stringtranslate.com

Фаговый дисплей

Цикл фагового дисплея. 1) белки слияния для белка вирусной оболочки + ген, который должен быть развит (обычно фрагмент антитела), экспрессируются в бактериофаге. 2) библиотека фага промывается над иммобилизованной мишенью. 3) оставшиеся высокоаффинные связыватели используются для заражения бактерий. 4) гены, кодирующие высокоаффинные связыватели, изолируются. 5) эти гены могут иметь случайные мутации, введенные и используемые для выполнения другого раунда эволюции. Этапы отбора и амплификации могут быть выполнены несколько раз с большей строгостью для изоляции высокоаффинных связывателей.

Фаговый дисплей — это лабораторный метод изучения взаимодействий белок-белок , белок - пептид и белок- ДНК , который использует бактериофаги ( вирусы , которые заражают бактерии ) для соединения белков с генетической информацией , которая их кодирует . [1] В этом методе ген, кодирующий интересующий белок, вставляется в ген белка оболочки фага , заставляя фаг «отображать» белок снаружи, в то время как ген белка находится внутри, что приводит к связи между генотипом и фенотипом . Белки, которые отображают фаги, затем можно скринировать против других белков, пептидов или последовательностей ДНК, чтобы обнаружить взаимодействие между отображаемым белком и белком других молекул. Таким образом, большие библиотеки белков могут быть скринированы и амплифицированы в процессе, называемом селекцией in vitro , которая аналогична естественному отбору .

Наиболее распространенными бактериофагами, используемыми в фаговом дисплее, являются нитчатые фаги M13 и fd , [2] [3], хотя также использовались фаги T4 , [4] T7 и λ .

История

Фаговый дисплей был впервые описан Джорджем П. Смитом в 1985 году, когда он продемонстрировал отображение пептидов на нитчатом фаге (длинные тонкие вирусы, которые заражают бактерии) путем слияния капсидного белка вируса с одним пептидом из набора пептидных последовательностей. [1] Это отображало различные пептиды на внешних поверхностях набора вирусных клонов, где этап скрининга процесса изолировал пептиды с самой высокой аффинностью связывания. В 1988 году Стивен Пармли и Джордж Смит описали биопэннинг для аффинного отбора и продемонстрировали, что рекурсивные раунды отбора могут обогащать клоны, присутствующие в количестве 1 на миллиард или меньше. [5] В 1990 году Джейми Скотт и Джордж Смит описали создание больших случайных пептидных библиотек, отображаемых на нитчатом фаге. [6] Технология фагового дисплея была дополнительно разработана и улучшена группами в Лаборатории молекулярной биологии с Грегом Винтером и Джоном Маккафферти , Научно- исследовательском институте Скриппса с Ричардом Лернером и Карлосом Барбасом и Немецком центре исследований рака с Фрэнком Брайтлингом и Стефаном Дюбелем для отображения белков, таких как антитела , для терапевтической белковой инженерии . Смит и Винтер были награждены половиной доли Нобелевской премии по химии 2018 года за их вклад в разработку фагового дисплея. [7] Патент Джорджа Печеника, претендующий на приоритет с 1985 года, также описывает создание пептидных библиотек. [8]

Принцип

Как и двухгибридная система , фаговый дисплей используется для высокопроизводительного скрининга белковых взаимодействий. В случае нитевидного фагового дисплея M13 ДНК, кодирующая интересующий белок или пептид, лигируется в ген pIII или pVIII, кодирующий либо минорный, либо мажорный белок оболочки соответственно. Иногда используются множественные сайты клонирования , чтобы гарантировать, что фрагменты вставлены во все три возможные рамки считывания, так что фрагмент кДНК транслируется в правильной рамке. Затем гибрид гена фага и вставки ДНК вставляется (процесс, известный как « трансдукция ») в бактериальные клетки E. coli, такие как TG1, SS320, ER2738 или XL1-Blue E. coli . Если используется вектор « фагемида » (упрощенный дисплейный конструктный вектор), фаговые частицы не будут высвобождаться из клеток E. coli , пока они не будут инфицированы фагом-помощником , что позволяет упаковывать фаговую ДНК и собирать зрелые вирионы с соответствующим фрагментом белка как часть их внешнего покрытия на малом (pIII) или большом (pVIII) белке покрытия. Иммобилизуя соответствующую ДНК или белковую цель(и) на поверхности лунки микротитровального планшета , фаг, который отображает белок, связывающийся с одной из этих целей на своей поверхности, останется, в то время как другие будут удалены промывкой. Те, что остались, могут быть элюированы , использованы для получения большего количества фага (путем бактериального заражения фагом-помощником) и для получения смеси фагов, которая обогащена соответствующим (т. е. связывающим) фагом. Повторный цикл этих шагов называется «пэннингом» в отношении обогащения образца золота путем удаления нежелательных материалов. Фаг, элюированный на последнем этапе, можно использовать для заражения подходящего бактериального хозяина, из которого можно собрать фагмиды, а затем вырезать и секвенировать соответствующую последовательность ДНК для идентификации соответствующих взаимодействующих белков или фрагментов белков. [ необходима ссылка ]

