Расширяемый формат файла NEXUS широко используется в биоинформатике . Он хранит информацию о таксонах , морфологических и молекулярных признаках, расстояниях, генетических кодах, предположениях, множествах, деревьях и т. д. [1] Несколько популярных филогенетических программ, таких как PAUP* , [2] MrBayes , [3] Mesquite, [4] MacClade [5] и SplitsTree [6], используют этот формат.
Файл NEXUS состоит из фиксированного заголовка, #NEXUSза которым следуют несколько блоков. Каждый блок начинается с BEGIN block_name;и заканчивается на END;. Ключевые слова нечувствительны к регистру. Комментарии заключаются в квадратные скобки [...]. [7]
Есть несколько предопределенных имен блоков для распространенных типов данных. Примеры включают: [7]
((A,B),C);:В следующем примере используются три типа блоков, указанные выше:
#НЕКСУСНачать TAXA; Размеры ntax=4; Налоговые метки SpaceDog SpaceCat SpaceOrc SpaceElf;Конец;Начальные данные; Размеры nchar=15; Формат datatype=dna missing=? gap=- matchchar=.; Матрица [ Когда позиция является «matchchar», это означает, что она такая же, как и первая запись в той же позиции. ] SpaceDog atgctagctagctcg Космический Кот ......??...-.а. SpaceOrc ...т.......-.г. [ то же, что и atgttagctag-tgg ] SpaceElf ...т.......-.а. ;Конец;НАЧАЛО ДЕРЕВЬЕВ; Дерево дерево1 = (((Космический Пес,Космический Кот),Космический Орк,Космический Эльф));КОНЕЦ;