИД  18037899. 
  3. ^ Кузаридес Т (февраль 2007 г.). «Модификации хроматина и их функции». Клетка . 128 (4): 693–705. дои : 10.1016/j.cell.2007.02.005 . ПМИД  17320507.
  4. ^ Дженувейн Т., компакт-диск Эллиса (август 2001 г.). «Перевод гистонового кода». Наука . 293 (5532): 1074–80. CiteSeerX 10.1.1.453.900 . дои : 10.1126/science.1063127. ПМИД  11498575. 
  5. ^ Бирни Э., Стаматояннопулос Дж.А. , Дутта А., Гиго Р., Гингерас Т.Р., Маргулис Э.Х. и др. (Консорциум проекта ENCODE) (июнь 2007 г.). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE». Природа . 447 (7146): 799–816. Бибкод : 2007Natur.447..799B. дои : 10.1038/nature05874. ПМК 2212820 . ПМИД  17571346. 
  6. ^ Филион Г.Дж., ван Беммель Дж.Г., Брауншвейг Ю., Талхаут В., Кинд Дж., Уорд Л.Д., Бругман В., де Кастро И.Дж., Керховен Р.М., Буссемакер Х.Дж., ван Стинсель Б. (октябрь 2010 г.). «Систематическое картирование местоположения белков выявляет пять основных типов хроматина в клетках дрозофилы». Клетка . 143 (2): 212–24. дои : 10.1016/j.cell.2010.09.009. ПМЦ 3119929 . ПМИД  20888037. 
  7. ^ Рой С., Эрнст Дж., Харченко П.В., Херадпур П., Негре Н., Итон М.Л. и др. (Консорциум modENCODE) (декабрь 2010 г.). «Идентификация функциональных элементов и регуляторных цепей с помощью modENCODE дрозофилы». Наука . 330 (6012): 1787–97. Бибкод : 2010Sci...330.1787R. дои : 10.1126/science.1198374. ПМК 3192495 . ПМИД  21177974. 
  8. ^ Харченко П.В., Алексеенко А.А., Шварц Ю.Б., Минода А., Риддл Н.С., Эрнст Дж. и др. (март 2011 г.). «Комплексный анализ ландшафта хроматина Drosophila melanogaster». Природа . 471 (7339): 480–5. Бибкод : 2011Natur.471..480K. дои : 10.1038/nature09725. ПМК 3109908 . ПМИД  21179089. 
  9. ^ Кундадже А., Меулеман В., Эрнст Дж., Биленки М., Йен А., Херави-Мусави А., Херадпур П., Чжан З. и др. (Консорциум по эпигеномике «Дорожная карта») (февраль 2015 г.). «Интегративный анализ 111 эталонных эпигеномов человека». Природа . 518 (7539): 317–30. Бибкод : 2015Natur.518..317.. doi :10.1038/nature14248. ПМК 4530010 . ПМИД  25693563. 
  10. ^ Никетто Д., Донахью Г., Джайн Т., Пэн Т., Сидоли С., Шэн Л., Монтавон Т., Беккер Дж.С., Гриндхейм Дж.М., Бланик К., Гарсия Б.А., Тан К., Бонасио Р., Дженувейн Т., Зарет К.С. (январь 2019 г.). «Потеря H3K9me3-гетерохроматина в генах, кодирующих белок, позволяет специфицировать линию развития». Наука . 363 (6424): 294–297. Бибкод : 2019Sci...363..294N. doi : 10.1126/science.aau0583. ПМК 6664818 . ПМИД  30606806. 
  11. ^ «Целогеномное IP-секвенирование хроматина (ChIP-Seq)» (PDF) . Иллюмина . Проверено 23 октября 2019 г.
  12. ^ "МЭН-Seq/Mnase-Seq" . иллюмина . Проверено 23 октября 2019 г.
  13. ^ Буэнростро, Джейсон Д.; Ву, Пекин; Чанг, Ховард Ю.; Гринлиф, Уильям Дж. (2015). «ATAC-seq: метод анализа доступности хроматина по всему геному». Современные протоколы молекулярной биологии . 109 : 21.29.1–21.29.9. дои : 10.1002/0471142727.mb2129s109. ISBN 9780471142720. ПМЦ  4374986 . ПМИД  25559105.
  14. ^ Шеп, Алисия Н.; Буэнростро, Джейсон Д.; Денни, Сара К.; Шварц, Катя; Шерлок, Гэвин; Гринлиф, Уильям Дж. (2015). «Структурированные нуклеосомные отпечатки пальцев позволяют картировать архитектуру хроматина в регуляторных регионах с высоким разрешением». Геномные исследования . 25 (11): 1757–1770. дои : 10.1101/гр.192294.115. ISSN  1088-9051. ПМК 4617971 . ПМИД  26314830. 
  15. ^ Сонг, Л.; Кроуфорд, GE (2010). «DNase-seq: метод высокого разрешения для картирования активных генных регуляторных элементов по всему геному клеток млекопитающих». Протоколы Колд-Спринг-Харбора . 2010 (2): pdb.prot5384. doi : 10.1101/pdb.prot5384. ISSN  1559-6095. ПМЦ 3627383 . ПМИД  20150147.