Использование вспомогательного фага можно исключить, используя технологию «клеточной линии бактериальной упаковки». [9]

Элюирование можно осуществить, комбинируя буфер элюирования с низким pH с сонификацией, которая, в дополнение к ослаблению взаимодействия пептид-мишень, также служит для отсоединения целевой молекулы от поверхности иммобилизации. Этот основанный на ультразвуке метод позволяет проводить одноэтапный отбор высокоаффинного пептида. [10]

Приложения

Применение технологии фагового дисплея включает определение партнеров взаимодействия белка (который будет использоваться в качестве иммобилизованной фаговой «приманки» с библиотекой ДНК, состоящей из всех кодирующих последовательностей клетки, ткани или организма), так что функция или механизм функции этого белка могут быть определены. [11] Фаговый дисплей также является широко используемым методом для эволюции белка in vitro (также называемой белковой инженерией ). Таким образом, фаговый дисплей является полезным инструментом в открытии лекарств . Он используется для поиска новых лигандов (ингибиторов ферментов, агонистов и антагонистов рецепторов) для целевых белков. [12] [13] [14] Эта техника также используется для определения опухолевых антигенов (для использования в диагностике и терапевтическом нацеливании) [15] и для поиска взаимодействий белок-ДНК [16] с использованием специально сконструированных библиотек ДНК с рандомизированными сегментами. В последнее время фаговый дисплей также использовался в контексте лечения рака, например, в подходе адоптивного переноса клеток. [17] В этих случаях фаговый дисплей используется для создания и отбора синтетических антител, нацеленных на белки поверхности опухоли. [17] Они превращаются в синтетические рецепторы для Т-клеток, полученных от пациента, которые используются для борьбы с заболеванием. [18]

Конкурирующие методы эволюции белков in vitro включают дрожжевой дисплей , бактериальный дисплей , рибосомный дисплей и дисплей мРНК . [ необходима ссылка ]

Созревание антителв пробирке

Изобретение фагового дисплея антител произвело революцию в обнаружении лекарств на основе антител. Первоначальная работа была проделана лабораториями Лаборатории молекулярной биологии MRC ( Грег Винтер и Джон Маккафферти ), Исследовательского института Скриппса (Ричард Лернер и Карлос Ф. Барбас) и Немецкого центра исследований рака (Фрэнк Брейтлинг и Стефан Дюбель). [19] [20] [21] В 1991 году группа Скриппса сообщила о первом отображении и отборе человеческих антител на фаге. [22] Это первоначальное исследование описывало быстрое выделение Fab-фрагмента человеческого антитела , который связывал столбнячный токсин , и метод затем был расширен для быстрого клонирования человеческих антител против ВИЧ-1 для разработки вакцин и терапии. [23] [24] [25] [26] [27]

Фаговый дисплей библиотек антител стал мощным методом как для изучения иммунного ответа, так и для быстрого отбора и развития человеческих антител для терапии. Антитело-фаговый дисплей был позже использован Карлосом Ф. Барбасом в Научно-исследовательском институте Скриппса для создания синтетических библиотек человеческих антител, принцип, впервые запатентованный в 1990 году Брейтлингом и его коллегами (Патент CA 2035384), что позволило создавать человеческие антитела in vitro из синтетических элементов разнообразия. [28] [29] [30] [31]

Библиотеки антител, отображающие миллионы различных антител на фаге, часто используются в фармацевтической промышленности для выделения высокоспецифичных терапевтических антител для разработки лекарств на основе антител, в первую очередь, как противораковых или противовоспалительных терапевтических средств. Одним из самых успешных был адалимумаб , открытый Cambridge Antibody Technology как D2E7 и разработанный и продаваемый Abbott Laboratories . Адалимумаб, антитело к TNF-альфа , был первым в мире полностью человеческим антителом [32], годовой объем продаж которого превысил 1 млрд долларов. [33]

Общий протокол

Ниже представлена ​​последовательность событий, которые выполняются при скрининге фагового дисплея для идентификации полипептидов, которые связываются с высокой аффинностью с желаемым целевым белком или последовательностью ДНК: [ необходима ссылка ]

  1. Целевые белки или последовательности ДНК иммобилизуются в лунках микротитрационного планшета .
  2. Многие генетические последовательности экспрессируются в библиотеке бактериофагов в форме слияний с белком оболочки бактериофага, так что они отображаются на поверхности вирусной частицы. Отображаемый белок соответствует генетической последовательности внутри фага.
  3. Эту библиотеку фагового дисплея добавляют в чашку, и после того, как фагу дадут время для связывания, чашку промывают.
  4. Фаговые белки, взаимодействующие с целевыми молекулами, остаются прикрепленными к чашке Петри, в то время как все остальные смываются.
  5. Прикрепленный фаг может быть элюирован и использован для создания большего количества фагов путем инфицирования подходящих бактериальных хозяев. Новый фаг представляет собой обогащенную смесь, содержащую значительно меньше нерелевантного фага (т.е. не связывающегося), чем присутствовало в исходной смеси.
  6. Шаги 3–5 при желании можно повторить один или несколько раз, что еще больше обогащает фаговую библиотеку связывающими белками.
  7. После дальнейшей бактериальной амплификации ДНК во взаимодействующем фаге секвенируется для идентификации взаимодействующих белков или фрагментов белков.

Выбор белка оболочки

Нитчатые фаги

pIII

pIII — это белок, определяющий инфекционность вириона. pIII состоит из трех доменов (N1, N2 и CT), соединенных линкерами, богатыми глицином. [34] Домен N2 связывается с F-пилусом во время инфицирования вириона, освобождая домен N1, который затем взаимодействует с белком TolA на поверхности бактерии. [34] Вставки в этот белок обычно добавляются в положение 249 (внутри линкерной области между CT и N2), положение 198 (внутри домена N2) и на N-конце (вставлены между N-концевой секреционной последовательностью и N-концом pIII). [34] Однако при использовании сайта BamHI, расположенного в положении 198, необходимо соблюдать осторожность с неспаренным остатком цистеина (C201), который может вызвать проблемы во время фагового отображения, если используется неусеченная версия pIII. [34]

Преимущество использования pIII вместо pVIII заключается в том, что pIII допускает моновалентный дисплей при использовании фагмиды (плазмиды, полученной из фагов Ff ) в сочетании с фагом-помощником. Более того, pIII допускает вставку более крупных последовательностей белков (>100 аминокислот) [35] и более устойчив к этому, чем pVIII. Однако использование pIII в качестве партнера по слиянию может привести к снижению инфекционности фага, что приведет к таким проблемам, как смещение отбора, вызванное разницей в скорости роста фага [36] или, что еще хуже, неспособность фага заражать своего хозяина. [34] Потери инфекционности фага можно избежать, используя плазмиду фагмиды и фаг-помощник, так что полученный фаг будет содержать как дикий тип, так и слитый pIII. [34]

cDNA также анализировалась с использованием pIII через систему двух комплементарных лейциновых молний [37] Direct Interaction Rescue [38] или путем добавления линкера из 8-10 аминокислот между cDNA и pIII на C-конце. [39]

пVIII

pVIII является основным белком оболочки фагов Ff. Пептиды обычно сливаются с N-концом pVIII. [34] Обычно пептиды, которые могут быть слиты с pVIII, имеют длину 6-8 аминокислот. [34] Ограничение размера, по-видимому, в меньшей степени связано со структурным препятствием, вызванным добавленной секцией [40] , а в большей степени с исключением размера, вызванным pIV во время экспорта белка оболочки. [40] Поскольку на типичном фаге имеется около 2700 копий белка, более вероятно, что интересующий белок будет экспрессироваться поливалентно, даже если используется фагмида. [34] Это делает использование этого белка неблагоприятным для обнаружения партнеров по связыванию с высокой аффинностью. [34]

Для преодоления проблемы размера pVIII были разработаны искусственные белки оболочки. [41] Примером является инвертированный искусственный белок оболочки (ACP) Вайса и Сидху, который позволяет отображать большие белки на C-конце. [41] ACP могли отображать белок 20 кДа, однако только на низких уровнях (в основном только моновалентно). [41]

пVI

pVI широко использовался для отображения библиотек кДНК. [34] Отображение библиотек кДНК с помощью фагового дисплея является привлекательной альтернативой методу дрожжевого-2-гибрида для обнаружения взаимодействующих белков и пептидов из-за его высокой пропускной способности. [34] pVI использовался предпочтительно по сравнению с pVIII и pIII для экспрессии библиотек кДНК, поскольку можно добавить интересующий белок к C-концу pVI, не влияя существенно на роль pVI в сборке фага. Это означает, что стоп-кодон в кДНК больше не является проблемой. [42] Однако фаговое отображение кДНК всегда ограничено неспособностью большинства прокариот производить посттрансляционные модификации, присутствующие в эукариотических клетках, или неправильным сворачиванием многодоменных белков.

В то время как pVI был полезен для анализа библиотек кДНК, pIII и pVIII остаются наиболее используемыми белками оболочки для фагового дисплея. [34]

pVII и pIX

В эксперименте 1995 года была предпринята попытка отображения глутатион-S-трансферазы как на pVII, так и на pIX, но она не удалась. [43] Однако фаговое отображение этого белка было успешно завершено после добавления периплазматической сигнальной последовательности (pelB или ompA) на N-конце. [44] В недавнем исследовании было показано, что AviTag, FLAG и His могут быть отображены на pVII без необходимости в сигнальной последовательности. Затем экспрессия одноцепочечных Fv (scFv) и одноцепочечных Т-клеточных рецепторов (scTCR) была выражена как с сигнальной последовательностью, так и без нее. [45]

PelB (аминокислотная сигнальная последовательность, которая направляет белок в периплазму, где сигнальная пептидаза затем отщепляет PelB) улучшила уровень фагового дисплея по сравнению со слияниями pVII и pIX без сигнальной последовательности. Однако это привело к включению большего количества геномов фагов-помощников, а не геномов фагмид. Во всех случаях уровни фагового дисплея были ниже, чем при использовании слияния pIII. Однако более низкий дисплей может быть более благоприятным для выбора связующих веществ, поскольку более низкий дисплей ближе к истинному моновалентному дисплею. В пяти из шести случаев слияния pVII и pIX без pelB были более эффективными, чем слияния pIII в анализах аффинного отбора. В статье даже утверждается, что платформы отображения pVII и pIX могут превзойти pIII в долгосрочной перспективе. [45]

Использование pVII и pIX вместо pIII также может быть преимуществом, поскольку спасение вириона может быть осуществлено без разрыва связи вирион-антиген, если используемый pIII является диким типом. Вместо этого можно было бы расщепить участок между шариком и антигеном для элюирования. Поскольку pIII не поврежден, неважно, остается ли антиген связанным с фагом. [45]

Фаги Т7

Проблема использования фагов Ff для фагового дисплея заключается в том, что они требуют, чтобы интересующий белок был перемещен через внутреннюю мембрану бактерий, прежде чем он будет собран в фаг. [46] Некоторые белки не могут пройти этот процесс и, следовательно, не могут быть отображены на поверхности фагов Ff. В этих случаях вместо этого используется фаговый дисплей T7. [46] При фаговом дисплее T7 отображаемый белок прикрепляется к C-концу капсидного белка гена 10 T7. [46]

Недостатком использования T7 является то, что размер белка, который может быть выражен на поверхности, ограничен более короткими пептидами, поскольку большие изменения в геноме T7 не могут быть размещены, как в M13, где фаг просто удлиняет свою оболочку, чтобы вместить более крупный геном внутри себя. Однако это может быть полезно для производства большой библиотеки белков для отбора scFV, где scFV экспрессируется на фаге M13, а антигены экспрессируются на поверхности фага T7. [47]

Ресурсы и инструменты биоинформатики

Базы данных и вычислительные инструменты для мимотопов стали важной частью изучения фагового дисплея. [48] Базы данных, [49] программы и веб-серверы [50] широко использовались для исключения пептидов, не связанных с мишенью, [51] характеризуют взаимодействия малых молекул с белками и картируют белок-белковые взаимодействия. Пользователи могут использовать трехмерную структуру белка и пептиды, выбранные из эксперимента по фаговому дисплею, для картирования конформационных эпитопов. Некоторые из быстрых и эффективных вычислительных методов доступны онлайн. [50]

Смотрите также

Конкурирующие методы:

Ссылки

  1. ^ ab Smith GP (июнь 1985 г.). «Нитчатый слитый фаг: новые векторы экспрессии, которые отображают клонированные антигены на поверхности вириона». Science . 228 (4705): 1315–7. Bibcode :1985Sci...228.1315S. doi :10.1126/science.4001944. PMID  4001944.
  2. ^ Смит ГП, Петренко ВА (апрель 1997 г.). "Фаговый дисплей". Chem. Rev. 97 ( 2): 391–410. doi :10.1021/cr960065d. PMID  11848876.
  3. ^ Kehoe JW, Kay BK (ноябрь 2005 г.). «Филяментозный фаговый дисплей в новом тысячелетии». Chem. Rev. 105 ( 11): 4056–72. doi :10.1021/cr000261r. PMID  16277371.
  4. ^ Malys N, Chang DY, Baumann RG, Xie D, Black LW (2002). «Двухкомпонентная библиотека рандомизированных пептидных дисплеев бактериофага T4 SOC и HOC: обнаружение и анализ взаимодействия терминазы фага T4 (gp17) и позднего сигма-фактора (gp55)». J Mol Biol . 319 (2): 289–304. doi :10.1016/S0022-2836(02)00298-X. PMID  12051907.
  5. ^ Parmley SF, Smith GP (1988). «Антитело-селектируемые нитевидные векторы fd фагов: аффинная очистка целевых генов». Gene . 73 (2): 305–318. doi :10.1016/0378-1119(88)90495-7. PMID  3149606.
  6. ^ Скотт Дж., Смит Г. (1990). «Поиск пептидных лигандов с библиотекой эпитопов». Science . 249 (4967): 386–390. Bibcode :1990Sci...249..386S. doi :10.1126/science.1696028. PMID  1696028.
  7. ^ "Нобелевская премия по химии 2018 года". NobelPrize.org . Получено 2018-10-03 .
  8. ^ Патент США 5866363, Печеник Г., «Метод и средства сортировки и идентификации биологической информации», опубликовано 02.02.1999 
  9. ^ Chasteen L, Ayriss J, Pavlik P, Bradbury AR (2006). «Устранение вспомогательного фага из фагового дисплея». Nucleic Acids Res . 34 (21): e145. doi :10.1093/nar/gkl772. PMC 1693883. PMID  17088290 . 
  10. ^ Lunder M, Bratkovic T, Urleb U, Kreft S, Strukelj B (июнь 2008 г.). «Ультразвук в фаговом дисплее: новый подход к неспецифическому элюированию». BioTechniques . 44 (7): 893–900. doi : 10.2144/000112759 . PMID  18533899.
  11. ^ Объяснение «Картирования взаимодействия белков» от The Wellcome Trust
  12. ^ Lunder M, Bratkovic T, Doljak B, Kreft S, Urleb U, Strukelj B, Plazar N (ноябрь 2005 г.). «Сравнение библиотек пептидов бактериального и фагового дисплеев в поисках мотива связывания с мишенью». Appl. Biochem. Biotechnol . 127 (2): 125–31. doi :10.1385/ABAB:127:2:125. PMID  16258189. S2CID  45243314.
  13. ^ Bratkovic T, Lunder M, Popovic T, Kreft S, Turk B, Strukelj B, Urleb U (июль 2005 г.). «Отбор по сродству к папаину дает мощные пептидные ингибиторы катепсинов L, B, H и K». Biochem. Biophys. Res. Commun . 332 (3): 897–903. doi :10.1016/j.bbrc.2005.05.028. PMID  15913550.
  14. ^ Lunder M, Bratkovic T, Kreft S, Strukelj B (июль 2005 г.). «Пептидный ингибитор панкреатической липазы, выбранный с помощью фагового дисплея с использованием различных стратегий элюирования». J. Lipid Res . 46 (7): 1512–6. doi : 10.1194/jlr.M500048-JLR200 . PMID  15863836.
  15. ^ Hufton SE, Moerkerk PT, Meulemans EV, de Bruïne A, Arends JW, Hoogenboom HR (декабрь 1999 г.). «Фаговый дисплей репертуаров кДНК: система отображения pVI и ее применение для выбора иммуногенных лигандов». J. Immunol. Methods . 231 (1–2): 39–51. doi :10.1016/S0022-1759(99)00139-8. PMID  10648926.
  16. ^ Gommans WM, Haisma HJ, Rots MG (декабрь 2005 г.). «Инженерия факторов транскрипции белков цинковых пальцев: терапевтическая значимость включения или выключения эндогенной экспрессии генов по команде». J. Mol. Biol . 354 (3): 507–19. doi :10.1016/j.jmb.2005.06.082. PMID  16253273.
  17. ^ ab "CAR T-клетки: конструирование иммунных клеток пациентов для лечения их рака". Национальный институт рака . 2013-12-06 . Получено 9 февраля 2018 г.
  18. ^ Løset GÅ, Berntzen G, Frigstad T, Pollmann S, Gunnarsen KS, Sandlie I (12 января 2015 г.). «Phage Display Engineered T Cell Receptors as Tools for the Study of Tumor Peptide-MHC Interactions». Frontiers in Oncology . 4 (378): 378. doi : 10.3389 /fonc.2014.00378 . PMC 4290511. PMID  25629004. 
  19. ^ McCafferty J , Griffiths AD, Winter G , Chiswell DJ (декабрь 1990 г.). «Фаговые антитела: нитевидный фаг, отображающий вариабельные домены антител». Nature . 348 (6301): 552–4. Bibcode :1990Natur.348..552M. doi :10.1038/348552a0. PMID  2247164. S2CID  4258014.
  20. ^ Скотт Дж. С., Барбас К. Ф. III, Бертон Д. А. (2001). Phage Display: A Laboratory Manual . Plainview, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 978-0-87969-740-2.
  21. ^ Breitling F, Dübel S, Seehaus T, Klewinghaus I, Little M (август 1991 г.). «Вектор поверхностной экспрессии для скрининга антител». Gene . 104 (2): 147–53. doi :10.1016/0378-1119(91)90244-6. PMID  1916287.
  22. ^ Barbas CF, Kang AS, Lerner RA, Benkovic SJ (сентябрь 1991 г.). «Сборка комбинаторных библиотек антител на фаговых поверхностях: сайт гена III». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (18 ) : 7978–82. Bibcode : 1991PNAS...88.7978B. doi : 10.1073/pnas.88.18.7978 . PMC 52428. PMID  1896445. 
  23. ^ Burton DR, Barbas CF, Persson MA, Koenig S, Chanock RM, Lerner RA (ноябрь 1991 г.). «Большой массив человеческих моноклональных антител к вирусу иммунодефицита человека 1-го типа из комбинаторных библиотек бессимптомных серопозитивных лиц». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (22): 10134–7. Bibcode : 1991PNAS...8810134B. doi : 10.1073/pnas.88.22.10134 . PMC 52882. PMID  1719545. 
  24. ^ Barbas CF, Björling E, Chiodi F, Dunlop N, Cababa D, Jones TM, Zebedee SL, Persson MA, Nara PL, Norrby E (октябрь 1992 г.). «Рекомбинантные человеческие Fab-фрагменты нейтрализуют вирус иммунодефицита человека 1-го типа in vitro». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (19): 9339–43. Bibcode : 1992PNAS ...89.9339B. doi : 10.1073/pnas.89.19.9339 . PMC 50122. PMID  1384050. 
  25. ^ Burton DR, Pyati J, Koduri R, Sharp SJ, Thornton GB, Parren PW, Sawyer LS, Hendry RM, Dunlop N, Nara PL (ноябрь 1994 г.). «Эффективная нейтрализация первичных изолятов ВИЧ-1 рекомбинантными человеческими моноклональными антителами». Science . 266 (5187): 1024–7. Bibcode :1994Sci...266.1024B. doi :10.1126/science.7973652. PMID  7973652.
  26. ^ Yang WP, Green K, Pinz-Sweeney S, Briones AT, Burton DR, Barbas CF (декабрь 1995 г.). «CDR walking mutagenesis for the affinity maturation of a potent human anti-HIV-1 antibodies into the picomolar range». Journal of Molecular Biology . 254 (3): 392–403. doi :10.1006/jmbi.1995.0626. PMID  7490758.
  27. ^ Barbas CF, Hu D, Dunlop N, Sawyer L, Cababa D, Hendry RM, Nara PL, Burton DR (апрель 1994 г.). «Эволюция нейтрализующего человеческого антитела к вирусу иммунодефицита человека типа 1 in vitro для повышения сродства и расширения перекрестной реактивности штамма». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (9): 3809–13. Bibcode : 1994PNAS...91.3809B. doi : 10.1073/pnas.91.9.3809 . PMC 43671. PMID  8170992 . 
  28. ^ Barbas CF, Bain JD, Hoekstra DM, Lerner RA (май 1992). «Полусинтетические комбинаторные библиотеки антител: химическое решение проблемы разнообразия». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 89 (10): 4457–61. Bibcode :1992PNAS...89.4457B. doi : 10.1073/pnas.89.10.4457 . PMC 49101 . PMID  1584777. 
  29. ^ Barbas CF, Languino LR, Smith JW (ноябрь 1993 г.). «Высокоаффинные самореактивные человеческие антитела путем проектирования и отбора: нацеливание на сайт связывания лиганда интегрина». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 90 (21): 10003–7. Bibcode : 1993PNAS...9010003B. doi : 10.1073/pnas.90.21.10003 . PMC 47701. PMID  7694276. 
  30. ^ Barbas CF, Wagner J (октябрь 1995 г.). «Синтетические человеческие антитела: отбор и эволюция функциональных белков». Методы . 8 (2): 94–103. doi :10.1006/meth.1995.9997.
  31. ^ Barbas CF (август 1995). «Синтетические человеческие антитела». Nat. Med . 1 (8): 837–9. doi :10.1038/nm0895-837. PMID  7585190. S2CID  6983649.
  32. ^ Лоуренс С. (апрель 2007 г.). «Малыши на миллиард долларов — биотехнологические препараты как блокбастеры». Nat. Biotechnol . 25 (4): 380–2. doi :10.1038/nbt0407-380. PMID  17420735. S2CID  205266758.
  33. ^ Cambridge Antibody: Обновление продаж | Объявления компании | Telegraph
  34. ^ abcdefghijklm Lowman HB, Clackson T (2004). "1.3". Фаговый дисплей: практический подход . Оксфорд [Оксфордшир]: Oxford University Press. стр. 10–11. ISBN 978-0-19-963873-4.
  35. ^ Sidhu SS, Weiss GA, Wells JA (февраль 2000 г.). «Высококопийное отображение больших белков на фаге для функционального отбора». J. Mol. Biol . 296 (2): 487–95. doi :10.1006/jmbi.1999.3465. PMID  10669603.
  36. ^ Derda R, Tang SK, Whitesides GM (июль 2010 г.). «Равномерная амплификация фага с различными характеристиками роста в отдельных отсеках, состоящих из монодисперсных капель». Angew. Chem. Int. Ed. Engl . 49 (31): 5301–4. doi :10.1002/anie.201001143. PMC 2963104. PMID  20583018 . 
  37. ^ Crameri R, Jaussi R, Menz G, Blaser K (ноябрь 1994 г.). «Отображение продуктов экспрессии библиотек кДНК на поверхностях фагов. Универсальная система скрининга для селективной изоляции генов с помощью специфического взаимодействия ген-продукт/лиганд». Eur. J. Biochem . 226 (1): 53–8. doi :10.1111/j.1432-1033.1994.00t53.x. PMID  7957259.
  38. ^ Gramatikoff K, Georgiev O, Schaffner W (декабрь 1994 г.). «Спасение прямого взаимодействия, новая техника нитчатых фагов для изучения белок-белковых взаимодействий». Nucleic Acids Res . 22 (25): 5761–2. doi :10.1093/nar/22.25.5761. PMC 310144. PMID  7838733 . 
  39. ^ Fuh G, Sidhu SS (сентябрь 2000 г.). «Эффективное фаговое отображение полипептидов, слитых с карбоксильным концом второстепенного белка оболочки гена M13-3». FEBS Lett . 480 (2–3): 231–4. Bibcode : 2000FEBSL.480..231F. doi : 10.1016/s0014-5793(00)01946-3 . PMID  11034335. S2CID  23009887.
  40. ^ ab Malik P, Terry TD, Bellintani F, Perham RN (октябрь 1998 г.). «Факторы, ограничивающие отображение чужеродных пептидов на основном белке оболочки капсидов нитчатых бактериофагов, и потенциальная роль лидерной пептидазы». FEBS Lett . 436 (2): 263–6. Bibcode : 1998FEBSL.436..263M. doi : 10.1016/s0014-5793(98)01140-5 . PMID  9781692. S2CID  19331069.
  41. ^ abc Weiss GA, Sidhu SS (июнь 2000 г.). «Проектирование и эволюция искусственных белков оболочки M13». J. Mol. Biol . 300 (1): 213–9. doi :10.1006/jmbi.2000.3845. PMID  10864510.
  42. ^ Jespers LS, Messens JH, De Keyser A, Eeckhout D, Van den Brande I, Gansemans YG, Lauwereys MJ, Vlasuk GP, Stanssens PE (апрель 1995 г.). "Поверхностная экспрессия и лиганд-ориентированный отбор кДНК, слитых с геном VI нитевидного фага". Bio/Technology . 13 (4): 378–82. doi :10.1038/nbt0495-378. PMID  9634780. S2CID  6171262.
  43. ^ Endemann H, Model P (июль 1995). «Расположение второстепенных белков оболочки нитевидного фага в фаге и инфицированных клетках». J. Mol. Biol . 250 (4): 496–506. doi :10.1006/jmbi.1995.0393. PMID  7616570.
  44. ^ Gao C, Mao S, Lo CH, Wirsching P, Lerner RA, Janda KD (май 1999). «Создание искусственных антител: формат для фагового отображения комбинаторных гетеродимерных массивов». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 96 (11): 6025–30. Bibcode : 1999PNAS...96.6025G. doi : 10.1073 /pnas.96.11.6025 . PMC 26829. PMID  10339535. 
  45. ^ abc Løset GÅ, Roos N, Bogen B, Sandlie I (2011). «Расширение универсальности фагового дисплея II: улучшенный выбор сродства складчатых доменов на белке VII и IX нитчатого фага». PLOS ONE . ​​6 (2): e17433. Bibcode :2011PLoSO...617433L. doi : 10.1371/journal.pone.0017433 . PMC 3044770 . PMID  21390283. 
  46. ^ abc Danner S, Belasco JG (ноябрь 2001 г.). "T7 phage display: a novel genetic selection system for cloning RNA-binding proteins from cDNA libraries". Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 98 (23): 12954–9. Bibcode :2001PNAS...9812954D. doi : 10.1073/pnas.211439598 . PMC 60806 . PMID  11606722. 
  47. ^ Castillo J, Goodson B, Winter J (ноябрь 2001 г.). «T7 отображал пептиды как цели для выбора пептид-специфичных scFv из библиотек отображения scFv M13». J. Immunol. Methods . 257 (1–2): 117–22. doi :10.1016/s0022-1759(01)00454-9. PMID  11687245.
  48. ^ Хуан Дж., Ру Б., Дай П. (2011). «Ресурсы и инструменты биоинформатики для фагового дисплея». Molecules . 16 (1): 694–709. doi : 10.3390/molecules16010694 . PMC 6259106 . PMID  21245805. 
  49. ^ Huang J, Ru B, Zhu P, Nie F, Yang J, Wang X, Dai P, Lin H, Guo FB, Rao N (январь 2012 г.). «MimoDB 2.0: база данных мимотопов и не только». Nucleic Acids Res . 40 (выпуск базы данных): D271–7. doi :10.1093/nar/gkr922. PMC 3245166. PMID  22053087 . 
  50. ^ ab Negi SS, Braun W (2009). «Автоматизированное обнаружение конформационных эпитопов с использованием последовательностей пептидов фагового дисплея». Bioinform Biol Insights . 3 : 71–81. doi :10.4137/BBI.S2745. PMC 2808184. PMID  20140073 . 
  51. ^ Huang J, Ru B, Li S, Lin H, Guo FB (2010). "SAROTUP: сканер и репортер пептидов, не связанных с мишенью". J. Biomed. Biotechnol . 2010 : 101932. doi : 10.1155/2010/101932 . PMC 2842971. PMID  20339521 . 

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки

Библиотечные ресурсы о
фаговом дисплее
  • Ресурсы в вашей библиотеке
  • Ресурсы в других библиотеках